304 ଷ୍ଟେନଲେସ୍ ଷ୍ଟିଲ୍ ୱେଲଡେଡ୍ କୋଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ / ଟ୍ୟୁବ୍ ଜେମିକାଲ୍ ଜମ୍ପୋନେଣ୍ଟ୍, ଗ୍ଲୋବାଲ୍ ମେରାଇନ୍ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍ ର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା |

Nature.com ପରିଦର୍ଶନ କରିଥିବାରୁ ଧନ୍ୟବାଦ |ସୀମିତ CSS ସମର୍ଥନ ସହିତ ଆପଣ ଏକ ବ୍ରାଉଜର୍ ସଂସ୍କରଣ ବ୍ୟବହାର କରୁଛନ୍ତି |ସର୍ବୋତ୍ତମ ଅଭିଜ୍ଞତା ପାଇଁ, ଆମେ ପରାମର୍ଶ ଦେଉଛୁ ଯେ ଆପଣ ଏକ ଅପଡେଟ୍ ବ୍ରାଉଜର୍ ବ୍ୟବହାର କରନ୍ତୁ (କିମ୍ବା ଇଣ୍ଟରନେଟ୍ ଏକ୍ସପ୍ଲୋରରରେ ସୁସଙ୍ଗତତା ମୋଡ୍ ଅକ୍ଷମ କରନ୍ତୁ) |ଏହା ସହିତ, ଚାଲୁଥିବା ସମର୍ଥନ ନିଶ୍ଚିତ କରିବାକୁ, ଆମେ ଶ yles ଳୀ ଏବଂ ଜାଭାସ୍କ୍ରିପ୍ଟ ବିନା ସାଇଟ୍ ଦେଖାଇଥାଉ |
ସ୍ଲାଇଡ୍ ପ୍ରତି ସ୍ଲାଇଡ୍ ତିନୋଟି ଆର୍ଟିକିଲ୍ ଦେଖାଉଛି |ପ୍ରତ୍ୟେକ ସ୍ଲାଇଡ୍ ଦେଇ ଗତି କରିବା ପାଇଁ ସ୍ଲାଇଡ୍ କିମ୍ବା ଶେଷରେ ସ୍ଲାଇଡ୍ କଣ୍ଟ୍ରୋଲର୍ ବଟନ୍ ବ୍ୟବହାର କରିବାକୁ ପଛ ଏବଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ବଟନ୍ ବ୍ୟବହାର କରନ୍ତୁ |

ଉତ୍ପାଦର ବିସ୍ତୃତ ବିବରଣୀ |

304 ଷ୍ଟେନଲେସ୍ ଷ୍ଟିଲ୍ ୱେଲଡେଡ୍ କୋଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ / ଟ୍ୟୁବ୍ |
1. ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ: ଷ୍ଟେନଲେସ୍ ଷ୍ଟିଲ୍ କୋଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ / ଟ୍ୟୁବ୍ |
2. ପ୍ରକାର: ୱେଲ୍ଡେଡ୍ କିମ୍ବା ସିମ୍ହୀନ |
3. ମାନକ: ASTM A269, ASTM A249 |
4. ଷ୍ଟେନଲେସ୍ ଷ୍ଟିଲ୍ କୋଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ OD: 6mm ରୁ 25.4MM |
5. ଦ Length ର୍ଘ୍ୟ: 600-3500MM କିମ୍ବା ଗ୍ରାହକଙ୍କ ଆବଶ୍ୟକତା ଅନୁଯାୟୀ |
6. କାନ୍ଥର ଘନତା: 0.2 ମିମି ରୁ 2.0 ମିମି |

7. ସହନଶୀଳତା: OD: +/- 0.01 ମିମି;ମୋଟା: +/- 0.01% |

8. କୋଇଲ୍ ଭିତର ଗର୍ତ୍ତର ଆକାର: 500MM-1500MM (ଗ୍ରାହକଙ୍କ ଆବଶ୍ୟକତା ଅନୁଯାୟୀ ସଜାଡିହେବ) |

9. କୋଇଲ୍ ଉଚ୍ଚତା: 200MM-400MM (ଗ୍ରାହକଙ୍କ ଆବଶ୍ୟକତା ଅନୁଯାୟୀ ସଜାଡିହେବ)

10. ପୃଷ୍ଠଭୂମି: ଉଜ୍ଜ୍ୱଳ କିମ୍ବା ଆନ୍ନାଲେଡ୍ |
11. ସାମଗ୍ରୀ: 304, 304L, 316L, 321, 301, 201, 202, 409, 430, 410, ମିଶ୍ରଣ 625, 825, 2205, 2507, ଇତ୍ୟାଦି |
12. ପ୍ୟାକିଂ: କାଠ କେସରେ ବୁଣା ବ୍ୟାଗ, କାଠ ପ୍ୟାଲେଟ୍, କାଠ ଶାଫ୍ଟ, କିମ୍ବା ଗ୍ରାହକଙ୍କ ଆବଶ୍ୟକତା ଅନୁଯାୟୀ |
13. ପରୀକ୍ଷା: ରାସାୟନିକ ଉପାଦାନ, ଅମଳ ଶକ୍ତି, ଟେନସାଇଲ୍ ଶକ୍ତି, କଠିନତା ମାପ |
14. ଗ୍ୟାରେଣ୍ଟି: ତୃତୀୟ ପକ୍ଷ (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ: SGS TV) ଯାଞ୍ଚ, ଇତ୍ୟାଦି |
15. ପ୍ରୟୋଗ: ସାଜସଜ୍ଜା, ଆସବାବପତ୍ର, ତ oil ଳ ପରିବହନ, ଉତ୍ତାପ ଏକ୍ସଚେଞ୍ଜର, ରେଲିଂ ତିଆରି, କାଗଜ ତିଆରି, ଅଟୋମୋବାଇଲ୍, ଖାଦ୍ୟ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ, ଚିକିତ୍ସା ଇତ୍ୟାଦି |

ପ୍ରାକୃତିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟଗୁଡିକ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଏବଂ ମେଟାବୋଲିକ୍ ବିବିଧ |ଜୀବଜନ୍ତୁଙ୍କ ଅବ୍ୟବହୃତ ଗୋଷ୍ଠୀ ସହିତ, ଏହି ବିବିଧତା ପରିବେଶଗତ ଏବଂ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜିକାଲ୍ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ ବାୟୋକେମିକାଲ୍ ଯ ounds ଗିକ ଆବିଷ୍କାର ପାଇଁ ମଧ୍ୟ ଏକ ସମୃଦ୍ଧ ସମ୍ଭାବନା ଧାରଣ କରେ |ତଥାପି, ଜେନୋମିକ୍ ପଥଗୁଡିକ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ ଏହି ବିବିଧତାକୁ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା ଯାହାକି ଏହିପରି ଯ ounds ଗିକଗୁଡିକୁ ସିନ୍ଥାଇଜ୍ କରେ ଏବଂ ସେମାନଙ୍କୁ ନିଜ ନିଜ ହୋଷ୍ଟରେ ବାନ୍ଧି ରଖେ |ଖୋଲା ମହାସାଗରରେ ଥିବା ଅଣୁଜୀବଗୁଡିକର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ବିଶ୍ global ସ୍ତରରେ ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ୍ ରିଜୋଲ୍ୟୁସନ୍ ତଥ୍ୟର ବିଶ୍ଳେଷଣରେ ସୀମିତତା ହେତୁ ପ୍ରାୟତ unknown ଅଜ୍ଞାତ ହୋଇ ରହିଥାଏ |ଏଠାରେ, ଆମେ 1000 ରୁ ଅଧିକ ସମୁଦ୍ର ଜଳ ନମୁନାରୁ 25,000 ରୁ ଅଧିକ ନୂତନ ଭାବରେ ପୁନ draft ନିର୍ମାଣ ହୋଇଥିବା ଡ୍ରାଫ୍ଟ ଜେନୋମ ସହିତ ସଂସ୍କୃତ କୋଷ ଏବଂ ଏକକ କୋଷରୁ ପ୍ରାୟ 10,000 ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଜିନୋମକୁ ଏକତ୍ର କରି ସମୁଦ୍ରରେ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରର ବିବିଧତା ଏବଂ ବିବିଧତା ଅନୁସନ୍ଧାନ କରୁ |ଏହି ପ୍ରୟାସଗୁଡ଼ିକ ପ୍ରାୟ 40,000 ପୁଟିଭ୍ ପ୍ରାୟତ new ନୂତନ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିଛି, ଯାହା ମଧ୍ୟରୁ କେତେକ ପୂର୍ବରୁ ଅପ୍ରତ୍ୟାଶିତ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗୋଷ୍ଠୀରେ ଦେଖିବାକୁ ମିଳିଥିଲା ​​|ଏହି ଜନସଂଖ୍ୟାରେ, ଆମେ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରରେ ସମୃଦ୍ଧ ଏକ ବଂଶ ଚିହ୍ନଟ କରିଥିଲୁ (“କ୍ୟାଣ୍ଡିଡାଟସ୍ ଇଉଡର୍ମିକ୍ରୋବିଆସିଆ”) ଯାହା ଏକ ଅଣସଂଗଠିତ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଫାଇଲମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲା ଏବଂ ଏହି ପରିବେଶରେ କେତେକ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ବିବିଧ ମାଇକ୍ରୋ ଅର୍ଗାନ୍ସକୁ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରିଥିଲୁ |ଏଥିମଧ୍ୟରୁ ଆମେ ଫସଫାଟେଜ୍-ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଏବଂ ପାଇଟୋନାମାଇଡ୍ ପଥକୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ କରିଛୁ, ଯଥାକ୍ରମେ ଅସାଧାରଣ ଜ o ବ ସକ୍ରିୟ ଯ ound ଗିକ ଗଠନ ଏବଂ ଏନଜାଇମୋଲୋଜିର ଉଦାହରଣ ଚିହ୍ନଟ କରି |ପରିଶେଷରେ, ଏହି ଅଧ୍ୟୟନ ଦର୍ଶାଏ ଯେ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ-ଆଧାରିତ କ ies ଶଳଗୁଡ଼ିକ କିପରି ଏକ ଖରାପ ବୁ understood ାପଡୁଥିବା ମାଇକ୍ରୋବୋଟା ଏବଂ ପରିବେଶରେ ପୂର୍ବରୁ ଲିଖିତ ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ ପ୍ରାକୃତିକ ଖାଦ୍ୟର ଅନୁସନ୍ଧାନକୁ ସକ୍ଷମ କରିପାରିବ |
ମାଇକ୍ରୋବସ୍ ଗ୍ଲୋବାଲ୍ ବାୟୋଜୋକେମିକାଲ୍ ଚକ୍ର ଚଳାଇଥାଏ, ଖାଦ୍ୟ ୱେବ୍ ରକ୍ଷଣାବେକ୍ଷଣ କରେ ଏବଂ ଉଦ୍ଭିଦ ଏବଂ ପ୍ରାଣୀମାନଙ୍କୁ ସୁସ୍ଥ ରଖେ 5 |ସେମାନଙ୍କର ବିପୁଳ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍, ମେଟାବୋଲିକ୍ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବିବିଧତା ନୂତନ ଟ୍ୟାକ୍ସ 1, ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ ବାୟୋକେମିକାଲ୍ ଯ ounds ଗିକ ଆବିଷ୍କାର ପାଇଁ ଏକ ସମୃଦ୍ଧ ସମ୍ଭାବନାକୁ ଦର୍ଶାଏ, ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ 6 ସହିତ |ପରିବେଶ ସମ୍ପ୍ରଦାୟରେ, ଏହି ଅଣୁଗୁଡ଼ିକ ଯୋଗାଯୋଗଠାରୁ ଆରମ୍ଭ କରି ପ୍ରତିଯୋଗିତା 2, 7 ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ବିଭିନ୍ନ ଶାରୀରିକ ଏବଂ ପରିବେଶଗତ କାର୍ଯ୍ୟ ସହିତ ମାଇକ୍ରୋ ଅର୍ଗାନଜୀବ ପ୍ରଦାନ କରନ୍ତି |ସେମାନଙ୍କର ମୂଳ କାର୍ଯ୍ୟ ସହିତ, ଏହି ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର ଜେନେଟିକ୍ କୋଡେଡ୍ ଉତ୍ପାଦନ ପଥ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜିକାଲ୍ ଏବଂ ଥେରାପିଟିଭ୍ ପ୍ରୟୋଗଗୁଡ଼ିକ ପାଇଁ ଉଦାହରଣ ପ୍ରଦାନ କରେ 2,3 |ସଂସ୍କୃତ ମାଇକ୍ରୋବସ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ଦ୍ୱାରା ଏହିପରି ପଥ ଏବଂ ସଂଯୋଗଗୁଡ଼ିକର ଚିହ୍ନଟକୁ ବହୁ ସହଜ କରାଯାଇଛି |ତଥାପି, ପ୍ରାକୃତିକ ପରିବେଶର ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ଅଧିକାଂଶ ଅଣୁଜୀବ ଚାଷ କରାଯାଇ ନାହିଁ |ଏହି ସାଂସ୍କୃତିକ ପକ୍ଷପାତିତା ଅନେକ ମାଇକ୍ରୋବସ୍ ଦ୍ enc ାରା ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଥିବା କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିବିଧତାକୁ ଶୋଷଣ କରିବାର କ୍ଷମତାକୁ ସୀମିତ କରେ |
ଏହି ସୀମାବଦ୍ଧତାକୁ ଦୂର କରିବା ପାଇଁ, ଗତ ଦଶନ୍ଧି ମଧ୍ୟରେ ବ techn ଷୟିକ ଜ୍ଞାନକ adv ଶଳ ଅଗ୍ରଗତି ଅନୁସନ୍ଧାନକାରୀଙ୍କୁ ସିଧାସଳଖ (ଅର୍ଥାତ୍ ପୂର୍ବ ସଂସ୍କୃତି ବିନା) ସମଗ୍ର ସମ୍ପ୍ରଦାୟ (ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ) କିମ୍ବା ଏକକ କୋଷରୁ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ DNA ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ କ୍ରମାନ୍ୱୟରେ ଅନୁମତି ଦେଇଛି |ଏହି ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ ବୃହତ ଜିନୋମ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକରେ ଏକତ୍ର କରିବା ଏବଂ ଏକାଧିକ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଏକତ୍ରିତ ଜିନୋମ (MAGs) କିମ୍ବା ଏକକ ବର୍ଦ୍ଧିତ ଜେନୋମ (SAGs) କୁ ପୁନ str ନିର୍ମାଣ କରିବାର କ୍ଷମତା ଯଥାକ୍ରମେ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ (ଅର୍ଥାତ୍ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟ ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍) ର ଟ୍ୟାକ୍ସୋସେଣ୍ଟ୍ରିକ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ସୁଯୋଗ ଖୋଲିଥାଏ |ନୂତନ ପଥ ପ୍ରସ୍ତୁତ କରପ୍ରଦତ୍ତ ପରିବେଶରେ ନିଜର ଜେନେଟିକ୍ ପଦାର୍ଥ) 10,11,12 |ପ୍ରକୃତରେ, ସାମ୍ପ୍ରତିକ ଅଧ୍ୟୟନଗୁଡ଼ିକ ପୃଥିବୀ 1, 13 ରେ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ବିବିଧତାର ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଉପସ୍ଥାପନାକୁ ବହୁଗୁଣିତ କରିଛି ଏବଂ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟରେ ବହୁ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିବିଧତାକୁ ପ୍ରକାଶ କରିଛି ଯାହା ପୂର୍ବରୁ ସଂସ୍କୃତ ମାଇକ୍ରୋ ଅର୍ଗାନଜିମ୍ ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ୍ କ୍ରମ (REFs) 14 ଦ୍ୱାରା ଆବୃତ ହୋଇନଥିଲା |ହୋଷ୍ଟ ଜିନୋମ (ଅର୍ଥାତ୍ ଜିନୋମ ରିଜୋଲ୍ୟୁସନ୍) ପ୍ରସଙ୍ଗରେ ଆବିଷ୍କୃତ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବିବିଧତା ରଖିବାର କ୍ଷମତା ଏପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଚରିତ୍ରହୀନ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଲାଇନଗୁଡିକ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରିବା ପାଇଁ ଗୁରୁତ୍ is ପୂର୍ଣ ଅଟେ ଯାହାକି ନୂତନ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟକୁ ଏନକୋଡ୍ କରିପାରେ 15,16 କିମ୍ବା ଏହିପରି ଯ ounds ଗିକଗୁଡ଼ିକୁ ସେମାନଙ୍କର ମୂଳ ଉତ୍ପାଦକକୁ ଫେରାଇ ଆଣିବା ପାଇଁ 17 |ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ଏକ ମିଳିତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଏବଂ ଏକକ-ସେଲ୍ ଜେନୋମିକ୍ ଆନାଲିସିସ୍ ପଦ୍ଧତି ବିଭିନ୍ନ drug ଷଧର ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଉତ୍ପାଦକ ଭାବରେ ମେଟାବୋଲିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ ସ୍ପଞ୍ଜ-ଜଡିତ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆର କ୍ୟାଣ୍ଡିଡାଟସ୍ ଏଣ୍ଟୋଥୋନେଲାକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିପାରିଛି |ଅବଶ୍ୟ, ବିଭିନ୍ନ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ଜେନୋମିକ୍ ଅନୁସନ୍ଧାନରେ ସମ୍ପ୍ରତି ଚେଷ୍ଟା ସତ୍ତ୍ 16 େ, ପୃଥିବୀର ବୃହତ୍ତମ ଇକୋସିଷ୍ଟମ୍ ସମୁଦ୍ର ପାଇଁ 16,19 ରୁ ଅଧିକ ବିଶ୍ met ର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ତଥ୍ୟ 16,20 ରୁ ଅଧିକ ନିଖୋଜ ଅଛି |ଏହିପରି, ସାଧାରଣତ ,, ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍ର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ଏବଂ ଉପନ୍ୟାସ ଏନଜାଇମାଟିକ୍ ଏବଂ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟର ଭଣ୍ଡାର ଭାବରେ ଏହାର ସମ୍ଭାବନା ମୁଖ୍ୟତ under ଅବହେଳିତ ରହିଥାଏ |
ସର୍ବଭାରତୀୟ ସ୍ତରରେ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନାକୁ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରିବା ପାଇଁ, ଆମେ ପ୍ରଥମେ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ସ ଏବଂ ଜିନ୍ କାର୍ଯ୍ୟର ଏକ ବିସ୍ତୃତ ଡାଟାବେସ୍ ସୃଷ୍ଟି କରିବାକୁ ସଂସ୍କୃତି ଉପରେ ନିର୍ଭରଶୀଳ ଏବଂ ଅଣ-ସଂସ୍କୃତି ପ୍ରଣାଳୀ ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରାପ୍ତ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଜେନୋମଗୁଡିକୁ ପୁଲ କରିଥିଲୁ |ଏହି ଡାଟାବେସର ପରୀକ୍ଷଣରେ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର (BGCs) ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା, ଯାହା ମଧ୍ୟରୁ ଅଧିକାଂଶ ଏପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଅଣ-ଚରିତ୍ରହୀନ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର (GCF) ପରିବାରର ଅଟେ |ଏଥିସହ, ଆମେ ଏକ ଅଜ୍ଞାତ ଜୀବାଣୁ ପରିବାର ଚିହ୍ନଟ କରିଛୁ ଯାହା ଆଜି ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଖୋଲା ମହାସାଗରରେ BGC ର ସର୍ବାଧିକ ଜଣାଶୁଣା ବିବିଧତା ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ |ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ବ valid ଧିକରଣ ପାଇଁ ଆମେ ଦୁଇଟି ରାଇବୋସୋମାଲ୍ ସିନ୍ଥେସିସ୍ ଏବଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ଅନୁବାଦିତ ରୂପାନ୍ତରିତ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ (RiPP) ପଥ ଚୟନ କରିଛୁ ଯାହା ବର୍ତ୍ତମାନର ଜଣାଶୁଣା ପଥରୁ ସେମାନଙ୍କର ଜେନେଟିକ୍ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଉପରେ ଆଧାର କରି |ଏହି ପଥଗୁଡିକର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଚରିତ୍ରକରଣ ଏନଜାଇମୋଲୋଜିର ଅପ୍ରତ୍ୟାଶିତ ଉଦାହରଣ ଏବଂ ପ୍ରୋଟେଜ୍ ପ୍ରତିବନ୍ଧକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ସହିତ ଗଠନମୂଳକ ଅସାଧାରଣ ଯ ounds ଗିକଗୁଡିକ ପ୍ରକାଶ କରିଛି |
