347 ଷ୍ଟେନଲେସ୍ ଷ୍ଟିଲ୍ କୋଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ ରାସାୟନିକ ଉପାଦାନ, କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମେଟ୍ରି (CLMS) ବ୍ୟବହାର କରି ଉପନ୍ୟାସ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରତିକ୍ରିୟାଶୀଳ ମାନବ ଲ୍ୟୁକୋସାଇଟ୍