ପ୍ରଥମେ, ଆମେ ଏହାର ଜୀବାଣୁ ଏବଂ ପ୍ରତ୍ନତତ୍ତ୍ୱ ଉପାଦାନ ଉପରେ ଧ୍ୟାନ ଦେଇ ଜେନୋମ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ଏକ ବିଶ୍ୱସ୍ତରୀୟ ତଥ୍ୟ ଉତ୍ସ ସୃଷ୍ଟି କରିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଥିଲୁ |ଏହି ଉଦ୍ଦେଶ୍ୟରେ, ଆମେ 215 ସର୍ବଭାରତୀୟ ସ୍ତରରେ ବିତରଣ ହୋଇଥିବା ନମୁନା ସ୍ଥାନଗୁଡିକ (ଅକ୍ଷାଂଶ ପରିସର = 141.6 °) ଏବଂ ଅନେକ ଗଭୀର ସ୍ତରଗୁଡିକ (1 ରୁ 5600 ମିଟର ଗଭୀରତା, ପେଲାଗିକ୍, ମେସୋପେଲାଗିକ୍ ଏବଂ ଅବିସାଲ୍ ଜୋନ୍) ରୁ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ତଥ୍ୟ ଏବଂ 1038 ସମୁଦ୍ର ଜଳ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ କରିଛୁ |ପୃଷ୍ଠଭୂମି 21,22,23 (ଚିତ୍ର 1a, ବିସ୍ତୃତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 1a ଏବଂ ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସାରଣୀ 1) |ଏକ ବ୍ୟାପକ ଭ ographic ଗୋଳିକ କଭରେଜ୍ ପ୍ରଦାନ କରିବା ସହିତ, ଏହି ମନୋନୀତ ଫିଲ୍ଟର୍ ନମୁନାଗୁଡିକ ଆମକୁ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍ର ବିଭିନ୍ନ ଉପାଦାନ ତୁଳନା କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦେଲା, ଯେପରିକି ଜୀବାଣୁ ସମୃଦ୍ଧ (<0.2 µm), ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ (–.–- µm), କଣିକା ସମୃଦ୍ଧ (0.8 µm) | )–20 µm) ଏବଂ ଭାଇରସ୍-ହ୍ରାସ (> 0.2 µm) କଲୋନୀ |
a, ସମୁଦାୟ 1038 ସର୍ବସାଧାରଣରେ ଉପଲବ୍ଧ ଜିନୋମ (ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ) ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟଗୁଡିକ 215 ସର୍ବଭାରତୀୟ ସ୍ତରରେ ବିତରଣ ହୋଇଥିବା ସ୍ଥାନଗୁଡିକ (62 ° S ରୁ 79 ° N ଏବଂ 179 ° W ରୁ 179 ° E) ରୁ ସଂଗୃହିତ |ମାନଚିତ୍ର ଟାଇଲ୍ସ © Esri।ଉତ୍ସ: GEBCO, NOAA, CHS, OSU, UNH, CSUMB, National Geographic, DeLorme, NAVTEQ, ଏବଂ Esri |ଖ, ଏହି ମେଟେଜେନୋମଗୁଡିକ MAGs (ପଦ୍ଧତି ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା) ର ପୁନ str ନିର୍ମାଣ ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ଡାଟାସେଟରେ ପରିମାଣ ଏବଂ ଗୁଣ (ପଦ୍ଧତି) ରେ ଭିନ୍ନ (ରଙ୍ଗରେ ଚିହ୍ନିତ) |ପୁନ recon ନିର୍ମାଣ ହୋଇଥିବା MAG ଗୁଡିକ ସର୍ବସାଧାରଣରେ ଉପଲବ୍ଧ (ବାହ୍ୟ) ଜେନୋମ ସହିତ ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଥିରେ ହସ୍ତତନ୍ତ MAG26, SAG27 ଏବଂ REF ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ |27 OMD ସଙ୍କଳନ କରନ୍ତୁ |c, କେବଳ SAG (GORG) 20 କିମ୍ବା MAG (GEM) 16 ଉପରେ ଆଧାରିତ ପୂର୍ବ ରିପୋର୍ଟଗୁଡିକ ତୁଳନାରେ, OMD ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ଜେନୋମିକ୍ ଚରିତ୍ରବୋଧକୁ (ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପଠନ ମ୍ୟାପିଂ ହାର; ପଦ୍ଧତି) ଗଭୀରତାରେ ଅଧିକ ସ୍ଥିର ଉପସ୍ଥାପନା ସହିତ ଦୁଇରୁ ତିନି ଗୁଣ ଉନ୍ନତ କରିଥାଏ | ଅକ୍ଷାଂଶ।<0.2, n = 151, 0.2-0.8, n = 67, 0.2-3, n = 180, 0.8-20, n = 30,> 0.2, n = 610, <30 °, n = 132, 30-60 ° , n = 73,> 60 °, n = 42, EPI, n = 174, MES, n = 45, BAT, n = 28. d, ପ୍ରଜାତିର କ୍ଲଷ୍ଟର ସ୍ତରରେ OMD ଗୋଷ୍ଠୀକରଣ (95% ଅର୍ଥାତ୍ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ପରିଚୟ) ସମୁଦାୟ ଚିହ୍ନଟ କରେ | ପ୍ରାୟ 8300 ପ୍ରଜାତି, ଯାହାର ଅଧାରୁ ଅଧିକ ପୂର୍ବରୁ GTDB (ସଂସ୍କରଣ 89) ଇ ବ୍ୟବହାର କରି ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଟିପ୍ପଣୀ ଅନୁଯାୟୀ ବର୍ଣ୍ଣିତ ହୋଇନଥିଲେ, ଜିନୋମ ପ୍ରକାର ଦ୍ species ାରା ପ୍ରଜାତିର ଶ୍ରେଣୀକରଣ ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ MAG, SAG ଏବଂ REF ଗୁଡିକ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ବିବିଧତାକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରିବାରେ ପରସ୍ପରକୁ ଭଲ ଭାବରେ ପରିପୂର୍ଣ୍ଣ କରନ୍ତି | ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ |ବିଶେଷ ଭାବରେ, 55%, 26% ଏବଂ 11% ପ୍ରଜାତି ଯଥାକ୍ରମେ MAG, SAG ଏବଂ REF ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଥିଲେ |BATS, ବରମୁଣ୍ଡା ଆଟଲାଣ୍ଟିକ୍ ଟାଇମ୍ ସିରିଜ୍;GEM, ପୃଥିବୀର ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ଜେନୋମ;GORG, ଗ୍ଲୋବାଲ୍ ସାଗର ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ୍;ହଟ୍, ହାୱାଇନ୍ ମହାସାଗର ସମୟ କ୍ରମ |
ଏହି ଡାଟାସେଟ୍ ବ୍ୟବହାର କରି, ଆମେ ସମୁଦାୟ 26,293 MAG ଗୁଡ଼ିକୁ ପୁନ str ନିର୍ମାଣ କଲୁ, ମୁଖ୍ୟତ bacter ଜୀବାଣୁ ଏବଂ ପ୍ରତ୍ନତତ୍ତ୍ୱ (ଚିତ୍ର 1 ବି ଏବଂ ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 1 ବି) |ବିଭିନ୍ନ ସ୍ଥାନ କିମ୍ବା ସମୟ ପଏଣ୍ଟ (ପଦ୍ଧତି) ରୁ ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରାକୃତିକ କ୍ରମର ପରିବର୍ତ୍ତନକୁ ରୋକିବା ପାଇଁ ଆମେ ପୁଲଡ୍ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ନମୁନା ଅପେକ୍ଷା ପୃଥକରୁ ଏହି MAG ଗୁଡ଼ିକୁ ସୃଷ୍ଟି କରିଥିଲୁ |ଏହା ସହିତ, ଆମେ ବହୁ ସଂଖ୍ୟକ ନମୁନାରେ (58 ରୁ 610 ନମୁନା, ସର୍ଭେ; ପଦ୍ଧତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି) ସେମାନଙ୍କ ପ୍ରାଦୁର୍ଭାବ ସମ୍ପର୍କ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଜେନୋମିକ୍ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ ଗୋଷ୍ଠୀଭୁକ୍ତ କରିଥିଲୁ |ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଏହା ଏକ ସମୟ ସାପେକ୍ଷ କିନ୍ତୁ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପଦକ୍ଷେପ 24 ଯାହା ଅନେକ ବଡ଼ ଆକାରର MAG16, 19, 25 ପୁନ struction ନିର୍ମାଣ କାର୍ଯ୍ୟରେ ଛାଡି ଦିଆଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଏହାର ପରିମାଣ (ହାରାହାରି 2.7 ଗୁଣା) ଏବଂ ଗୁଣବତ୍ତା (ହାରାହାରି + 20%) କୁ ଉନ୍ନତ କରିଥାଏ | ଜିନୋମ |ଏଠାରେ ଅଧ୍ୟୟନ କରାଯାଇଥିବା ସାମୁଦ୍ରିକ ମେଟେଜେନୋମରୁ ପୁନ str ନିର୍ମାଣ (ବିସ୍ତୃତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 2a ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା) |ସାମଗ୍ରିକ ଭାବରେ, ଏହି ପ୍ରୟାସଗୁଡିକ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ MAG ଗୁଡ଼ିକର 4.5 ଗୁଣ ବୃଦ୍ଧି ହୋଇଛି (ଯଦି କେବଳ ଉଚ୍ଚମାନର MAG ଗୁଡ଼ିକୁ ବିବେଚନା କରାଯାଏ) ଆଜି ଉପଲବ୍ଧ ବିସ୍ତୃତ MAG ଉତ୍ସ ତୁଳନାରେ 16 ଗୁଣ (ପଦ୍ଧତି) |ଏହି ନୂତନ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା MAG ସେଟ୍ ପରେ 830 ହାତ ଉଠାଇଥିବା MAG26s, 5969 SAG27s ଏବଂ 1707 REF ସହିତ ମିଳିତ ହେଲା |ସତୁରି ପ୍ରଜାତିର ସାମୁଦ୍ରିକ ଜୀବାଣୁ ଏବଂ ପ୍ରତ୍ନତତ୍ତ୍ୱ 34,799 ଜେନୋମ (ଚିତ୍ର 1 ବି) ର ଏକ ମିଶ୍ରଣ ସଂଗ୍ରହ କରିଥିଲେ |
ତା’ପରେ ଆମେ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟଗୁଡିକର ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରିବାର କ୍ଷମତା ବୃଦ୍ଧି କରିବା ଏବଂ ବିଭିନ୍ନ ଜିନୋମ୍ ପ୍ରକାରର ଏକୀକରଣର ପ୍ରଭାବକୁ ଆକଳନ କରିବା ପାଇଁ ନୂତନ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ଉତ୍ସର ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରିଥିଲୁ |ହାରାହାରି, ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଏହା ପ୍ରାୟ 40-60% ସାମୁଦ୍ରିକ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ତଥ୍ୟ (ଚିତ୍ର 1c) କୁ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ, ଉଭୟ ଗଭୀରତା ଏବଂ ଅକ୍ଷାଂଶରେ ଅଧିକ MAG ରିପୋର୍ଟଗୁଡିକର କଭରେଜ୍ ଦୁଇରୁ ତିନି ଗୁଣ ଅଧିକ କ୍ରମିକ 16 କିମ୍ବା SAG20 |ଏଥିସହ, ସ୍ଥାପିତ ସଂଗ୍ରହରେ ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ବିବିଧତାକୁ ବ୍ୟବସ୍ଥିତ ଭାବରେ ମାପିବା ପାଇଁ, ଆମେ ଜେନୋମ୍ ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମି ଡାଟାବେସ୍ (GTDB) ଟୁଲ୍କିଟ୍ (ପଦ୍ଧତି) ବ୍ୟବହାର କରି ସମସ୍ତ ଜେନୋମକୁ ଟିପ୍ପଣୀ କରିଥିଲୁ ଏବଂ ହାରାହାରି ଜେନୋମ-ୱାଇଡ୍ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ପରିଚୟ ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ |8,304 ପ୍ରଜାତିର କ୍ଲଷ୍ଟର (ପ୍ରଜାତି) ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ 28 |ଏହି ପ୍ରଜାତିର ଦୁଇ-ତୃତୀୟାଂଶ (ନୂତନ କ୍ଲେଡ୍ ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି) GTDB ରେ ପୂର୍ବରୁ ଦେଖା ଦେଇ ନଥିଲା, ଯେଉଁଥିରୁ 2790 ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ପୁନ str ନିର୍ମାଣ ହୋଇଥିବା MAG ବ୍ୟବହାର କରି ଆବିଷ୍କୃତ ହୋଇଥିଲା (ଚିତ୍ର 1d) |ଏହା ସହିତ, ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ଜିନୋମଗୁଡିକ ଅତ୍ୟନ୍ତ ପରିପକ୍ୱ: 55%, 26%, ଏବଂ 11% ପ୍ରଜାତି ଯଥାକ୍ରମେ MAG, SAG, ଏବଂ REF (ଚିତ୍ର 1e) ରେ ଗଠିତ |ଏଥିସହ, MAG ଜଳ ସ୍ତମ୍ଭରେ ମିଳୁଥିବା ସମସ୍ତ 49 ପ୍ରକାରକୁ ଆଚ୍ଛାଦନ କରିଥିବାବେଳେ SAG ଏବଂ REF ଯଥାକ୍ରମେ ସେମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରୁ 18 ଏବଂ 11 କୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରିଥିଲେ |ଅବଶ୍ୟ, SAG ଅତି ସାଧାରଣ କ୍ଲେଡଗୁଡିକର ବିବିଧତାକୁ ଭଲ ଭାବରେ ପ୍ରତିନିଧିତ୍। କରିଥାଏ (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 3a) ଯେପରିକି ପେଲାଗିକ୍ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆଲସ୍ (SAR11), SAG ପ୍ରାୟ 1300 ପ୍ରଜାତି ଏବଂ MAG କେବଳ 390 ପ୍ରଜାତି ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ |ଉଲ୍ଲେଖଯୋଗ୍ୟ, ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ MAF କିମ୍ବା SAG ସହିତ REF କ୍ୱଚିତ୍ ଆଚ୍ଛାଦିତ ହୋଇଥିଲା ଏବଂ ଏଠାରେ ଅଧ୍ୟୟନ କରାଯାଇଥିବା ଖୋଲା ମହାସାଗର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ସେଟ୍ରେ ମିଳିନଥିବା ପ୍ରାୟ 1000 ଜିନୋମର 95% ପ୍ରତିନିଧିତ୍, ହୋଇଥିଲା, ମୁଖ୍ୟତ other ଅନ୍ୟ ପ୍ରକାରର ପୃଥକ ପ୍ରତିନିଧୀ ସାମୁଦ୍ରିକ ନମୁନା (ଯେପରିକି ପଙ୍କ) ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ହେତୁ | ।କିମ୍ବା ହୋଷ୍ଟ-ସହଯୋଗୀ)ଏହାକୁ ବ scientific ଜ୍ଞାନିକ ସମ୍ପ୍ରଦାୟ ପାଇଁ ବ୍ୟାପକ ଭାବରେ ଉପଲବ୍ଧ କରାଇବା ପାଇଁ, ଏହି ସାମୁଦ୍ରିକ ଜିନୋମ ଉତ୍ସ, ଯାହା ମଧ୍ୟ ଅଣସଂଗଠିତ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ପର୍ଯ୍ୟାୟ, ଜେନୋମିକ୍ ଦ୍ୱୀପପୁଞ୍ଜ ଏବଂ ଜିନୋମ୍ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକ ଯାହା ପାଇଁ MAG ପୁନ struction ନିର୍ମାଣ ପାଇଁ ପର୍ଯ୍ୟାପ୍ତ ତଥ୍ୟ ନାହିଁ), ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ତଥ୍ୟ ସହିତ ତୁଳନା କରାଯାଇପାରେ | ।ଜିନ୍ ଫଙ୍କସନ୍ ଏବଂ ମହାସାଗର ମାଇକ୍ରୋବିଓଲୋଜି ଡାଟାବେସ୍ (OMD; https://microbiomics.io/ocean/) ରେ ଜିନ୍ ଫଙ୍କସନ୍ ଏବଂ ପ୍ରସଙ୍ଗଗତ ପାରାମିଟର ସହିତ ଟିପ୍ପଣୀଗୁଡିକ ଆକ୍ସେସ୍ କରନ୍ତୁ |
ତାପରେ ଆମେ ଖୋଲା ମହାସାଗର ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରେ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବ୍ୟତାର ସମୃଦ୍ଧତା ଏବଂ ନୂତନତା ଅନୁସନ୍ଧାନ କରିବାକୁ ବାହାରିଲୁ |ଏହି ଉଦ୍ଦେଶ୍ୟରେ, ଆମେ ପ୍ରଥମେ 39,055 BGC ଗୁଡ଼ିକର ପୂର୍ବାନୁମାନ କରିବାକୁ 1038 ସାମୁଦ୍ରିକ ମେଟେଜେନୋମ (ପଦ୍ଧତି) ରେ ମିଳୁଥିବା ସମସ୍ତ MAG, SAG, ଏବଂ REF ପାଇଁ ପ୍ରଥମେ ଆଣ୍ଟିଏସ୍ଏମ୍ଏସ୍ ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ |ତାପରେ ଆମେ ଏହାକୁ 6907 ଅଣ-ଅନାବଶ୍ୟକ GCF ଏବଂ 151 ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର ଜନସଂଖ୍ୟା (GCCs; ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ଟେବୁଲ୍ 2 ଏବଂ ପଦ୍ଧତି) ରେ ଗ୍ରୁପ୍ କରି ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ଅନାବଶ୍ୟକତା (ଅର୍ଥାତ୍ ସମାନ BGC ଏକାଧିକ ଜେନୋମରେ ଏନକୋଡ୍ ହୋଇପାରିବ) ଏବଂ ଏକାଗ୍ର BGC ଗୁଡ଼ିକର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଡାଟା ଭଗ୍ନାଂଶ |ଅସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ BGC ଗୁଡ଼ିକ ଯଥେଷ୍ଟ ବୃଦ୍ଧି ପାଇଲା ନାହିଁ, ଯଦି କ (ଣସି (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା), GCF ଏବଂ GCC ସଂଖ୍ୟା ଯଥାକ୍ରମେ 44% ଏବଂ 86% ମାମଲାରେ ଅତି କମରେ ଜଣେ ଅକ୍ଷୁର୍ଣ୍ଣ BGC ସଦସ୍ୟ ଧାରଣ କରିଥିଲେ |
ଜିସିସି ସ୍ତରରେ, ଆମେ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା RiPP ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ (ଚିତ୍ର 2a) ପାଇଲୁ |ସେମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ, ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ଆରିଲପୋଲିଏନ୍ସ, କାରୋଟିନଏଡ୍, ଏକ୍ଟୋଏନ୍, ଏବଂ ସାଇଡେରୋଫୋରସ୍ ଏକ ବ୍ୟାପକ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ବଣ୍ଟନ ଏବଂ ମହାସାଗରୀୟ ମେଟେଜେନୋମରେ ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଜିସିସିର ଅଟେ, ଯାହା ପ୍ରତିକ୍ରିୟାଶୀଳ ଅମ୍ଳଜାନ ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରତିରୋଧକୁ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରି ସାମୁଦ୍ରିକ ପରିବେଶରେ ମାଇକ୍ରୋ ଅର୍ଗାନଜମିର ଏକ ବ୍ୟାପକ ଆଡାପ୍ଟେସନ୍ ସୂଚାଇପାରେ | ଅକ୍ସିଡେଟିଭ୍ ଏବଂ ଓସୋମୋଟିକ୍ ଚାପ |।କିମ୍ବା ଲୁହା ଅବଶୋଷଣ (ଅଧିକ ସୂଚନା) |ଏହି କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିବିଧତା, NCBI RefSeq ଡାଟାବେସ୍ (BiG-FAM / RefSeq, ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ RefSeq ଭାବରେ ନାମିତ) ରେ ସଂରକ୍ଷିତ ପ୍ରାୟ 190,000 ଜିନୋମ ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରାୟ 1.2 ମିଲିୟନ୍ BGC ର ବିଶ୍ଳେଷଣ ସହିତ ଭିନ୍ନ ଅଟେ, ଯାହା ଦର୍ଶାଇଥିଲା ଯେ ନନ୍-ବାଇବୋସୋମାଲ୍ ସିନ୍ଥେଟେଜ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ (NRPS) ଏବଂ ପଲାଇକେଟାଇଡ୍ ସିନ୍ଥେଜ୍ | (PKS) BGCs (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) |ଆମେ ମଧ୍ୟ 44 (29%) GCC ଗୁଡିକ କେବଳ ଯେକ any ଣସି RefSeq BGC (\ (\ bar {d} \) RefSeq> 0.4; ଚିତ୍ର 2a ଏବଂ ପଦ୍ଧତି) ଏବଂ 53 (35%) GCC ଗୁଡିକ କେବଳ MAG ରେ ପାଇଲୁ, ସମ୍ଭାବ୍ୟତାକୁ ଆଲୋକିତ କରି | OMD ରେ ପୂର୍ବରୁ ଅନାବଶ୍ୟକ ରାସାୟନିକ ପଦାର୍ଥ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ |ଏହି ଜିସିସିଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରୁ ପ୍ରତ୍ୟେକଟି ଅତ୍ୟଧିକ ବିବିଧ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ କାର୍ଯ୍ୟଗୁଡ଼ିକର ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରୁଥିବା ହେତୁ, ଆମେ ସମାନ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ପାଇଁ କୋଡ୍ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା BGC ଗୁଡ଼ିକର ଏକ ବିସ୍ତୃତ ଗୋଷ୍ଠୀ ପ୍ରଦାନ କରିବାକୁ ଏକ ପ୍ରୟାସରେ GCF ସ୍ତରରେ ତଥ୍ୟକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିଥିଲୁ |ସମୁଦାୟ 3861 (56%) ଚିହ୍ନିତ GCF ଗୁଡିକ RefSeq ସହିତ ଓଭରଅପ୍ ହୋଇନଥିଲା, ଏବଂ> 97% GCF ଗୁଡିକ MIBiG ରେ ଉପସ୍ଥିତ ନଥିଲେ, ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ବ valid ଧ BGC ଗୁଡ଼ିକର ସବୁଠାରୁ ବଡ ଡାଟାବେସ୍ (ଚିତ୍ର 2 ବି) |ସେଟିଂସମୂହରେ ଅନେକ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଉପନ୍ୟାସ ପଥ ଆବିଷ୍କାର କରିବା ଆଶ୍ଚର୍ଯ୍ୟଜନକ ନୁହେଁ, ଯାହା ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ଦ୍ୱାରା ଭଲ ଭାବରେ ପ୍ରତିନିଧିତ୍। ହୋଇନଥାଏ, ବେଞ୍ଚମାର୍କିଂ ପୂର୍ବରୁ BGC ଗୁଡ଼ିକୁ GCF ରେ ବିଲୋପ କରିବା ପାଇଁ ଆମର ପଦ୍ଧତି ପୂର୍ବ ରିପୋର୍ଟ 16 ଠାରୁ ଭିନ୍ନ ଏବଂ ଆମକୁ ନୂତନତ୍ୱର ନିରପେକ୍ଷ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ ପ୍ରଦାନ କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦିଏ |ଅଧିକାଂଶ ନୂତନ ବିବିଧତା (3012 GCF କିମ୍ବା 78%) ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ଟେରପେନସ୍, RiPP କିମ୍ବା ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ସହିତ ଅନୁରୂପ ଅଟେ, ଏବଂ ଅଧିକାଂଶ (1815 GCF କିମ୍ବା 47%) ସେମାନଙ୍କର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ହେତୁ ଅଜ୍ଞାତ ପ୍ରକାରରେ ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଛି |PKS ଏବଂ NRPS କ୍ଲଷ୍ଟର ପରି, ଏହି କମ୍ପାକ୍ଟ BGC ଗୁଡିକ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଆସେମ୍ବଲି 31 ସମୟରେ ଖଣ୍ଡବିଖଣ୍ଡିତ ହେବାର ସମ୍ଭାବନା କମ୍ ଏବଂ ସେମାନଙ୍କ ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକର ଅଧିକ ସମୟ ଏବଂ ଉତ୍ସ-ଘୋର କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ଅନୁମତି ଦେଇଥାଏ |
ସମୁଦାୟ 39,055 BGC ଗୁଡ଼ିକୁ 6,907 GCF ଏବଂ 151 GCC ରେ ଗ୍ରୁପ୍ କରାଯାଇଥିଲା |a, ଡାଟା ଉପସ୍ଥାପନା (ଆଭ୍ୟନ୍ତରୀଣ ବାହ୍ୟ) |GCC ଉପରେ ଆଧାର କରି BGC ଦୂରତାର ହାଇରାର୍କିକାଲ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ, ସେଥିମଧ୍ୟରୁ 53 କେବଳ MAG ଦ୍ୱାରା ସ୍ଥିର ହୋଇଛି |ଜିସିସିରେ ବିଭିନ୍ନ ଟ୍ୟାକ୍ସା (ln- ରୂପାନ୍ତରିତ ଗେଟ୍ ଫ୍ରିକ୍ୱେନ୍ସି) ଏବଂ ବିଭିନ୍ନ BGC ଶ୍ରେଣୀରୁ BGC ଥାଏ (ବୃତ୍ତ ଆକାର ଏହାର ଫ୍ରିକ୍ୱେନ୍ସି ସହିତ ଅନୁରୂପ) |ପ୍ରତ୍ୟେକ GCC ପାଇଁ, ବାହ୍ୟ ସ୍ତର BGC ସଂଖ୍ୟା, ପ୍ରାଦୁର୍ଭାବ (ନମୁନା ଶତକଡା), ଏବଂ ଦୂରତା (ସର୍ବନିମ୍ନ BGC କୋସାଇନ୍ ଦୂରତା (ମିନିଟ୍ (dMIBiG))) BiG-FAM ରୁ BGC ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଭାବରେ ଯାଞ୍ଚ ହୋଇଥିବା BGC (MIBiG) ସହିତ BGC ସହିତ GCC ଗୁଡ଼ିକ ତୀର ସହିତ ହାଇଲାଇଟ୍ ହୋଇଛି |b ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା (BiG-FAM) ଏବଂ ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଭାବରେ ବ valid ଧ (MIBiG) BGC ସହିତ GCF ତୁଳନା କରିବା, 3861 ନୂତନ (d–> 0.2) GCF ଗୁଡ଼ିକ ମିଳିଲା |RiPP, terpenes, ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ପୁଟିଭ୍ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ପାଇଁ ଏହି ସଂକେତର ଅଧିକାଂଶ (78%) |c, OMD ର ସମସ୍ତ ଜେନୋମଗୁଡିକ 1038 ସାମୁଦ୍ରିକ ମେଟେଜେନୋମରୁ ମିଳିଥିବା OMD ର ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ କଭରେଜ୍ ଦେଖାଇବା ପାଇଁ GTDB ଆଧାର ଗଛରେ ରଖାଯାଇଥିଲା |OMD ରେ କ gen ଣସି ଜେନୋମ ବିନା କ୍ଲେଡ୍ ଧୂସର ରଙ୍ଗରେ ଦେଖାଯାଏ |BGC ଗୁଡ଼ିକର ସଂଖ୍ୟା ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କ୍ଲେଡରେ ପ୍ରତି ଜିନୋମ ପ୍ରତି ସର୍ବାଧିକ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା BGC ସହିତ ଅନୁରୂପ ଅଟେ |ସ୍ୱଚ୍ଛତା ପାଇଁ, ଶେଷ 15% ନୋଡଗୁଡିକ ନଷ୍ଟ ହୋଇଯାଇଛି |ମାଇକୋବ୍ୟାକ୍ଟେରିୟମ୍, ଗୋର୍ଡୋନିଆ (ରୋଡୋକୋକସ୍ ଦ୍ second ିତୀୟରେ) ଏବଂ କ୍ରୋକୋସଫେରା (ସିନୋକୋକୋକସ୍ ଦ୍ second ିତୀୟରେ) ବ୍ୟତୀତ ବାଣଗୁଡିକ BGC (> 15 BGC) ରେ ସମୃଦ୍ଧ କ୍ଲେଡ୍ ସୂଚାଇଥାଏ |d, ଅଜ୍ଞାତ ଗ।ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା ସର୍ବାଧିକ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ବିବିଧତା ଦେଖାଇଲା (ପ୍ରାକୃତିକ ଉତ୍ପାଦ ପ୍ରକାର ଉପରେ ଆଧାରିତ ଶାନନ୍ ଇଣ୍ଡେକ୍ସ) |ପ୍ରତ୍ୟେକ ବ୍ୟାଣ୍ଡ ପ୍ରଜାତିର ସର୍ବାଧିକ BGC ସହିତ ଜିନୋମକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରନ୍ତି |T1PKS, PKS ପ୍ରକାର I, T2 / 3PKS, PKS ପ୍ରକାର II ଏବଂ III ପ୍ରକାର |
ସମୃଦ୍ଧତା ଏବଂ ନୂତନତା ସହିତ, ଆମେ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍ର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବ୍ୟତାର ବାୟୋଗେଓଗ୍ରାଫିକ୍ ଗଠନକୁ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରୁ |ହାରାହାରି ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଜିସିଏଫ୍ କପି ସଂଖ୍ୟା ବଣ୍ଟନ (ପଦ୍ଧତି) ଦ୍ sam ାରା ନମୁନାଗୁଡିକର ଗୋଷ୍ଠୀକରଣ ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ ନିମ୍ନ ଅକ୍ଷାଂଶ, ଭୂପୃଷ୍ଠ, ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ ଏବଂ ଜୀବାଣୁ-ଗରିବ ସମ୍ପ୍ରଦାୟ, ମୁଖ୍ୟତ surface ଭୂପୃଷ୍ଠ କିମ୍ବା ଗଭୀର ସୂର୍ଯ୍ୟ କିରଣ ଜଳ, RiPP ଏବଂ BGC ଟେର୍ପେନ୍ସରେ ଭରପୂର ଥିଲା |ଏହାର ବିପରୀତରେ, ପୋଲାର, ଗଭୀର ସମୁଦ୍ର, ଜୀବାଣୁ ଏବଂ କଣିକା ସମୃଦ୍ଧ ସମ୍ପ୍ରଦାୟଗୁଡିକ ଅଧିକ ପରିମାଣର NRPS ଏବଂ PKS BGC ସହିତ ଜଡିତ ହୋଇଥିଲେ (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 4 ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା) |ଶେଷରେ, ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଭଲ-ଅଧ୍ୟୟନିତ ଟ୍ରପିକାଲ୍ ଏବଂ ପେଲାଗିକ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟଗୁଡିକ ହେଉଛି ନୂତନ ଟେରପେନସ୍ (ଅଗମେଣ୍ଟେଡ୍ ଡାଟା ଚିତ୍ର) ର ସବୁଠାରୁ ପ୍ରତିଜ୍ଞାକାରୀ ଉତ୍ସ |PKS, RiPP ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ପାଇଁ ସର୍ବାଧିକ ସମ୍ଭାବନା (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ ସହିତ ଚିତ୍ର 5a) |
ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ବିଷୟରେ ଆମର ଅଧ୍ୟୟନକୁ ପୂର୍ଣ୍ଣ କରିବା ପାଇଁ, ଆମେ ସେମାନଙ୍କର ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ବଣ୍ଟନକୁ ମାନଚିତ୍ର କରିବା ଏବଂ ନୂତନ BGC ସମୃଦ୍ଧ କ୍ଲେଡ୍ ଚିହ୍ନଟ କରିବା ପାଇଁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଥିଲୁ |ଏହି ଉଦ୍ଦେଶ୍ୟରେ, ଆମେ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବର ଜିନୋମକୁ ଏକ ସାଧାରଣ GTDB13 ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଏବଂ ପ୍ରତ୍ନତତ୍ତ୍ୱ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛରେ ରଖିଥିଲୁ ଏବଂ ସେମାନେ ଏନକୋଡ୍ କରୁଥିବା ପୁଟିଭ୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ପଥକୁ ଆଚ୍ଛାଦନ କରିଥିଲୁ (ଚିତ୍ର 2c) |ଆମେ ସହଜରେ ଅନେକ BGC- ସମୃଦ୍ଧ କ୍ଲେଡ୍ (15 ରୁ ଅଧିକ BGC ଦ୍ୱାରା ପ୍ରତିନିଧିତ୍)) ସମୁଦ୍ର ଜଳ ନମୁନାରେ (ପଦ୍ଧତି) ସେମାନଙ୍କର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ପାଇଁ ଜଣାଶୁଣା, ଯେପରିକି ସିଆନୋବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ (ସିନୋକୋକୋକସ୍) ଏବଂ ପ୍ରୋଟିସ୍ ଜୀବାଣୁ ଯେପରିକି ଟିଷ୍ଟ୍ରେଲା 32,33, କିମ୍ବା ନିକଟରେ ସେମାନଙ୍କ ଦୃଷ୍ଟି ଆକର୍ଷଣ କରିଥିଲୁ | ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ |ଯେପରିକି ମାଇକ୍ସୋକୋକୋଟା (Sandaracinaceae), Rhodococcus ଏବଂ Planctomycetota34,35,36 |କ Interest ତୁହଳର ବିଷୟ, ଏହି କ୍ଲେଡଗୁଡିକରେ ଆମେ ପୂର୍ବରୁ ଅନେକ ଅନ୍ୱେଷିତ ବଂଶ ପାଇଲୁ |ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ଫାଇଲା ପ୍ଲାନକ୍ଟୋମାଇସେଟୋଟା ଏବଂ ମାଇକ୍ସୋକୋକୋଟା ମଧ୍ୟରେ ସବୁଠାରୁ ଧନୀ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ଥିବା ସେହି ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ ଯଥାକ୍ରମେ ଅଣ-ଚରିତ୍ର ପ୍ରାର୍ଥୀ ଅର୍ଡର ଏବଂ ଜେନେରାର ଥିଲେ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସାରଣୀ 3) |ଏକତ୍ର ନିଆଗଲା, ଏହା ସୂଚିତ କରେ ଯେ OMD ପୂର୍ବରୁ ଅଜ୍ଞାତ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ସୂଚନାକୁ ପ୍ରବେଶ କରିଥାଏ, ମାଇକ୍ରୋ ଅର୍ଗାନ୍ସ ସହିତ, ଯାହା ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ ପ୍ରାକୃତିକ ଉତ୍ପାଦ ଆବିଷ୍କାର ପାଇଁ ନୂତନ ଲକ୍ଷ୍ୟକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରିପାରେ |
ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ, ଆମେ କେବଳ ଏହାର ସଦସ୍ୟଙ୍କ ଦ୍ୱାରା ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଥିବା ସର୍ବାଧିକ ସଂଖ୍ୟକ BGC ଗୁଡ଼ିକୁ ଗଣନା କରି ନୁହେଁ, ବରଂ ଏହି BGC ଗୁଡ଼ିକର ବିବିଧତାକୁ ଆକଳନ କରି BGC- ସମୃଦ୍ଧ କ୍ଲେଡ୍କୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ କରିଥିଲୁ, ଯାହା ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ପ୍ରାକୃତିକ ପ୍ରାର୍ଥୀ ଉତ୍ପାଦର ଆବୃତ୍ତି ବର୍ଣ୍ଣନା କରିଥାଏ (ଚିତ୍ର 2c ଏବଂ ପଦ୍ଧତି) | )।ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଏହି ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ବିବିଧ ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ସ୍ୱତନ୍ତ୍ର ଇଞ୍ଜିନିୟରିଂ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ MAG ଦ୍ୱାରା ପ୍ରତିନିଧିତ୍। ହୋଇଥିଲେ |ଏହି ଜୀବାଣୁ ଅଣସଂରକ୍ଷିତ ଫାଇଲମ୍ କ୍ୟାଣ୍ଡିଡାଟସ୍ ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟାଙ୍କର ଅଟନ୍ତି, ଯାହାକି କିଛି ଜେନୋମିକ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ବ୍ୟତୀତ ମୁଖ୍ୟତ un ଅନ୍ୱେଷଣ କରାଯାଇଥାଏ |ସୂଚନାଯୋଗ୍ୟ ଯେ “ca।ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା ବଂଶ କେବଳ ଏକ ପୃଥିବୀ ପରିବେଶରେ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଛି 39 ଏବଂ BGC ରେ ସମୃଦ୍ଧ କ members ଣସି ସଦସ୍ୟଙ୍କୁ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରିବା ଜଣା ନାହିଁ |ଏଠାରେ ଆମେ ସମାନ ପ୍ରଜାତିର ଆଠଟି MAG ର ପୁନ ucted ନିର୍ମାଣ କରିଛୁ (ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ପରିଚୟ> 99%) 23. ତେଣୁ ଆମେ ପ୍ରଜାତିର ନାମ “କ୍ୟାଣ୍ଡିଡାଟସ୍ ଇଉଡୋରେମିକ୍ରୋବିୟମ୍ ମାଲାସପିନି” ପ୍ରସ୍ତାବ ଦେଉଛୁ, ଯାହା ନେରାଇଡ୍ (ସମୁଦ୍ର ନିମ୍ଫ) ନାମରେ ନାମିତ, ଗ୍ରୀକ୍ ପୁରାଣ ଏବଂ ଅଭିଯାନର ଏକ ସୁନ୍ଦର ଉପହାର |'କା।ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଟିପ୍ପଣୀ 13 ଅନୁଯାୟୀ, ଇ।E. malaspinii ”ପ୍ରକାର ପ୍ରଜାତି ଏବଂ“ Ca.Eudormicrobiaceae ”ସରକାରୀ ନାମ ଭାବରେ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) |'Ca ର ସଂକ୍ଷିପ୍ତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପୁନ struction ନିର୍ମାଣ |ଇ ମାଲାସପିନି ଜେନୋମ ପ୍ରୋଜେକ୍ଟକୁ ଅତି କମ୍ ଇନପୁଟ୍, ଲମ୍ବା ପ read ଼ାଯାଇଥିବା ମେଟେଜେନୋମିକ୍ କ୍ରମ ଏବଂ ଏକ ନମୁନା (ପଦ୍ଧତି) ର ଟାର୍ଗେଟେଡ୍ ଆସେମ୍ବଲି ଦ୍ୱାରା ଏକ 9.63 Mb ର line ଖ୍ୟ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସହିତ 75 kb ନକଲ ସହିତ ବ valid ଧ କରାଯାଇଥିଲା |କେବଳ ଅବଶିଷ୍ଟ ଅସ୍ପଷ୍ଟତା ଭାବରେ |
ଏହି ପ୍ରଜାତିର ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ପ୍ରସଙ୍ଗ ପ୍ରତିଷ୍ଠା କରିବା ପାଇଁ, ଆମେ ଟାର୍ଗେଟ ଜିନୋମ ପୁନ struction ନିର୍ମାଣ ମାଧ୍ୟମରେ ତର ମହାସାଗର ଅଭିଯାନରୁ ଅତିରିକ୍ତ ଇଉକାରିଓଟିକ୍-ସମୃଦ୍ଧ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ନମୁନାରେ 40 ଟି ଘନିଷ୍ଠ ପ୍ରଜାତିର ସନ୍ଧାନ କରିଥିଲୁ |ସଂକ୍ଷେପରେ, ଆମେ “Ca” ସହିତ ଜଡିତ ଜେନୋମିକ୍ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକ ସହିତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପଠନକୁ ଲିଙ୍କ୍ କରିଛୁ |E. malaspinii ”ଏବଂ ଅନୁମାନ କରାଯାଇଛି ଯେ ଏହି ନମୁନାରେ ବର୍ଦ୍ଧିତ ନିଯୁକ୍ତି ହାର ଅନ୍ୟ ସମ୍ପର୍କୀୟ (ପଦ୍ଧତି) ଙ୍କ ଉପସ୍ଥିତି ସୂଚାଇଥାଏ |ଫଳସ୍ୱରୂପ, ଆମେ 10 MAGs ପାଇଲୁ, 19 MAG ର ଏକ ମିଶ୍ରଣ ଏକ ନୂତନ ପରିଭାଷିତ ପରିବାର ମଧ୍ୟରେ ତିନୋଟି ଜେନେରାରେ ପାଞ୍ଚ ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ (ଅର୍ଥାତ୍ “Ca. Eudormicrobiaceae”) |ମାନୁଆଲ ଯା inspection ୍ଚ ଏବଂ ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ପରେ (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 6 ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା), ଆମେ ପାଇଲୁ ଯେ “କେ।Eudormicrobiaceae ପ୍ରଜାତି ଅନ୍ୟ “Ca” ସଦସ୍ୟଙ୍କ ଅପେକ୍ଷା ବୃହତ ଜେନୋମ (8 Mb) ଏବଂ ଅଧିକ ଧନୀ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା (ପ୍ରତି ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ 14 ରୁ 22 BGC) ଉପସ୍ଥାପନ କରନ୍ତି |କ୍ଲେଡ୍ ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା (7 BGC ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ) (ଚିତ୍ର 3a - c) |
a, ପାଞ୍ଚ 'Ca ର ଫିଲୋଜେନେଟିକ୍ ସ୍ଥିତି |Eudormicrobiaceae ର ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ଚିହ୍ନିତ ସାମୁଦ୍ରିକ ରେଖା ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ BGC ସମୃଦ୍ଧତା ଦେଖାଇଲେ |ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛରେ ସମସ୍ତ 'Ca' ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ |GTDB (ସଂସ୍କରଣ 89) ରେ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଥିବା MAG ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା ଏବଂ ଅନ୍ୟ ଫାଇଲାର ସଦସ୍ୟ (ବ୍ରାକେଟ୍ ରେ ଜିନୋମ୍ ସଂଖ୍ୟା) ବିବର୍ତ୍ତନ ପୃଷ୍ଠଭୂମି (ପଦ୍ଧତି) ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ବାହ୍ୟ ସ୍ତରଗୁଡିକ ପରିବାର ସ୍ତରରେ ବର୍ଗୀକରଣକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ (“Ca. Eudormicrobiaceae” ଏବଂ “Ca. Xenobiaceae”) ଏବଂ ଶ୍ରେଣୀ ସ୍ତରରେ (“Ca. Eremiobacteria”) |ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ ପାଞ୍ଚ ପ୍ରଜାତି ବର୍ଣ୍ଣମାଳା ସଂକେତ ଏବଂ ପ୍ରସ୍ତାବିତ ଦ୍ୱିପାକ୍ଷିକ ନାମ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) ଦ୍ୱାରା ଉପସ୍ଥାପିତ ହୋଇଛି |ଖ, ଠିକ ଅଛି |Eudormicrobiaceae ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ ସାତଟି ସାଧାରଣ BGC ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟ ଅଂଶୀଦାର କରନ୍ତି |A2 କ୍ଲେଡରେ BGC ର ଅନୁପସ୍ଥିତି ପ୍ରତିନିଧୀ MAG (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସାରଣୀ 3) ର ଅସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣତା ହେତୁ ହୋଇଥିଲା |BGC ଗୁଡିକ “Ca” ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ |ଆମ୍ଫିଥୋମିକ୍ରୋବିୟମ୍ ”ଏବଂ“ କେ।ଆମ୍ଫିଥୋମିକ୍ରୋବିୟମ୍ ”(କ୍ଲେଡ୍ ଏ ଏବଂ ବି) ଦେଖାଯାଏ ନାହିଁ |c, ସମସ୍ତ BGC ଗୁଡିକ “Ca” ଭାବରେ ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଛି |ଟୁଡାର ମହାସାଗରରୁ ନିଆଯାଇଥିବା 623 ମେଟାଟ୍ରାନ୍ସସ୍କ୍ରିପଟୋମରେ ଇଉଡୋରେମିକ୍ରୋବିୟମ୍ ଟାରାଓସେନି ପ୍ରକାଶ ପାଇଥିଲା |କଠିନ ସର୍କଲଗୁଡିକ ସକ୍ରିୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ସୂଚାଇଥାଏ |କମଳା ସର୍କଲଗୁଡିକ ଘରର ରକ୍ଷଣାବେକ୍ଷଣ ଜିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ହାର (ପଦ୍ଧତି) ତଳେ ଏବଂ ଉପରେ log2- ରୂପାନ୍ତରିତ ଫୋଲ୍ଡ ପରିବର୍ତ୍ତନକୁ ସୂଚିତ କରେ |d, ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁର ବକ୍ର (ପଦ୍ଧତି) 'Ca' ଦେଖାଉଛି |ଇଉଡର୍ମିକ୍ରୋବିଆସିଆର ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ ଅଧିକାଂଶ ସମୁଦ୍ର ଅବବାହିକାରେ ଏବଂ ସମଗ୍ର ଜଳ ସ୍ତମ୍ଭରେ (ଭୂପୃଷ୍ଠରୁ ଅତି କମରେ 4000 ମିଟର ଗଭୀରତା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ) ବିସ୍ତୃତ |ଏହି ଆକଳନ ଉପରେ ଆଧାର କରି, ଆମେ ପାଇଲୁ ଯେ 'Ca.ଇ-ମାଲାସପିନି 'ଗଭୀର ସମୁଦ୍ରର ପେଲାଗିକ୍ ଶସ୍ୟ ସହ ଜଡିତ ସମ୍ପ୍ରଦାୟରେ 6% ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ କୋଷର ଅଂଶ ଅଟେ |ଆମେ ଏକ ପ୍ରଜାତି ଏକ ସାଇଟରେ ଉପସ୍ଥିତ ରହିବାକୁ ବିବେଚନା କରୁଥିଲୁ ଯଦି ଏହା ଦିଆଯାଇଥିବା ଗଭୀର ସ୍ତରର ଆକାରର କ fra ଣସି ଭଗ୍ନାଂଶରେ ମିଳିଥାଏ |IO - ଭାରତ ମହାସାଗର, NAO - ଉତ୍ତର ଆଟଲାଣ୍ଟିକ୍, NPO - ଉତ୍ତର ପ୍ରଶାନ୍ତ, RS - ଲୋହିତ ସାଗର, SAO - ଦକ୍ଷିଣ ଆଟଲାଣ୍ଟିକ୍, SO - ଦକ୍ଷିଣ ମହାସାଗର, SPO - ଦକ୍ଷିଣ ପ୍ରଶାନ୍ତ |
Ca ର ପ୍ରଚୁରତା ଏବଂ ବଣ୍ଟନ ଅଧ୍ୟୟନ |ଇଉଡର୍ମିକ୍ରୋବିଆସିଆ, ଯାହା ଆମେ ପାଇଲୁ, ଅଧିକାଂଶ ସମୁଦ୍ର ଅବବାହିକାରେ, ଏବଂ ସମଗ୍ର ଜଳ ସ୍ତମ୍ଭରେ (ଚିତ୍ର 3d) ପ୍ରାଧାନ୍ୟ ଦେଇଥାଏ |ସ୍ଥାନୀୟ ଭାବରେ, ସେମାନେ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର 6% ଗଠନ କରନ୍ତି, ଯାହା ସେମାନଙ୍କୁ ବିଶ୍ୱ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଅଂଶ କରିଥାଏ |ଏହା ସହିତ, ଆମେ Ca ର ଆପେକ୍ଷିକ ବିଷୟବସ୍ତୁ ପାଇଲୁ |ଇଉଡର୍ମିକ୍ରୋବିଏସିଆ ପ୍ରଜାତି ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର BGC ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ସ୍ତର ଇଉକାରିଓଟିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ ଭଗ୍ନାଂଶରେ ସର୍ବାଧିକ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 3c ଏବଂ ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 7), ପ୍ଲାଙ୍କଟନ୍ ସମେତ କଣିକା ପଦାର୍ଥ ସହିତ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କକୁ ସୂଚାଇଥାଏ |ଏହି ପର୍ଯ୍ୟବେକ୍ଷଣ 'Ca' ସହିତ କିଛି ସମାନତା ବହନ କରେ |ଇଉଡୋରେମିକ୍ରୋବିୟମ୍ ବିଜିସି ଯାହା ଜଣାଶୁଣା ପଥ ମାଧ୍ୟମରେ ସାଇଟୋଟକ୍ସିକ୍ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ କରେ, ଶିକାରକାରୀ ଆଚରଣ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରିପାରିବ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା ଏବଂ ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 8), ଅନ୍ୟ ଶିକାରକାରୀଙ୍କ ପରି, ଯେଉଁମାନେ ମାଇକ୍ସୋକୋକସ୍ 41 ପରି ମେଟାବୋଲାଇଟ୍ ଉତ୍ପାଦନ କରନ୍ତି |Ca ର ଆବିଷ୍କାର |ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ନମୁନା ଅପେକ୍ଷା କମ୍ ଉପଲବ୍ଧ (ଗଭୀର ମହାସାଗର) କିମ୍ବା ଇଉକାରିଓଟିକ୍ ରେ ଇଉଡର୍ମିକ୍ରୋବିଏସିଆ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରିପାରେ କାହିଁକି ପ୍ରାକୃତିକ ଖାଦ୍ୟ ଅନୁସନ୍ଧାନ ପରିପ୍ରେକ୍ଷୀରେ ଏହି ଜୀବାଣୁ ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର ଅପ୍ରତ୍ୟାଶିତ BGC ବିବିଧତା ଅସ୍ପଷ୍ଟ ରହିଥାଏ |
ପରିଶେଷରେ, ଆମେ ନୂତନ ପଥ, ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ଆବିଷ୍କାର କରିବାରେ ଆମର ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍-ଆଧାରିତ କାର୍ଯ୍ୟର ପ୍ରତିଜ୍ଞାକୁ ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଭାବରେ ବ valid ଧ କରିବାକୁ ଚେଷ୍ଟା କଲୁ |BGC ଗୁଡ଼ିକର ବିଭିନ୍ନ ଶ୍ରେଣୀ ମଧ୍ୟରେ, RiPP ପାଥ୍ ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମ୍ ଦ୍ core ାରା କୋର୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ର ବିଭିନ୍ନ ଅନୁବାଦ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପରିବର୍ତ୍ତନ ହେତୁ ଏକ ସମୃଦ୍ଧ ରାସାୟନିକ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବିବିଧତାକୁ ଏନକୋଡ୍ କରିବାକୁ ଜଣାଶୁଣା |ତେଣୁ ଆମେ ଦୁଇଟି 'Ca' ବାଛିଲୁ |ଇଉଡୋରେମିକ୍ରୋବିୟମ୍ 'RiPP BGCs (ଚିତ୍ର 3b ଏବଂ 4a-e) ଯେକ known ଣସି ଜଣାଶୁଣା BGC (\ (\ ବାର୍ {d} \) MIBiG ଏବଂ \ (\ ବାର୍ {d} \) ରେଫ୍ ସେକ୍ ଉପରେ ଆଧାରିତ |
a - c, ଇନ୍ ଭିଟ୍ରୋ ହେଟେରୋଲୋଜିକ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ଏବଂ ଏକ ଉପନ୍ୟାସର ଭିଟ୍ରୋ ଏନଜାଇମାଟିକ୍ ଆସେସ୍ (\ (\ bar {d} \) RefSeq = 0.29) ଗଭୀର ସମୁଦ୍ର Ca ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ RiPP ବାୟୋସାଇନ୍ଥେସିସ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର |E. malaspinii 'ଡିଫୋସଫୋରୀଲେଟେଡ୍ ଉତ୍ପାଦ ଉତ୍ପାଦନ କଲା |c, ଉଚ୍ଚ-ବିଭେଦନ (HR) MS / MS (ରାସାୟନିକ ଗଠନରେ ବି ଏବଂ y ଆଇନ୍ ଦ୍ୱାରା ସୂଚିତ ଖଣ୍ଡବିଖଣ୍ଡନ) ଏବଂ NMR (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 9) ବ୍ୟବହାର କରି ଚିହ୍ନିତ ପରିବର୍ତ୍ତନ |d, ଏହି ଫସଫୋରୀଲେଟେଡ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ସ୍ତନ୍ୟପାୟୀ ନ୍ୟୁଟ୍ରୋଫିଲ୍ ଏଲାଷ୍ଟେଜ୍ ର ନିମ୍ନ ମାଇକ୍ରୋମୋଲାର୍ ପ୍ରତିବନ୍ଧକ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ, ଯାହା କଣ୍ଟ୍ରୋଲ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଏବଂ ଡିହାଇଡ୍ରେଟିଂ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ (ରାସାୟନିକ ଅପସାରଣ ଦ୍ uc ାରା ଡିହାଇଡ୍ରେସନ୍) ରେ ମିଳିନଥାଏ |ସମାନ ଫଳାଫଳ ସହିତ ଏହି ପରୀକ୍ଷଣକୁ ତିନିଥର ପୁନରାବୃତ୍ତି କରାଯାଇଥିଲା |ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ଦ୍ୱିତୀୟ ଉପନ୍ୟାସର \ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶଗୁଡିକ HR-MS / MS, ଆଇସୋଟୋପ୍ ଲେବେଲିଂ ଏବଂ NMR ବିଶ୍ଳେଷଣ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) ଦ୍ୱାରା ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ପରିବର୍ତ୍ତନ ସ୍ଥାନ ଅନୁଯାୟୀ ଦାଗଯୁକ୍ତ |ଦାଶେଡ୍ ରଙ୍ଗ ସୂଚାଇଥାଏ ଯେ ଦୁଇଟି ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ହୁଏ |ସମାନ ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସରେ ସମସ୍ତ ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମର କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ଦେଖାଇବା ପାଇଁ ଚିତ୍ରଟି ଅନେକ ହେଟେରୋଲୋଜିକ୍ ନିର୍ମାଣର ଏକ ସଂକଳନ |h, N-methylation ମଧ୍ୟରେ ବ୍ୟାକବୋନ ପାଇଁ NMR ତଥ୍ୟର ଚିତ୍ର |ପୂର୍ଣ୍ଣ ଫଳାଫଳ ଡିମ୍ବିରିରେ ଦର୍ଶାଯାଇଛି |10 ବିସ୍ତୃତ ଡାଟା ସହିତ |i, MIBiG 2.0 ଡାଟାବେସରେ ମିଳୁଥିବା ସମସ୍ତ FkbM ଡୋମେନ୍ ମଧ୍ୟରେ ପରିପକ୍ୱ FkbM ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର ଏନଜାଇମର ଫିଲୋଜେନେଟିକ୍ ସ୍ଥିତି N-methyltransferase କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) ସହିତ ଏହି ପରିବାରର ଏକ ଏନଜାଇମ୍ ପ୍ରକାଶ କରିଥାଏ |BGCs (a, e) ର ସ୍କିମେଟିକ୍ ଚିତ୍ରଗୁଡ଼ିକ, ପୂର୍ବବର୍ତ୍ତୀ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ସଂରଚନା (b, f), ଏବଂ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟର ପୁଟିଭ୍ ରାସାୟନିକ ସଂରଚନା (c, g) ଦର୍ଶାଯାଇଛି |
ପ୍ରଥମ RiPP ପଥପଥ (\ (\ bar {d} \) MIBiG = 0.41, \ (\ bar {d} \) RefSeq = 0.29) କେବଳ ଗଭୀର ସମୁଦ୍ର ପ୍ରଜାତି “Ca.E. malaspinii ”ଏବଂ Peptide- precursor ପାଇଁ ସଂକେତ (ଚିତ୍ର 4a, b) |ଏହି ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମରେ, ଆମେ ଲାଣ୍ଟିପେପ୍ଟାଇଡ୍ ସିନ୍ଥେଜ୍ ର ଡିହାଇଡ୍ରେସନ୍ ଡୋମେନ୍ ପାଇଁ ଏକକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ଡୋମେନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରିଛୁ ଯାହା ସାଧାରଣତ ph ଫସଫୋରୀଲେସନ୍ ଏବଂ 43 ର ଅପସାରଣ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) କୁ କାଟାଲାଇଜ୍ କରିଥାଏ |ତେଣୁ, ଆମେ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରୁଛୁ ଯେ ପୂର୍ବବର୍ତ୍ତୀ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ର ପରିବର୍ତ୍ତନରେ ଏହିପରି ଦୁଇ-ପର୍ଯ୍ୟାୟ ଡିହାଇଡ୍ରେସନ୍ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ |ତଥାପି, ଟାଣ୍ଡେମ୍ ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମେଟ୍ରି (MS / MS) ଏବଂ ଆଣବିକ ଚୁମ୍ବକୀୟ ରିଜୋନାନ୍ସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରସ୍କୋପି (NMR) ବ୍ୟବହାର କରି ଆମେ ଏକ ପଲିଫୋସଫୋରୀଲେଟେଡ୍ ଲାଇନ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ (ଚିତ୍ର 4c) ଚିହ୍ନଟ କଲୁ |ଯଦିଓ ଅପ୍ରତ୍ୟାଶିତ, ଏହାର ଶେଷ ଉତ୍ପାଦକୁ ସମର୍ଥନ କରିବାକୁ ଆମେ ଅନେକ ଧାଡି ପ୍ରମାଣ ପାଇଲୁ: ଦୁଇଟି ଭିନ୍ନ ହେଟେରୋଲୋଜି ହୋଷ୍ଟ ଏବଂ ଭିଟ୍ରୋ ଆସେସରେ କ de ଣସି ଡିହାଇଡ୍ରେସନ୍, ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମର କାଟାଲାଇଟିସ୍ ଡିହାଇଡ୍ରେସନ୍ ସାଇଟରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ହୋଇଥିବା ପ୍ରମୁଖ ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶଗୁଡିକର ଚିହ୍ନଟ |ସମସ୍ତ “Ca” ଦ୍ୱାରା ପୁନ str ନିର୍ମାଣ |E. malaspinii ଜିନୋମ (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 9 ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା) ଏବଂ, ଶେଷରେ, ଫସଫୋରାଇଟେଡ୍ ଉତ୍ପାଦର ଜ bi ବିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ, କିନ୍ତୁ ରାସାୟନିକ ଭାବରେ ସିନ୍ଥାଇଜ୍ ହୋଇଥିବା ଡିହାଇଡ୍ରେଡ୍ ଫର୍ମ ନୁହେଁ (ଚିତ୍ର 4d) |ବାସ୍ତବରେ, ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଏହା ନିଉଟ୍ରୋଫିଲ୍ ଏଲାଷ୍ଟେଜ୍ ବିରୁଦ୍ଧରେ ଏକ ନିମ୍ନ ମାଇକ୍ରୋମୋଲାର୍ ପ୍ରୋଟେଜ୍ ନିରୋଧକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ, ଏକାଗ୍ରତା ସୀମା (IC50 = 14.3 μM) 44 ରେ ଥିବା ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ଆନୁସଙ୍ଗିକ ପ୍ରାକୃତିକ ଦ୍ରବ୍ୟ ସହିତ ତୁଳନା କରାଯାଇପାରେ, ପରିବେଶ ଭୂମିକା ବର୍ଣ୍ଣିତ ହେବା ସତ୍ତ୍ .େ |ଏହି ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ଉପରେ ଆଧାର କରି, ଆମେ ପଥକୁ “ଫସଫେପ୍ଟିନ୍” ନାମ ଦେବାକୁ ପ୍ରସ୍ତାବ ଦେଉ |
ଦ୍ୱିତୀୟ ମାମଲା ହେଉଛି 'Ca' ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଏକ ଜଟିଳ RiPP ପଥ |ଇଉଡୋରେମିକ୍ରୋବିୟମ୍ (\ (\ ବାର୍ {d} \) MIBiG = 0.46, \ (\ ବାର୍ {d} \) RefSeq = 0.33) ପ୍ରାକୃତିକ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକ ଏନକୋଡ୍ କରିବାକୁ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିଲା (ଚିତ୍ର 4e) |ଏହି ପଥଗୁଡିକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜିକାଲ୍ ଆଗ୍ରହର କାରଣ ଆଶା କରାଯାଉଥିବା ଘନତା ଏବଂ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ଅସାଧାରଣ ରାସାୟନିକ ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡ଼ିକ ଅପେକ୍ଷାକୃତ ସ୍ୱଳ୍ପ BGCs45 ଦ୍ୱାରା ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଥିବା ଏନଜାଇମ୍ ଦ୍ୱାରା ପ୍ରତିଷ୍ଠିତ |ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଏହି ପ୍ରୋଟିନ୍ ପୂର୍ବରୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଠାରୁ ଭିନ୍ନ ଅଟେ କାରଣ ଏଥିରେ ପଲିସେରାମାଇଡ୍ସର ଉଭୟ ମୁଖ୍ୟ NX5N ମୋଟିଫ୍ ଏବଂ ଲ୍ୟାଣ୍ଡୋରନାମାଇଡ୍ 46 ର ଲାନଥୋନିନ୍ ଲୁପ୍ ଅଭାବ |ସାଧାରଣ ହେଟେରୋଲୋଜିସ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି s ାଞ୍ଚାର ସୀମାବଦ୍ଧତାକୁ ଦୂର କରିବାକୁ, ଆମେ ଚାରିଟି ପରିପକ୍ୱ ପଥ ପଥ ଏନଜାଇମ୍ (ପଦ୍ଧତି) କୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ କରିବା ପାଇଁ ଏକ କଷ୍ଟମ୍ ମାଇକ୍ରୋଭାଇରଗୁଲା ଏରୋଡେନିଟ୍ରିଫିକ୍ସ ସିଷ୍ଟମ୍ ସହିତ ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ |MS / MS, ଆଇସୋଟୋପ୍ ଲେବେଲିଂ, ଏବଂ NMR ର ଏକ ମିଶ୍ରଣ ବ୍ୟବହାର କରି, ଆମେ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ର 46-ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ କୋରରେ ଏହି ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିଥିଲୁ (ଚିତ୍ର 4f, g, ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 10–12 ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା) |ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମ୍ ମଧ୍ୟରେ, ଆମେ RiPP ପଥରେ FkbM O-methyltransferase ପରିବାର ସଦସ୍ୟ 47 ର ପ୍ରଥମ ରୂପକୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ କରିଥିଲୁ ଏବଂ ଅପ୍ରତ୍ୟାଶିତ ଭାବରେ ପାଇଲୁ ଯେ ଏହି ପରିପକ୍ୱ ଏନଜାଇମ୍ ବ୍ୟାକବୋନ୍ N-methylation (ଚିତ୍ର 4h, i ଏବଂ ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା) କୁ ପରିଚିତ କରେ |ଯଦିଓ ଏହି ପରିବର୍ତ୍ତନ ପ୍ରାକୃତିକ NRP48 ଉତ୍ପାଦରେ ଜଣାଶୁଣା, ଆମାଇଡ୍ ବଣ୍ଡର ଏନଜାଇମାଟିକ୍ N- ମିଥାଇଲେସନ୍ ଏକ ଜଟିଳ କିନ୍ତୁ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜିକାଲ୍ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା 49 ଯାହା ଏପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ବୋରୋସିନ୍ର RiPP ପରିବାର ପାଇଁ ଆଗ୍ରହୀ |ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟତା 50,51ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ RiPP ର ଅନ୍ୟ ପରିବାରରେ ଏହି କାର୍ଯ୍ୟକଳାପର ଚିହ୍ନଟ ନୂତନ ପ୍ରୟୋଗ ଖୋଲିପାରେ ଏବଂ ପ୍ରୋଟିନ୍ 52 ର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବିବିଧତା ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର ରାସାୟନିକ ବିବିଧତାକୁ ବିସ୍ତାର କରିପାରେ |ଚିହ୍ନିତ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ ପ୍ରସ୍ତାବିତ ଉତ୍ପାଦ ଗଠନର ଅସାଧାରଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଉପରେ ଆଧାର କରି, ଆମେ ଏକ ପଥ ନାମ “ପାଇଥୋନାମାଇଡ୍” ପ୍ରସ୍ତାବ ଦେଉ |
ଏନଜାଇମର ଏକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ ଏକ ପରିବାରରେ ଏକ ଅପ୍ରତ୍ୟାଶିତ ଏନଜାଇମୋଲୋଜିର ଆବିଷ୍କାର ନୂତନ ଆବିଷ୍କାର ପାଇଁ ପରିବେଶ ଜେନୋମିକ୍ସର ପ୍ରତିଜ୍ଞାକୁ ବର୍ଣ୍ଣନା କରେ, ଏବଂ କେବଳ କ୍ରମ ହୋମୋଲୋଜି ଉପରେ ଆଧାର କରି କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ପାଇଁ ସୀମିତ କ୍ଷମତାକୁ ବର୍ଣ୍ଣନା କରେ |ଏହିପରି, ଅଣ-କାନୋନିକାଲ୍ ବାୟୋଆକ୍ଟିଭ୍ ପଲିଫୋସଫୋରାଇଟେଡ୍ RiPP ର ରିପୋର୍ଟ ସହିତ, ଆମର ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ଉତ୍ସ-ଘୋର କିନ୍ତୁ ଜ bi ବ ରସାୟନିକ ଯ ounds ଗିକର କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ସମୃଦ୍ଧତା, ବିବିଧତା ଏବଂ ଅସାଧାରଣ ସଂରଚନାକୁ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ରୂପେ ଉନ୍ମୁକ୍ତ କରିବା ପାଇଁ ସିନ୍ଥେଟିକ୍ ଜୀବବିଜ୍ଞାନ ପ୍ରୟାସ ପାଇଁ ଉତ୍ସ-ଘୋର କିନ୍ତୁ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ମୂଲ୍ୟ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ |
ଏଠାରେ ଆମେ ମାଇକ୍ରୋବସ୍ ଦ୍ enc ାରା ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଥିବା ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବ୍ୟତାର ପରିସର ଏବଂ ବିଶ୍ gen ର ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ୍ ରେ ସେମାନଙ୍କର ଜେନୋମିକ୍ ପ୍ରସଙ୍ଗ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରୁ, ଫଳାଫଳ ଉତ୍ସକୁ ବ scientific ଜ୍ଞାନିକ ସମ୍ପ୍ରଦାୟକୁ ଉପଲବ୍ଧ କରାଇ ଭବିଷ୍ୟତ ଅନୁସନ୍ଧାନକୁ ସୁଗମ କରୁ (https://microbiomics.io/ocean/) |ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଏହାର ଅନେକ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ନବକଳେବର କେବଳ MAG ଏବଂ SAG ଗୁଡ଼ିକୁ ପୁନ str ନିର୍ମାଣ କରି ମିଳିପାରିବ, ବିଶେଷତ under ଅବ୍ୟବହୃତ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟରେ ଯାହା ଭବିଷ୍ୟତର ବାୟୋପ୍ରୋସ୍ପେକ୍ଟିଂ ପ୍ରୟାସକୁ ମାର୍ଗଦର୍ଶନ କରିପାରିବ |ଯଦିଓ ଆମେ ଏଠାରେ 'Ca' ଉପରେ ଧ୍ୟାନ ଦେବୁ |Eudormicrobiaceae ”ଏକ ବଂଶ ଭାବରେ ବିଶେଷ ଭାବରେ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍“ ପ୍ରତିଭାବାନ ”ଭାବରେ, ଆବିଷ୍କୃତ ମାଇକ୍ରୋବୋଟା ରେ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ଅନେକ BGC ସମ୍ଭବତ previously ପୂର୍ବରୁ ଲିଖିତ ଏନଜାଇମୋଲୋଜିକୁ ଏନକୋଡ୍ କରନ୍ତି ଯାହା ପରିବେଶ ଏବଂ / କିମ୍ବା ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜିକାଲ୍ ମହତ୍ actions ପୂର୍ଣ୍ଣ କାର୍ଯ୍ୟ ସହିତ ଯ ounds ଗିକ ସୃଷ୍ଟି କରିଥାଏ |
ପ୍ରମୁଖ ମହାସାଗରୀୟ ଏବଂ ସମୟ କ୍ରମିକ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଡାଟାସେଟଗୁଡିକ ସମୁଦ୍ର କ୍ରମରେ, ଗଭୀର ସ୍ତରରେ ଏବଂ ସମୟ ସହିତ ବିଶ୍ global ର ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର କଭରେଜ୍କୁ ସର୍ବାଧିକ କରିବା ପାଇଁ ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା |ଏହି ଡାଟାସେଟଗୁଡିକ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ଟେବୁଲ୍ 1 ଏବଂ ଚିତ୍ର 1) ତର ସମୁଦ୍ରରେ ସଂଗୃହିତ ନମୁନାରୁ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ (ଭାଇରାଲ୍ ସମୃଦ୍ଧ, n = 190; ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ, n = 180) 12,22 ଏବଂ BioGEOTRACES ଅଭିଯାନ (n = 480) |ହାୱାଇନ୍ ଓସେନିକ୍ ଟାଇମ୍ ସିରିଜ୍ (HOT, n = 68), ବରମୁଣ୍ଡା-ଆଟଲାଣ୍ଟିକ୍ ଟାଇମ୍ ସିରିଜ୍ (BATS, n = 62) 21 ଏବଂ ମାଲାସ୍ପିନା ଅଭିଯାନ (n = 58) 23 |ସମସ୍ତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଖଣ୍ଡରୁ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ପ BB ଼ିବା ପାଇଁ BBMap (v.38.71) ବ୍ୟବହାର କରି ଗୁଣବତ୍ତା ପାଇଁ ଫିଲ୍ଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା, ପଠନରୁ ସିକ୍ୱେନ୍ସି ଆଡାପ୍ଟର ଅପସାରଣ କରି, ଗୁଣାତ୍ମକ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କ୍ରମରେ ମ୍ୟାପ୍ ହୋଇଥିବା ପଠନକୁ ଅପସାରଣ କରି ଏବଂ trimq = 14, maq = 20 ଖରାପ ପଠନ ଗୁଣକୁ ପରିତ୍ୟାଗ କରେ, maxns = 0 ଏବଂ minlength = 45. ପରବର୍ତ୍ତୀ ବିଶ୍ଳେଷଣଗୁଡିକ ଚଲାଗଲା କିମ୍ବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ହେଲେ QC ପଠନ ସହିତ ମିଶ୍ରଣ ହେଲା (bbmerge.sh minoverlap = 16) |ମେଟା SPPAdes (v.3.11.1 କିମ୍ବା v.3.12 ଆବଶ୍ୟକ) ବ୍ୟବହାର କରିବା ପୂର୍ବରୁ QC ପଠନଗୁଡିକ ସ୍ ized ାଭାବିକ କରାଯାଇଥିଲା (bbnorm.sh target = 40, minddepth = 0) |ଫଳସ୍ୱରୂପ ସ୍କାଫୋଲ୍ଡ କଣ୍ଟିଗ୍ସ (ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ ସ୍କାଫୋଲ୍ଡ ଭାବରେ କୁହାଯାଏ) ଶେଷରେ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ (≥1 kb) ଦ୍ୱାରା ଫିଲ୍ଟର୍ ହେଲା |
1038 ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ନମୁନାକୁ ଗୋଷ୍ଠୀରେ ବିଭକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ, ସମସ୍ତ ନମୁନାର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଗୁଣାତ୍ମକ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ପ s ଼ା ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାର ବ୍ରାକେଟ୍ ସହିତ ପୃଥକ ଭାବରେ ମେଳ ହୋଇଥିଲା, ଫଳସ୍ୱରୂପ ନିମ୍ନ ସଂଖ୍ୟକ ଯୁଗଳ ବ୍ରାକେଟ୍ ଗ୍ରୁପ୍ ପ read ଼ିଲା: ତର ସାମୁଦ୍ରିକ ଜୀବାଣୁ - ସମୃଦ୍ଧ | (190 × 190), ପ୍ରୋକାରିଓଟ୍ସ ସମୃଦ୍ଧ (180 × 180), ବାୟୋଜୋଟ୍ରାସ୍, ହଟ୍ ଏବଂ ବ୍ୟାଟ୍ସ (610 × 610) ଏବଂ ମାଲାସ୍ପିନା (58 × 58) |ବୁରୋସ୍-ହ୍ୱିଲର୍-ଆଲାଇଜର୍ (BWA) (v.0.7.17-r1188) 54 ବ୍ୟବହାର କରି ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଯାହା ଦ୍ secondary ିତୀୟ ସାଇଟଗୁଡିକ (-a ଫ୍ଲାଗ୍ ବ୍ୟବହାର କରି) ସହିତ ମେଳ ଖାଇବାକୁ ଅନୁମତି ଦେଇଥାଏ |ଅତିକମରେ 45 ବେସ୍ ଲମ୍ବା, ≥97% ପରିଚୟ ଏବଂ ≥80% ପ read ଼ିବା ପାଇଁ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟଗୁଡିକ ଫିଲ୍ଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରତ୍ୟେକ ଗୋଷ୍ଠୀ ପାଇଁ ଆନ୍ତ a- ଏବଂ ଆନ୍ତ sample- ନମୁନା କଭରେଜ୍ ପ୍ରଦାନ କରିବାକୁ MetaBAT2 (v.2.12.1) 55 ପାଇଁ jgi_summarize_bam_contig_depths ସ୍କ୍ରିପ୍ଟ ବ୍ୟବହାର କରି ଫଳାଫଳ BAM ଫାଇଲଗୁଡିକ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |ଶେଷରେ, –minContig 2000 ଏବଂ –maxEdges 500 ସହିତ ସମସ୍ତ ନମୁନାରେ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ଭାବରେ MetaBAT2 ଚଳାଇ ସମ୍ବେଦନଶୀଳତା ବ to ାଇବା ପାଇଁ ବ୍ରାକେଟ୍ ଗୁଡିକୁ ଗୋଷ୍ଠୀଭୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା | ଆମେ ଏକ ଏନ୍ସମ୍ବଲ୍ ବକ୍ସର ବଦଳରେ MetaBAT2 ବ୍ୟବହାର କରୁ କାରଣ ଏହା ସ୍ independent ାଧୀନ ପରୀକ୍ଷଣରେ ସବୁଠାରୁ ପ୍ରଭାବଶାଳୀ ଏକକ ବକ୍ସର ଭାବରେ ଦର୍ଶାଯାଇଛି |ଏବଂ ଅନ୍ୟ ସାଧାରଣ ବ୍ୟବହୃତ ବକ୍ସରମାନଙ୍କ ଅପେକ୍ଷା 10 ରୁ 50 ଗୁଣ ଅଧିକ ଦ୍ରୁତଗାମୀ |ପ୍ରଚୁର ସମ୍ପର୍କର ପ୍ରଭାବ ପାଇଁ ପରୀକ୍ଷା କରିବାକୁ, ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସର ଏକ ମନଇଚ୍ଛା ମନୋନୀତ ନମୁନା (ଦୁଇଟି ତର ମହାସାଗରର ପ୍ରତ୍ୟେକ ଡାଟାସେଟ ପାଇଁ 10, BioGEOTRACES ପାଇଁ 10, ପ୍ରତ୍ୟେକ ଥର ସିରିଜ୍ ପାଇଁ 5 ଏବଂ ମାଲାସ୍ପିନା ପାଇଁ 5) ଅତିରିକ୍ତ ନମୁନା ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା |ଆଭ୍ୟନ୍ତରୀଣ ନମୁନାଗୁଡିକ କଭରେଜ୍ ସୂଚନା ପାଇବା ପାଇଁ ଗୋଷ୍ଠୀଭୁକ୍ତ |(ଅତିରିକ୍ତ ସୂଚନା)।
ପରବର୍ତ୍ତୀ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ ଅତିରିକ୍ତ (ବାହ୍ୟ) ଜିନୋମଗୁଡିକ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା, ଯଥା - Tara Oceans26 ଡାଟାସେଟର ଏକ ସବ୍ସେଟରୁ 830 ମାନୁଆଲୀ ମନୋନୀତ MAG, GORG20 ଡାଟାସେଟରୁ 5287 SAG ଏବଂ 1707 ବିଚ୍ଛିନ୍ନ REF ରୁ MAR ଡାଟାବେସ୍ (MarDB ବନାମ 4) ଏବଂ ତଥ୍ୟ | 682 SAGs) 27. MarDB ଡାଟାସେଟ୍ ପାଇଁ, ଜେନୋମଗୁଡିକ ଉପଲବ୍ଧ ମେଟାଡାଟା ଉପରେ ଆଧାର କରି ଚୟନ କରାଯାଇଥାଏ ଯଦି ନମୁନା ପ୍ରକାର ନିମ୍ନଲିଖିତ ନିୟମିତ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ସହିତ ମେଳ ହୁଏ: '[S | s] ingle।? [C | c] ell | [C | c] ulture | [I | i] ବିଚ୍ଛିନ୍ନ '|
ପ୍ରତ୍ୟେକ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପାତ୍ର ଏବଂ ବାହ୍ୟ ଜେନୋମର ଗୁଣବତ୍ତା ଚେକଏମ୍ (v.1.0.13) ଏବଂ ଆନ୍ଭି’ର ଲାଇନ୍ ୱାର୍କଫ୍ଲୋ (v.5.5.0) 58,59 ବ୍ୟବହାର କରି ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରାଯାଇଥିଲା |ଯଦି ଚେକ୍ ଏମ୍ କିମ୍ବା ଆନ୍ଭିଓ ≥50% ସଂପୂର୍ଣ୍ଣତା / ସଂପୂର୍ଣ୍ଣତା ଏବଂ ≤10% ପ୍ରଦୂଷଣ / ଅନାବଶ୍ୟକତା ରିପୋର୍ଟ କରେ, ତେବେ ପରବର୍ତ୍ତୀ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ କୋଷ ଏବଂ ବାହ୍ୟ ଜିନୋମକୁ ସଂରକ୍ଷଣ କରନ୍ତୁ |ଏହି ସ୍କୋରଗୁଡିକ ତାପରେ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣତା (mcpl) ଏବଂ ଅର୍ଥ ପ୍ରଦୂଷଣ (mctn) ରେ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ମାନଦଣ୍ଡ ଅନୁଯାୟୀ ଶ୍ରେଣୀଭୁକ୍ତ କରିବାକୁ ଏକତ୍ରିତ ହେଲା: ଉଚ୍ଚ ଗୁଣ: mcpl ≥ 90% ଏବଂ mctn ≤ 5%;ଉତ୍ତମ ଗୁଣ: mcpl ≥ 70%, mctn ≤ 10%, ମଧ୍ୟମ ଗୁଣ: mcpl ≥ 50% ଏବଂ mctn ≤ 10%, ଯଥାର୍ଥ ଗୁଣ: mcpl ≤ 90% କିମ୍ବା mctn ≥ 10% |ଫିଲ୍ଟର୍ ହୋଇଥିବା ଜେନୋମଗୁଡିକ ତାପରେ ଗୁଣାତ୍ମକ ସ୍କୋର (Q ଏବଂ Q ') ସହିତ ନିମ୍ନଲିଖିତ ଭାବରେ ସଂଯୁକ୍ତ: Q = mcpl - 5 x mctn Q' = mcpl - 5 x mctn + mctn x (ଷ୍ଟ୍ରେନ୍ ଭେରିଏବିଲିଟି) / 100 + 0.5 x ଲଗ [N50] |(dRep61 ରେ କାର୍ଯ୍ୟକାରୀ ହୋଇଛି)
ବିଭିନ୍ନ ତଥ୍ୟ ଉତ୍ସ ଏବଂ ଜିନୋମ ପ୍ରକାର (MAG, SAG ଏବଂ REF) ମଧ୍ୟରେ ତୁଳନାତ୍ମକ ବିଶ୍ଳେଷଣକୁ ଅନୁମତି ଦେବାକୁ, dRep (v.2.5.4) ବ୍ୟବହାର କରି ଜେନୋମ-ୱାଇଡ୍ ହାରାହାରି ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ପରିଚୟ (ANI) ଉପରେ ଆଧାର କରି 34,799 ଜିନୋମକୁ ଡିଫେରେନ୍ସ କରାଯାଇଥିଲା |ପୁନରାବୃତ୍ତି) 61% 95% ANI ଥ୍ରେସହୋଲ୍ଡ 28,62 (-କମ୍ପ 0 -con 1000 -sa 0.95 -nc 0.2) ଏବଂ ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ ଜେନୋମ କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ ପ୍ରଦାନ କରୁଥିବା SpecI63 ବ୍ୟବହାର କରି ଏକକ-କପି ମାର୍କର ଜିନ୍ |ଉପରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିବା ସର୍ବାଧିକ ଗୁଣବତ୍ତା ସ୍କୋର (Q ') ଅନୁଯାୟୀ ପ୍ରତ୍ୟେକ dRep କ୍ଲଷ୍ଟର ପାଇଁ ଏକ ପ୍ରତିନିଧୀ ଜିନୋମ ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହା ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରତିନିଧୀ ଭାବରେ ବିବେଚନା କରାଯାଉଥିଲା |
ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ ସ୍ପିଡ୍ ଆକଳନ କରିବାକୁ, BWA (v.0.7.17-r1188, -a) OMD ରେ ଥିବା 34,799 ଜେନୋମ ସହିତ ସମସ୍ତ 1038 ସେଟ୍ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପଠନକୁ ମାନଚିତ୍ର କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ଗୁଣବତ୍ତା-ନିୟନ୍ତ୍ରିତ ପଠନଗୁଡିକ ଏକକ-ଶେଷ ମୋଡରେ ମ୍ୟାପ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଫଳାଫଳ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟଗୁଡିକ କେବଳ ≥45 bp ଲମ୍ବରେ ରଖିବା ପାଇଁ ଫିଲ୍ଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଏବଂ ପରିଚୟ ≥95%ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ଡିସପ୍ଲେ ଅନୁପାତ ହେଉଛି ଗୁଣାତ୍ମକ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ପ ings ଼ା ସଂଖ୍ୟା ଦ୍ୱାରା ବିଭକ୍ତ ଫିଲ୍ଟରେସନ୍ ପରେ ଅବଶିଷ୍ଟ ପଠନଗୁଡ଼ିକର ଶତକଡ଼ା |ସମାନ ପଦ୍ଧତି ବ୍ୟବହାର କରି, ପ୍ରତ୍ୟେକ 1038 ମେଟେଜେନୋମଗୁଡିକ 5 ନିୟୁତ ସନ୍ନିବେଶକୁ ହ୍ରାସ କରାଯାଇଥିଲା (ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 1c) ଏବଂ OMD ଏବଂ ସମସ୍ତ GEM16 ରେ GORG SAG ସହିତ ମେଳ ହେଲା |GEM16 କାଟାଲଗ୍ ରେ ସମୁଦ୍ର ଜଳରୁ ଉଦ୍ଧାର ହୋଇଥିବା MAG ର ପରିମାଣ ମେଟାଗେନୋମିକ୍ ଉତ୍ସଗୁଡିକର କୀୱାର୍ଡ ଜିଜ୍ଞାସା ଦ୍ se ାରା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରାଯାଇଥିଲା, ସମୁଦ୍ର ଜଳର ନମୁନାଗୁଡିକ (ଯେପରିକି ସାମୁଦ୍ରିକ ପଙ୍କ ତୁଳନାରେ) |ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଭାବରେ, ଆମେ “ଜଳବାୟୁ” କୁ “ଇକୋସିଷ୍ଟମ୍_ ଶ୍ରେଣୀ”, “ସାମୁଦ୍ରିକ” “ଇକୋସିଷ୍ଟମ୍_ପ୍ରକାର” ଭାବରେ ଚୟନ କରୁ ଏବଂ “ବାସସ୍ଥାନ” କୁ “ଗଭୀର ମହାସାଗର”, “ସାମୁଦ୍ରିକ”, “ସାମୁଦ୍ରିକ ମହାସାଗର”, “ପେଲାଗିକ୍ ସାମୁଦ୍ରିକ”, “ସାମୁଦ୍ରିକ ଜଳ” ଭାବରେ ଚୟନ କରୁ | “ମହାସାଗର”, “ସମୁଦ୍ର ଜଳ”, “ଭୂପୃଷ୍ଠ ସମୁଦ୍ର ଜଳ”, “ଭୂପୃଷ୍ଠ ସମୁଦ୍ର ଜଳ” |ଏହା ଫଳସ୍ୱରୂପ 1823 OTU (ଏଠାରେ ଦୃଶ୍ୟ) ଉପରେ 5903 MAGs (734 ଉଚ୍ଚ ଗୁଣ) ବଣ୍ଟନ ହେଲା |
GTDB r89 ସଂସ୍କରଣ 13 କୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ କରି ଡିଫଲ୍ଟ ପାରାମିଟରଗୁଡିକ ସହିତ GTDB-Tk (v.1.0.2) 64 ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ଜେନୋମଗୁଡିକ ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଭାବରେ ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା |ଏକ ପ୍ରଜାତିର ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଟିପ୍ପଣୀ ଏହାର ପ୍ରତିନିଧୀ ଜେନୋମ ମଧ୍ୟରୁ ଗୋଟିଏ ଭାବରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଛି |ଇଉକାରିଓଟ୍ସ (148 MAG) କୁ ଛାଡିଦେଲେ, ପ୍ରତ୍ୟେକ ଜିନୋମକୁ ପ୍ରଥମେ ପ୍ରୋକ୍କା (v.1.14.5) 65 ବ୍ୟବହାର କରି ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା, ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ ନାମକରଣ କରି, ଆବଶ୍ୟକତା ଅନୁଯାୟୀ “ଆର୍କିଆ” କିମ୍ବା “ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ” ପାରାମିଟର ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରିଥିଲେ, ଯାହା ଅଣ-ରିପୋର୍ଟ ପାଇଁ ମଧ୍ୟ ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଥିଲା | ଜିନ୍ କୋଡିଂ |ଏବଂ ଅନ୍ୟ ଜେନୋମିକ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରେ CRISPR ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ |FetchMG (v.1.2) 66 ବ୍ୟବହାର କରି ସର୍ବଭାରତୀୟ ଏକକ-କପି ମାର୍କର ଜିନ୍ (uscMG) ଚିହ୍ନଟ କରି ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଟିପ୍ପଣୀ କରନ୍ତୁ, ଅଣ୍ଡା NOG (v.5.0) 68 ଉପରେ ଆଧାର କରି ଇମାପର୍ (v.2.0.1) 67 ବ୍ୟବହାର କରି ଅର୍ଥୋଲୋଜି ଗୋଷ୍ଠୀ ଏବଂ ଜିଜ୍ଞାସା ନ୍ୟସ୍ତ କରନ୍ତୁ |KEGG ଡାଟାବେସ୍ (ଫେବୃଆରୀ 10, 2020 ପ୍ରକାଶିତ) 69. DIAMOND (v.0.9.30) 70 ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରୋଟିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ KEGG ଡାଟାବେସ୍ ସହିତ ମେଳ କରି ଶେଷ ପଦକ୍ଷେପ କରାଯାଇଥିଲା ≥70% |NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline71 ଅନୁଯାୟୀ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ଅଧିକ ଆଶା କରାଯାଉଥିବା ବିଟ୍ରେଟ୍ (ନିଜେ ଲିଙ୍କ୍) ଉପରେ ଆଧାର କରି ଫିଲ୍ଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଡିଫଲ୍ଟ ପାରାମିଟର ଏବଂ ବିଭିନ୍ନ କ୍ଲଷ୍ଟର ବିସ୍ଫୋରଣ ସହିତ antiSMASH (v.5.1.0) 72 ବ୍ୟବହାର କରି ଜିନୋମରେ BGC କୁ ଚିହ୍ନିବା ପାଇଁ ଜିନ୍ କ୍ରମଗୁଡିକ ମଧ୍ୟ ଇନପୁଟ୍ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ୱେବରେ ଉପଲବ୍ଧ ବିଷୟବସ୍ତୁ ମେଟାଡାଟା ସହିତ ସମସ୍ତ ଜେନୋମ ଏବଂ ଟିପ୍ପଣୀ OMD ରେ ସଂକଳିତ ହୋଇଛି (https://microbiomics.io/ocean/) |
ପୂର୍ବରୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ ପଦ୍ଧତିଗୁଡ଼ିକ ପରି 12,22 ଆମେ କ୍ଲଷ୍ଟର> 56.6 ନିୟୁତ ପ୍ରୋଟିନ୍-କୋଡିଂ ଜିନ୍ ବ୍ୟବହାର କରି OMD ରୁ 95% ପରିଚୟ ଏବଂ କ୍ଷୁଦ୍ର ଜିନ୍ (90% କଭରେଜ୍) 73 ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ CD-HIT (v.4.8.1) ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ | > 17.7 ନିୟୁତ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର |ପ୍ରତ୍ୟେକ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର ପାଇଁ ପ୍ରତିନିଧୀ ଜିନ୍ ଭାବରେ ଦୀର୍ଘତମ କ୍ରମକୁ ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା |1038 ମେଟେଜେନୋମ୍ ପରେ> 17.7 ମିଲିୟନ୍ BWA (-a) କ୍ଲଷ୍ଟର ସଦସ୍ୟଙ୍କ ସହିତ ମେଳ ହେଲା ଏବଂ ଫଳାଫଳ BAM ଫାଇଲଗୁଡିକ କେବଳ ≥95% ପରିଚୟ ଏବଂ ≥45 ବେସ୍ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ସହିତ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ରଖିବା ପାଇଁ ଫିଲ୍ଟର୍ ହେଲା |ଦ Length ର୍ଘ୍ୟ-ସ୍ ized ାଭାବିକ ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ପ୍ରଥମେ ସର୍ବୋତ୍ତମ ଅନନ୍ୟ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟରୁ ସନ୍ନିବେଶ ଗଣନା କରି ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତା’ପରେ, ଅସ୍ପଷ୍ଟ-ମ୍ୟାପ୍ ଇନ୍ସର୍ଟ ପାଇଁ, ସେମାନଙ୍କର ଅନନ୍ୟ ସନ୍ନିବେଶ ସଂଖ୍ୟା ସହିତ ଆନୁପାତିକ ସଂପୃକ୍ତ ଲକ୍ଷ୍ୟ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକରେ ଭଗ୍ନାଂଶ ଗଣନା ଯୋଗ କରି ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା |
ବିସ୍ତାରିତ OMD ରୁ ଜେନୋମଗୁଡିକ (“Ca. Eudormicrobiaceae” ରୁ ଅତିରିକ୍ତ MAG ସହିତ, ନିମ୍ନରେ ଦେଖନ୍ତୁ) ଏକ ବିସ୍ତୃତ MOTU ରେଫରେନ୍ସ ଡାଟାବେସ୍ ସୃଷ୍ଟି କରିବାକୁ mOTUs74 ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଆନାଲିସିସ୍ ଟୁଲ୍ ଡାଟାବେସ୍ (v.2.5.1) ରେ ଯୋଗ କରାଯାଇଥିଲା |ଦଶଟି uscMG ମଧ୍ୟରୁ କେବଳ six ଟି ଏକକ-କପି ଜେନୋମ (23,528 ଜେନୋମ) ବ surv ୍ଚିଗଲା |ଡାଟାବେସର ସମ୍ପ୍ରସାରଣ ଦ୍ the ାରା ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ 4,494 ଅତିରିକ୍ତ କ୍ଲଷ୍ଟର ସୃଷ୍ଟି ହେଲା |ଡିଫଲ୍ଟ mOTU ପାରାମିଟର (v.2) ବ୍ୟବହାର କରି 1038 ମେଟେଜେନୋମ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |644 mOTU କ୍ଲଷ୍ଟରରେ ଥିବା ମୋଟ 989 ଜେନୋମ (95% REF, 5% SAG ଏବଂ MarDB ର 99.9%) mOTU ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନଟ ହୋଇନାହିଁ |ଏହା MarDB ଜିନୋମଗୁଡିକର ସାମୁଦ୍ରିକ ବିଚ୍ଛିନ୍ନତାର ବିଭିନ୍ନ ଅତିରିକ୍ତ ଉତ୍ସକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରିଥାଏ (ଅଧିକାଂଶ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇନଥିବା ଜିନୋମଗୁଡିକ ପଙ୍କ, ସାମୁଦ୍ରିକ ହୋଷ୍ଟ ଇତ୍ୟାଦିରୁ ପୃଥକ ଜୀବମାନଙ୍କ ସହିତ ଜଡିତ) |ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ଖୋଲା ସମୁଦ୍ର ପରିବେଶ ଉପରେ ଧ୍ୟାନ ଦେବା ଜାରି ରଖିବା ପାଇଁ, ଆମେ ସେମାନଙ୍କୁ ଡାଉନ୍ଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣରୁ ବାଦ ଦେଇଛୁ ଯଦି ସେଗୁଡିକ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇନଥାଏ କିମ୍ବା ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ବିସ୍ତୃତ MOTU ଡାଟାବେସରେ ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରାଯାଇ ନଥାଏ |
OMD ରେ MAG, SAG ଏବଂ REF ରୁ ସମସ୍ତ BGC ଗୁଡିକ (ଉପର ଦେଖନ୍ତୁ) ସମସ୍ତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ସ୍କାଫୋଲ୍ଡରେ ଚିହ୍ନିତ BGC ଗୁଡ଼ିକ ସହିତ ମିଳିତ ହୋଇଥିଲା ଏବଂ ଆଣ୍ଟି- SMASH v.5.0, ଡିଫଲ୍ଟ ପାରାମିଟର) ଏବଂ BiG-SLICE (v.1.1) (PFAM ଡୋମେନ୍) 75 ବ୍ୟବହାର କରି ବର୍ଣ୍ଣିତ |ଏହି ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ ଉପରେ ଆଧାର କରି, ଆମେ BGCs ମଧ୍ୟରେ ସମସ୍ତ କୋସାଇନ୍ ଦୂରତାକୁ ଗଣନା କଲୁ ଏବଂ ଯଥାକ୍ରମେ 0.2 ଏବଂ 0.8 ର ଦୂରତା ସୀମା ବ୍ୟବହାର କରି ସେମାନଙ୍କୁ GCF ଏବଂ GCC ରେ ଗ୍ରୁପ୍ କଲୁ |ଏହି ଥ୍ରେସହୋଲ୍ଡଗୁଡ଼ିକ ହେଉଛି ଇଉକ୍ଲିଡିଆନ୍ ଦୂରତା 75 ବ୍ୟବହାର କରି ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିବା ଥ୍ରେଶୋଲ୍ଡଗୁଡିକର ଏକ ଆଡାପ୍ଟେସନ୍, ଯାହାକି କୋସାଇନ୍ ଦୂରତା ସହିତ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥାଏ, ଯାହା ମୂଳ BiG-SLICE କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ କ strategy ଶଳ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) ରେ କିଛି ତ୍ରୁଟି ଦୂର କରିଥାଏ |
ପୂର୍ବରୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ 16 ପରି ଖଣ୍ଡବିଖଣ୍ଡିତ ହେବାର ଆଶଙ୍କା ହ୍ରାସ କରିବା ପାଇଁ ସ୍କାଫୋଲ୍ଡରେ କେବଳ ≥5 kb ଏନକୋଡ୍ ରଖିବା ପାଇଁ BGC ଗୁଡିକ ଫିଲ୍ଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ 1038 ମେଟେଜେନୋମରେ ମିଳିନଥିବା MarDB REF ଏବଂ SAG କୁ ବାଦ ଦେବା ପାଇଁ (ଉପରେ ଦେଖନ୍ତୁ) |ଏହାଦ୍ୱାରା ମୋଟ 39,055 BGC ଗୁଡିକ OMD ଜିନୋମ ଦ୍ୱାରା ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଥିଲା, ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକ ଉପରେ ଅତିରିକ୍ତ 14,106 ଚିହ୍ନଟ ହେଲା (ଅର୍ଥାତ୍ MAG ରେ ମିଳିତ ନୁହେଁ) |ଏହି “ମେଟେଜେନୋମିକ୍” BGC ଗୁଡିକ ସାମୁଦ୍ରିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେସିସ୍ ସମ୍ଭାବ୍ୟତାର ଆକଳନ କରିବାକୁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା ଯାହା ଡାଟାବେସରେ ଧରାଯାଇନଥିଲା (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) |ପ୍ରତ୍ୟେକ BGC ଆଣ୍ଟି- SMASH କିମ୍ବା BiG-SCAPE76 ରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିବା ଉତ୍ପାଦ ଉତ୍ପାଦ ବର୍ଗ ଅନୁଯାୟୀ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିବା ଉତ୍ପାଦ ପ୍ରକାର ଅନୁଯାୟୀ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଭାବରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ ହୋଇଥିଲା |ପ୍ରତ୍ୟେକ ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ କେବଳ GCF ପ୍ରତି ଦୀର୍ଘତମ BGC ରଖିବା ଦ୍ quant ାରା ପରିମାଣକରଣରେ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହକୁ ରୋକିବା ପାଇଁ (GCC / GCF ର ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ରଚନା, GCF ଏବଂ GCC ର ଦୂରତା, ଏବଂ GCF ର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପ୍ରଚୁରତା) ରୋକିବା ପାଇଁ, 39,055 BGC ଗୁଡିକ ଅଧିକ ନକଲ କରାଯାଇଥିଲା, ଫଳସ୍ୱରୂପ ସମୁଦାୟ 17,689 BGC |
ଗଣିତ ଡାଟାବେସ୍ (BiG-FAM ରେ RefSeq ଡାଟାବେସ୍) 29 ଏବଂ ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଯାଞ୍ଚ (MIBIG 2.0) 30 BGC ମଧ୍ୟରେ ଥିବା ଦୂରତା ଉପରେ ଆଧାର କରି GCC ଏବଂ GCF ର ନୂତନତାକୁ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରାଯାଇଥିଲା |17,689 ପ୍ରତିନିଧୀ BGC ର ପ୍ରତ୍ୟେକ ପାଇଁ, ଆମେ ସଂପୃକ୍ତ ଡାଟାବେସ୍ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ କ୍ଷୁଦ୍ର କୋସାଇନ୍ ଦୂରତା ବାଛିଲୁ |ଉପଯୁକ୍ତ ଭାବରେ GCF କିମ୍ବା GCC ଅନୁଯାୟୀ ଏହି ସର୍ବନିମ୍ନ ଦୂରତା ହାରାହାରି (ହାରାହାରି) |ଡାଟାବେସର ଦୂରତା 0.2 ରୁ ଅଧିକ ହେଲେ ଏକ GCF ନୂତନ ଭାବରେ ବିବେଚନା କରାଯାଏ, ଯାହା (ହାରାହାରି) GCF ଏବଂ ରେଫରେନ୍ସ ମଧ୍ୟରେ ଏକ ଆଦର୍ଶ ପୃଥକତା ସହିତ ଅନୁରୂପ ଅଟେ |ଜିସିସି ପାଇଁ, ଆମେ 0.4 କୁ ବାଛୁ, ଯାହାକି GCF ଦ୍ defined ାରା ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିବା ସୀମାଠାରୁ ଦୁଇଗୁଣ ଅଟେ, ଲିଙ୍କ୍ ସହିତ ଏକ ଦୀର୍ଘକାଳୀନ ସମ୍ପର୍କକୁ ଲକ୍ କରିବାକୁ |
BGC ର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପ୍ରଚୁରତା ଜିନ୍ ସ୍ତରର ପ୍ରୋଫାଇଲରୁ ଉପଲବ୍ଧ ଏହାର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ ର ହାରାହାରି ପ୍ରଚୁରତା (ଆଣ୍ଟି- SMASH ଦ୍ determined ାରା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରାଯାଏ) ଭାବରେ ଆକଳନ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରତ୍ୟେକ GCF କିମ୍ବା GCC ର ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ପ୍ରଚୁରତା ପରେ ପ୍ରତିନିଧୀ BGC ର ସମଷ୍ଟି ଭାବରେ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା (17,689 ମଧ୍ୟରୁ) |ଏହି ପ୍ରଚୁର ମାନଚିତ୍ରଗୁଡିକ ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ ନମୁନା MOTU ଗଣନା ବ୍ୟବହାର କରି ସେଲୁଲାର୍ ରଚନା ପାଇଁ ସ୍ ized ାଭାବିକ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା କ୍ରମାଗତ ପ୍ରୟାସ ପାଇଁ ମଧ୍ୟ ହିସାବ କରିଥିଲା ​​(ବିସ୍ତାରିତ ତଥ୍ୟ, ଚିତ୍ର 1d) |GCF କିମ୍ବା GCC ର ପ୍ରାଦୁର୍ଭାବ ପ୍ରଚୁର ମାତ୍ରାରେ ନମୁନାଗୁଡିକର ଶତକଡ଼ା ହିସାବ କରାଯାଇଥିଲା |
ନମୁନାଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରେ ଇଉକ୍ଲିଡିଆନ୍ ଦୂରତା ସାଧାରଣ GCF ପ୍ରୋଫାଇଲରୁ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା |UMAP77 ବ୍ୟବହାର କରି ଏହି ଦୂରତା ଆକାରରେ ହ୍ରାସ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଫଳାଫଳ ଏମ୍ବେଡିଂଗୁଡିକ HDBSCAN78 ବ୍ୟବହାର କରି ଅଣକ୍ଷଣୀୟ ଘନତା-ଆଧାରିତ କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |HDBSCAN ଦ୍ୱାରା ବ୍ୟବହୃତ ଏକ କ୍ଲଷ୍ଟର ପାଇଁ ସର୍ବନିମ୍ନ ସର୍ବନିମ୍ନ ସଂଖ୍ୟା (ଏବଂ ସେଥିପାଇଁ କ୍ଲଷ୍ଟର ସଂଖ୍ୟା) କ୍ଲଷ୍ଟର ସଦସ୍ୟତାର ସମନ୍ୱିତ ସମ୍ଭାବନାକୁ ବ by ାଇ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରାଯାଏ |ଚିହ୍ନିତ କ୍ଲଷ୍ଟରଗୁଡିକ (ଏବଂ ଏହି କ୍ଲଷ୍ଟରଗୁଡିକର ଏକ ଅନିୟମିତ ସନ୍ତୁଳିତ ନମୁନା, ପର୍ମାନୋଭା ବ୍ୟବହାର କରି ଅଶିକ୍ଷିତ ଇଉକ୍ଲିଡିଆନ୍ ଦୂରତା ବିରୁଦ୍ଧରେ ମହତ୍ତ୍ for ପାଇଁ ପରୀକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |ନମୁନାଗୁଡିକର ହାରାହାରି ଜିନୋମ ଆକାର mOTU ର ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁରତା ଏବଂ ଜିନୋମ ସଦସ୍ୟମାନଙ୍କର ଆନୁମାନିକ ଜିନୋମ ଆକାର ଉପରେ ଆଧାର କରି ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା |ବିଶେଷ ଭାବରେ, ପ୍ରତ୍ୟେକ mOTU ର ହାରାହାରି ଜିନୋମ ଆକାର ଏହାର ସଦସ୍ୟମାନଙ୍କ ଜିନୋମ ଆକାରର ହାରାହାରି ଭାବରେ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣତା ପାଇଁ ସଂଶୋଧିତ ହେଲା (ଫିଲ୍ଟର କରିବା ପରେ) (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, 3 Mb ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ବିଶିଷ୍ଟ 75% ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମର 4 ଟି ଆଡଜଷ୍ଟ ସାଇଜ୍ 4 | Mb)ଅଖଣ୍ଡତା ସହିତ ମଧ୍ୟମ ଜେନୋମଗୁଡିକ ପାଇଁ ≥70% |ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ହାରାହାରି ଜିନୋମ ଆକାର ତାପରେ ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁରତା ଦ୍ୱାରା ଓଜନ ହୋଇଥିବା mOTU ଜିନୋମ ଆକାରର ସମଷ୍ଟି ଭାବରେ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା |
OMD ରେ ଜିନୋମ-ଏନକୋଡେଡ୍ BGC ର ଏକ ଫିଲ୍ଟର୍ ସେଟ୍ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଏବଂ ପ୍ରତ୍ନତତ୍ତ୍ୱ GTDB ଗଛରେ ଦେଖାଯାଏ (≥5 kb framework ାଞ୍ଚାରେ, 1038 ମେଟେଜେନୋମରେ ମିଳିନଥିବା REF ଏବଂ SAG MarDB କୁ ବାଦ ଦେଇ, ଉପରେ ଦେଖନ୍ତୁ) ଏବଂ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଉପରେ ଆଧାର କରି ସେମାନଙ୍କର ପୂର୍ବାନୁମାନିତ ଉତ୍ପାଦ ବର୍ଗଗୁଡିକ | ଜିନୋମର ସ୍ଥିତି (ଉପରେ ଦେଖନ୍ତୁ) |ପ୍ରତିନିଧୀ ଭାବରେ ସେହି ପ୍ରଜାତିର ସର୍ବାଧିକ BGC ସହିତ ଜିନୋମ ବ୍ୟବହାର କରି ଆମେ ପ୍ରଥମେ ପ୍ରଜାତି ଦ୍ୱାରା ତଥ୍ୟ ହ୍ରାସ କରିଥିଲୁ |ଭିଜୁଆଲାଇଜେସନ୍ ପାଇଁ, ପ୍ରତିନିଧୀମାନଙ୍କୁ ଆହୁରି ବୃକ୍ଷ ଗୋଷ୍ଠୀରେ ବିଭକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପୁନର୍ବାର, ପ୍ରତ୍ୟେକ ସେଲ୍ କ୍ଲେଡ୍ ପାଇଁ, ସର୍ବାଧିକ ସଂଖ୍ୟକ BGC ଧାରଣ କରିଥିବା ଜିନୋମକୁ ଏକ ପ୍ରତିନିଧୀ ଭାବରେ ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା |BGC- ସମୃଦ୍ଧ ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ (ଅତି କମରେ ଗୋଟିଏ ଜିନୋମ୍> 15 BGC ସହିତ) ସେହି BGC ଗୁଡ଼ିକରେ ଏନକୋଡ୍ ହୋଇଥିବା ଉତ୍ପାଦ ପ୍ରକାରଗୁଡିକ ପାଇଁ ଶାନନ୍ ବିବିଧତା ସୂଚକାଙ୍କ ଗଣନା କରି ଅଧିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |ଯଦି ସମସ୍ତ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ଉତ୍ପାଦ ପ୍ରକାର ସମାନ, ରାସାୟନିକ ହାଇବ୍ରିଡ୍ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ଜଟିଳ BGC ଗୁଡିକ (ଆଣ୍ଟି- SMAH ଦ୍ୱାରା ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଛି) କ୍ଲଷ୍ଟରରେ ସେମାନଙ୍କର କ୍ରମକୁ ଖାତିର ନକରି ସମାନ ଉତ୍ପାଦ ପ୍ରକାରର ବୋଲି ବିବେଚନା କରାଯାଏ (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ ପ୍ରୋଟିନ୍-ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଓସିନ୍ ଏବଂ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଓସିନ୍-ପ୍ରୋଟୋପ୍ରୋଟେନ୍ ଫ୍ୟୁଜନ୍) | ଶରୀର)ହାଇବ୍ରିଡ୍) |
ମାଲାସପିନା ନମୁନା MP1648 ରୁ ଅବଶିଷ୍ଟ DNA (ଆନୁମାନିକ 6 ng), ଜ ological ବିକ ନମୁନା SAMN05421555 ସହିତ ଅନୁରୂପ ଏବଂ ଇଲୁମିନା SRR3962772 ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ରିଡ୍ ସେଟ୍ ସହିତ ମେଳ ହୋଇଛି, ପ୍ୟାକ୍ବିଓ କିଟ୍ SMRTbell gDNA ନମୁନା ବିସ୍ତାର ପାଇଁ ଅଲ୍ଟ୍ରା-ଲୋ ଇନପୁଟ୍ ସହିତ ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ରୋଟୋକଲ୍ ଅନୁଯାୟୀ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ | କିଟ୍ (100-980-000) ଏବଂ SMRTbell ଏକ୍ସପ୍ରେସ 2.0 ଟେମ୍ପଲେଟ୍ ପ୍ରସ୍ତୁତି କିଟ୍ (100-938-900) |ସଂକ୍ଷେପରେ, କୋଭାରିସ୍ (g-TUBE, 52104) ବ୍ୟବହାର କରି ଅବଶିଷ୍ଟ ଡିଏନ୍ଏକୁ କାଟି, ମରାମତି ଏବଂ ଶୁଦ୍ଧ କରାଯାଇଥିଲା (ProNex beads) |ଶୁଦ୍ଧ ଡିଏନ୍ଏ ତା’ପରେ ଲାଇବ୍ରେରୀ ପ୍ରସ୍ତୁତି, ବିସ୍ତାର, ଶୁଦ୍ଧତା (ପ୍ରୋନେକ୍ସ ବିଡ୍) ଏବଂ ଆକାର ଚୟନ (> 6 କେବି, ବ୍ଲୁ ପିପିନ୍) ଚୂଡ଼ାନ୍ତ ଶୁଦ୍ଧତା ପଦକ୍ଷେପ (ପ୍ରୋନେକ୍ସ ବିଡ୍) ଏବଂ ସିକ୍ୱେଲ୍ II ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ କ୍ରମାନୁସାରେ |
ପ୍ରଥମ ଦୁଇଟି ca ର ପୁନ on ନିର୍ମାଣMAG ଏରେମୋବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା ପାଇଁ, ଆମେ six ଟି ଅତିରିକ୍ତ ANI> 99% ଚିହ୍ନଟ କରିଛୁ (ଏଗୁଡିକ ଚିତ୍ର 3 ରେ ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରାଯାଇଛି), ଯାହା ପ୍ରଥମେ ପ୍ରଦୂଷଣ ସ୍କୋର ଉପରେ ଆଧାର କରି ଫିଲ୍ଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା (ପରେ ଜିନ୍ ନକଲ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ ହେଲା, ତଳେ ଦେଖନ୍ତୁ) |ଆମେ “Ca” ନାମକ ଏକ ଟ୍ରେ ମଧ୍ୟ ପାଇଲୁ |ବିଭିନ୍ନ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା 23 ଏବଂ ଏହାକୁ ଆମ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଆଠଟି MAG ସହିତ ଏକତ୍ର ବ୍ୟବହାର କରି 633 ଇଉକାରିଓଟିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ (> 0.8 µm) ନମୁନାରୁ BWA (v.0.7.17) Ref -r1188, - ଏକ ପତାକା ବ୍ୟବହାର କରି ମେଟାଜେନୋମିକ୍ ପ read ଼ିବା ପାଇଁ ଏକ ରେଫରେନ୍ସ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲେ | ମ୍ୟାପିଂ (5 ନିୟୁତ ପ s ା) |ସମୃଦ୍ଧ-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ମାନଚିତ୍ରଗୁଡିକ ଉପରେ ଆଧାର କରି (95% ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ପରିଚୟ ଏବଂ 80% ପଠନ କଭରେଜ୍ ଦ୍ୱାରା ଫିଲ୍ଟର୍), 10 ଟି ମେଟେଜେନୋମ୍ (ଆଶା କରାଯାଉଥିବା କଭରେଜ୍ ≥5 ×) ଆସେମ୍ବଲି ପାଇଁ ଏବଂ ବିଷୟବସ୍ତୁ ସମ୍ବନ୍ଧ ପାଇଁ ଅତିରିକ୍ତ 49 ମେଟେଜେନୋମ୍ (ଆଶା କରାଯାଉଥିବା କଭରେଜ୍ ≥1 ×) ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା |ଉପରୋକ୍ତ ପରି ସମାନ ପାରାମିଟର ବ୍ୟବହାର କରି, ଏହି ନମୁନାଗୁଡିକ ବିନ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ 10 ଟି ଅତିରିକ୍ତ 'Ca' ଯୋଗ କରାଯାଇଥିଲା |MAG Eremiobacterota ପୁନ restored ସ୍ଥାପିତ ହୋଇଛି |ଏହି 16 MAGs (ଡାଟାବେସରେ ଥିବା ଦୁଇଟିକୁ ଗଣନା ନକରି) ବିସ୍ତାରିତ OMD ରେ ସମୁଦାୟ ଜେନୋମ ସଂଖ୍ୟା 34,815 କୁ ଆଣିଥାଏ |GTDB ରେ ସେମାନଙ୍କର ଜେନୋମିକ୍ ସମାନତା ଏବଂ ସ୍ଥିତିକୁ ଆଧାର କରି MAG ଗୁଡ଼ିକୁ ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ରାଙ୍କ୍ ଦିଆଯାଏ |ସମାନ ପରିବାର ମଧ୍ୟରେ 5 ପ୍ରଜାତି (ଇଣ୍ଟ୍ରାସପେସିଫିକ୍ ANI> 99%) ଏବଂ 3 ଟି ଜେନେରା (ଇଣ୍ଟ୍ରାଜେନେରିକ୍ ANI 85% ରୁ 94%) ରେ dRep ବ୍ୟବହାର କରି 18 MAG କୁ ନକଲ କରାଯାଇଥିଲା |ଅଖଣ୍ଡତା, ପ୍ରଦୂଷଣ ଏବଂ N50 ଉପରେ ଆଧାର କରି ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରତିନିଧୀମାନେ ମାନୁଆଲ ଭାବରେ ମନୋନୀତ ହୋଇଥିଲେ |ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନାରେ ପ୍ରସ୍ତାବିତ ନାମକରଣ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଛି |
'Ca ର ଅଖଣ୍ଡତା ଏବଂ ପ୍ରଦୂଷଣକୁ ଆକଳନ କର |MAG ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା, ଆମେ uscMG ର ଉପସ୍ଥିତି, ଏବଂ ବଂଶାନୁକ୍ରମିକ- ଏବଂ ଡୋମେନ୍ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଏକକ-କପି ମାର୍କର ଜିନ୍ ସେଟ୍ ଚେକ୍ ଏବଂ ଆନ୍ଭିଓ ଦ୍ୱାରା ବ୍ୟବହୃତ |କ us ଣସି ସମ୍ଭାବ୍ୟ ପ୍ରଦୂଷଣକୁ ଏଡ଼ାଇବା ପାଇଁ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ପୁନ recon ନିର୍ମାଣ (ନିମ୍ନରେ ଦେଖନ୍ତୁ) ଦ୍ us ାରା 40 uscMGs ମଧ୍ୟରୁ 2 ନକଲର ଚିହ୍ନଟ ନିଶ୍ଚିତ କରାଯାଇଥିଲା (ଏହି 40 ମାର୍କର ଜିନ୍ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଏହା 5% ଅନୁରୂପ) |ପାଞ୍ଚ ପ୍ରତିନିଧୀ MAGs Ca ର ଅତିରିକ୍ତ ଅଧ୍ୟୟନ |ଏହି ପୁନ recon ନିର୍ମାଣ ହୋଇଥିବା ଜିନୋମଗୁଡିକରେ ନିମ୍ନ ସ୍ତରର ପ୍ରଦୂଷକ ଏରମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ ପ୍ରଚୁରତା ଏବଂ କ୍ରମ ରଚନା ସମ୍ପର୍କ (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) 59 ଉପରେ ଆଧାର କରି ଇଣ୍ଟରାକ୍ଟିଭ୍ ଆନ୍ଭିଓ ଇଣ୍ଟରଫେସ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ନିଶ୍ଚିତ କରାଯାଇଥିଲା |
ଫାଇଲୋଜେନୋମିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ, ଆମେ ପାଞ୍ଚଟି ପ୍ରତିନିଧୀ MAGs “Ca” ଚୟନ କରିଛୁ |Eudormicrobiaceae ”, ସମସ୍ତ ପ୍ରଜାତି“ Ca.ଏରେମିଓବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଟା ଏବଂ ଅନ୍ୟ ଫାଇଲାର ସଦସ୍ୟମାନେ (UBP13, Armatimonadota, Patescibacteria, Dormibacterota, Chloroflexota, Cyanobacteria, Actinobacteria and Planctomycetota) GTDB (r89) 13 ରୁ ଉପଲବ୍ଧ |ଏହି ସମସ୍ତ ଜେନୋମଗୁଡିକ ଏକକ କପି ମାର୍କର ଜିନ୍ ନିଷ୍କାସନ ଏବଂ BGC ଟିପ୍ପଣୀ ପାଇଁ ପୂର୍ବରୁ ବର୍ଣ୍ଣନା କରାଯାଇଥିବା ପରି ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା |GTDB ଜେନୋମଗୁଡିକ ଉପରୋକ୍ତ ଅଖଣ୍ଡତା ଏବଂ ପ୍ରଦୂଷଣ ମାନଦଣ୍ଡ ଅନୁଯାୟୀ ସଂରକ୍ଷିତ କରାଯାଇଥିଲା |Anvi'o Phylogenetics59 ୱାର୍କଫ୍ଲୋ ବ୍ୟବହାର କରି ଫିଲୋଜେନେଟିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |Anvi'o (MUSCLE, v.3.8.1551) 81 ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ 39 ଟାଣ୍ଡେମ୍ ରାଇବୋସୋମାଲ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ର ଏକ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟରେ IQTREE (v.2.0.3) (ଡିଫଲ୍ଟ ବିକଳ୍ପ ଏବଂ -bb 1000) 80 ବ୍ୟବହାର କରି ଏହି ଗଛ ନିର୍ମାଣ କରାଯାଇଥିଲା |ତାଙ୍କର ପଦବୀ ହ୍ରାସ କରାଯାଇଥିଲା।ଜେନୋମ 82 ର ଅତିକମରେ 50% କୁ ଆଚ୍ଛାଦନ କରିବା ପାଇଁ ଏବଂ ପ୍ଲାନକ୍ଟୋମାଇସେକୋଟା GTDB ବୃକ୍ଷ ଟପୋଲୋଜି ଉପରେ ଆଧାରିତ ଏକ ଗ୍ରୁପ୍ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ସମାନ ଉପକରଣ ଏବଂ ପାରାମିଟର ବ୍ୟବହାର କରି 40 uscMG ର ଗୋଟିଏ ଗଛ ନିର୍ମାଣ କରାଯାଇଥିଲା |
ସାଧାରଣ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଗୁଣଗୁଡିକର ପୂର୍ବାନୁମାନ କରିବାକୁ ଆମେ ଡିଫଲ୍ଟ ପାରାମିଟରଗୁଡିକ (ଫେନୋଟାଇପ୍, ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଠାରୁ) 83 ସହିତ ଟ୍ରାଇଟର୍ (v.1.1.2) ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ |ଆମେ ପୂର୍ବରୁ ବିକଶିତ ଶିକାରକାରୀ ସୂଚକାଙ୍କ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଏକ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଶିକାରକାରୀ ଜୀବନଶ lifestyle ଳୀ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରିଥିଲୁ ଯାହା ଜିନୋମରେ ଥିବା ଏକ ପ୍ରୋଟିନ୍-କୋଡିଂ ଜିନ୍ ର ବିଷୟବସ୍ତୁ ଉପରେ ନିର୍ଭର କରେ |ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଭାବରେ, ଆମେ OrthoMCL ଡାଟାବେସ୍ (v.4) 85 ବିପକ୍ଷରେ ଜିନୋମରେ ଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ତୁଳନା କରିବା ପାଇଁ DIAMOND ବ୍ୟବହାର କରୁ –more-sensive –id 25 –query-cover 70 –subject-cover 70 –top 20 ଏବଂ ଅନୁରୂପ ଜିନ୍ ଗଣନା କରିବା | ଶିକାରକାରୀ ଏବଂ ଅଣ-ଶିକାରକାରୀଙ୍କ ପାଇଁ ମାର୍କର ଜିନ୍ |ସୂଚକ ହେଉଛି ଶିକାରକାରୀ ଏବଂ ଅଣ-ଶିକାରକାରୀ ମାର୍କିଂ ସଂଖ୍ୟା ମଧ୍ୟରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ |ଅତିରିକ୍ତ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଭାବରେ, ଆମେ “Ca” ଜିନୋମକୁ ମଧ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିଥିଲୁ |ଏଣ୍ଟୋଥୋନେଲା TSY118 ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ Ca ସହିତ ଏହାର ମିଳନ ଉପରେ ଆଧାରିତ |ଇଉଡୋରେମିକ୍ରୋବିୟମ୍ (ବୃହତ ଜିନୋମ ଆକାର ଏବଂ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା) |ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ, ଆମେ ଶିକାରକାରୀ ଏବଂ ଅଣ-ଶିକାରକାରୀ ମାର୍କର ଜିନ୍ ଏବଂ Ca ର ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ସମ୍ଭାବନା ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଲିଙ୍କ୍ ପରୀକ୍ଷା କରିଥିଲୁ |Eudormicrobiaceae ”ଏବଂ ଜାଣିବାକୁ ପାଇଲେ ଯେ BGC ପୂର୍ବାନୁମାନ ସଙ୍କେତକୁ ଦ୍ୱନ୍ଦରେ ପକାଇବ ନାହିଁ ବୋଲି ଏକରୁ ଅଧିକ ଜିନ୍ (ଯେକ type ଣସି ପ୍ରକାରର ମାର୍କର ଜିନ୍, ଅର୍ଥାତ୍ ଶିକାରକାରୀ / ଅଣ-ଶିକାରକାରୀ ଜିନ୍) ଓଭରଲିପ୍ ହୁଏ |ସ୍କ୍ରାମବ୍ଲେଡ୍ ପ୍ରତିକୃତିର ଅତିରିକ୍ତ ଜେନୋମିକ୍ ଟିପ୍ପଣୀ TXSSCAN (v.1.0.2) ବ୍ୟବହାର କରି ଗୁପ୍ତ ପ୍ରଣାଳୀ, ପିଲି ଏବଂ ଫ୍ଲାଗେଲା 86 କୁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଭାବରେ ପରୀକ୍ଷା କରିବା ପାଇଁ କରାଯାଇଥିଲା |
ପାଞ୍ଚଟି ପ୍ରତିନିଧୀ 'Ca' ଟାରା ମହାସାଗରର ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ଏବଂ ଇଉକାରିଓଟିକ୍ ସମୃଦ୍ଧ ଭଗ୍ନାଂଶରୁ 623 ମେଟାଟ୍ରାନ୍ସସ୍କ୍ରିପ୍ଟୋମ୍ ମ୍ୟାପ୍ କରି ମ୍ୟାପ୍ କରାଯାଇଥିଲା (BWA, v.0.7.17-r1188, -a ଫ୍ଲାଗ୍ ବ୍ୟବହାର କରି) |Eudormicrobiaceae ଜିନୋମ |80% ପଠନ କଭରେଜ୍ ଏବଂ 95% ପରିଚୟ ଫିଲ୍ଟରିଂ ପରେ (BAM ଫାଇଲଗୁଡିକ ଫିଚର୍ କାଉଣ୍ଟସ୍ (v.2.0.1) 88 ସହିତ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା ଜିନ୍ ପ୍ରତି ସନ୍ନିବେଶ ସଂଖ୍ୟା |ଉତ୍ପାଦିତ ମାନଚିତ୍ରଗୁଡିକ ଜିନ୍ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଏବଂ ମାର୍କର ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ପାଇଁ ସ୍ ized ାଭାବିକ ହୋଇଥିଲା (ସନ୍ନିବେଶ ଗଣନା ସହିତ ଜିନ୍ ପାଇଁ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ-ସାଧାରଣ ହାରାହାରି ସନ୍ନିବେଶ ଗଣନା) ଏବଂ ପ୍ରତ୍ୟେକ ଜିନ୍ ସ୍ତରର ଆପେକ୍ଷିକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ପାଇବା ପାଇଁ ଲଗ-ରୂପାନ୍ତରିତ 22.74 ରେ ପରିଣତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ମଧ୍ୟ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରେ | କ୍ରମ ସମୟରେ ନମୁନା ଠାରୁ ନମୁନା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ପରିବର୍ତ୍ତନଶୀଳତା |ଏହିପରି ଅନୁପାତଗୁଡ଼ିକ ତୁଳନାତ୍ମକ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ଅନୁମତି ଦେଇଥାଏ, ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁର ତଥ୍ୟ ବ୍ୟବହାର କରିବା ସମୟରେ ରଚନା ସମସ୍ୟାକୁ ହ୍ରାସ କରିଥାଏ |ଜେନୋମର ଏକ ବୃହତ ଅଂଶ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦେବା ପାଇଁ କେବଳ 10 mOTU ମାର୍କର ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରୁ> 5 ସହିତ ନମୁନାକୁ ଅଧିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ବିଚାର କରାଯାଇଥିଲା |
'Ca ର ସ୍ normal ାଭାବିକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ |E. taraoceanii UMAP ବ୍ୟବହାର କରି ଡାଇମେନ୍ସନାଲିଟି ହ୍ରାସର ଶିକାର ହୋଇଥିଲେ ଏବଂ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ସ୍ଥିତି ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ HDBSCAN (ଉପରେ ଦେଖନ୍ତୁ) ବ୍ୟବହାର କରି ଅଣସଂରକ୍ଷିତ କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ ପାଇଁ ଉପସ୍ଥାପନା କରାଯାଇଥିଲା |ପରମାନୋଭା ମୂଳ (ହ୍ରାସ ହୋଇନଥିବା) ଦୂରତା ସ୍ଥାନରେ ଚିହ୍ନିତ କ୍ଲଷ୍ଟରଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରେ ପାର୍ଥକ୍ୟର ମହତ୍ତ୍ୱ ପରୀକ୍ଷା କରେ |ଏହି ଅବସ୍ଥାଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଜିନୋମ ଉପରେ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥିଲା (ଉପରେ ଦେଖନ୍ତୁ) ଏବଂ 201 KEGG ପଥକୁ 6 ଟି କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଗୋଷ୍ଠୀରେ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯଥା: BGC, ସିକ୍ରେସନ୍ ସିଷ୍ଟମ୍ ଏବଂ TXSSCAN ରୁ ଫ୍ଲାଗେଲାର୍ ଜିନ୍, ଅବକ୍ଷୟ ଏନଜାଇମ୍ (ପ୍ରୋଟିସ୍ ଏବଂ ପେପ୍ଟିଡେଜ୍), ଏବଂ ଶିକାରକାରୀ ଏବଂ ଅଣ- ଶିକାରକାରୀ ଜିନ୍ |ଶିକାରକାରୀ ସୂଚକାଙ୍କପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ, ଆମେ ପ୍ରତ୍ୟେକ ଶ୍ରେଣୀ ପାଇଁ ମଧ୍ୟମ ସ୍ ized ାଭାବିକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଗଣନା କରିଥିଲୁ (ଧ୍ୟାନ ଦିଅନ୍ତୁ ଯେ BGC ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ନିଜେ ସେହି BGC ପାଇଁ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ ର ମଧ୍ୟମ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଭାବରେ ଗଣନା କରାଯାଏ) ଏବଂ ରାଜ୍ୟଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରେ ମହତ୍ତ୍ for ପାଇଁ ପରୀକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା (FDR ପାଇଁ ଆଡଜଷ୍ଟ ହୋଇଥିବା କ୍ରୁସ୍କାଲ୍-ୱାଲିସ୍ ପରୀକ୍ଷା) |
ସିନ୍ଥେଟିକ୍ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକ ଜେନସ୍କ୍ରିପ୍ଟରୁ କିଣାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋସାଇନ୍ଥରୁ PCR ପ୍ରାଇମର୍ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା |ଥର୍ମୋ ଫିସର ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍ ରୁ ଫ୍ୟୁଜନ୍ ପଲିମେରେଜ୍ DNA ବୃଦ୍ଧି ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ଡିଏନଏ ଶୁଦ୍ଧତା ପାଇଁ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓ ସ୍ପିନ ପ୍ଲାଜାମିଡ୍, ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓ ସ୍ପିନ ଜେଲ ଏବଂ ମାକେରେ-ନାଗେଲରୁ PCR ଶୁଦ୍ଧତା କିଟ୍ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରତିବନ୍ଧକ ଏନଜାଇମ୍ ଏବଂ T4 DNA ଲିଗେଜ୍ ନ୍ୟୁ ଇଂଲଣ୍ଡ ବାୟୋଲାବରୁ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା |ଆଇସୋପ୍ରୋପିଲ୍- d-d-1-thiogalactopyranoside (IPTG) (Biosynth) ଏବଂ 1,4-dithiothreitol (DTT, AppliChem) ବ୍ୟତୀତ ରାସାୟନିକ ପଦାର୍ଥ ସିଗମା-ଆଲଡ୍ରିଚ୍ ଠାରୁ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଅଧିକ ଶୁଦ୍ଧତା ବିନା ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା |ଆଣ୍ଟିବାୟୋଟିକ୍ କ୍ଲୋରାମଫେନିକୋଲ୍ (ସିଏମ୍), ସ୍ପେକ୍ଟିନୋମାଇସିନ୍ ଡିହାଇଡ୍ରୋକ୍ଲୋରିଡ୍ (ସ୍ମ), ଆମ୍ପିସିଲିନ୍ (ଆମ୍ପି), ଜେନ୍ଟାମାଇସିନ୍ (ଜିଟି), ଏବଂ କାର୍ବେନିସିଲିନ୍ (ସିବିଏନ୍) ଆପ୍ଲିକେମରୁ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା।BD ବାୟୋ ସାଇନ୍ସରୁ ବାକ୍ଟୋ ଟ୍ରିପଟୋନ୍ ଏବଂ ବାକ୍ଟୋ ଖମ ଏକ୍ସଟ୍ରାକ୍ଟ ମିଡିଆ ଉପାଦାନ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରୋମେଗା ଠାରୁ କ୍ରମ ପାଇଁ ଟ୍ରାଇପିସିନ୍ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା |
ଆଣ୍ଟି-SMASH ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା BGC 75.1 ରୁ ଜିନ୍ କ୍ରମଗୁଡିକ ବାହାର କରାଯାଇଥିଲା |E. malaspinii (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ସୂଚନା) |
ଜିନ୍ ଏମ୍ବିଏ (ଲୋକସ୍, MALA_SAMN05422137_METAG- framework ାଞ୍ଚା_127-ଜିନ୍_5), ଏମ୍ବିଏମ୍ (ଲୋକସ୍, MALA_SAMN05422137_METAG- framework ାଞ୍ଚା_127-ଜିନ୍_4), ଏବଂ ଏମ୍ବିଏମ୍ (ଇଣ୍ଟରଜେନ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି) pUC57 ରେ ସିନ୍ଥେଟିକ୍ କନଷ୍ଟ୍ରକସନ୍ ଭାବରେ କ୍ରମଶ। କେବେ।BACHI ଏବଂ HindIII କ୍ଲିଭେଜ୍ ସାଇଟଗୁଡିକ ସହିତ pACYCDuet-1 (CmR) ଏବଂ pCDFDuet-1 (SmR) ର ପ୍ରଥମ ଏକାଧିକ କ୍ଲୋନିଂ ସାଇଟ୍ (MCS1) ରେ ଏମ୍ବିଏ ଜିନ୍ ସବକ୍ଲୋନ କରାଯାଇଥିଲା |ଏମ୍ବିଏମ୍ ଏବଂ ଏମ୍ବମୋପ୍ଟ ଜିନ୍ (କୋଡନ୍-ଅପ୍ଟିମାଇଜଡ୍) MCS1 pCDFDuet-1 (SmR) ରେ BamHI ଏବଂ HindIII ସହିତ ସବ୍କ୍ଲୋନ୍ ହୋଇ pCDFDuet-1 (SmR) ଏବଂ pRSFDuet-1 (KanR) (MCS2) ସହିତ ଦ୍ୱିତୀୟ ଏକାଧିକ କ୍ଲୋନିଂ ସାଇଟରେ ସ୍ଥାନିତ ହେଲା | NdeI / ChoIBAMHI ଏବଂ HindIII କ୍ଲିଭେଜ୍ ସାଇଟଗୁଡିକ ସହିତ ଏମ୍ବିଏମ୍ କ୍ୟାସେଟ୍ pCDFDuet1 (SmR) ରେ ସବ୍କ୍ଲୋନ୍ କରାଯାଇଥିଲା |Orim3 / Essigntion PCR ବ୍ୟବହାର କରି ଫ୍ରିମ୍ସ, ମାଲ_samn054222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222212-gen_3) ସମାନ ପ୍ରତିବନ୍ଧକ ସହିତ ସମାନ ପ୍ରତିବନ୍ଧକ- MCS1 (MCS1) ରେ ନିର୍ମିତ | ସ୍ବାଦପାମାରୀ ଟେବୁଲ୍)6) |ନିର୍ମାତାଙ୍କ ପ୍ରୋଟୋକଲ୍ (ନ୍ୟୁ ଇଂଲଣ୍ଡ ବାୟୋଲାବସ୍) ଅନୁଯାୟୀ ପ୍ରତିବନ୍ଧକ ଏନଜାଇମ୍ ହଜମ ଏବଂ ଲିଗେସନ୍ କରାଯାଇଥିଲା |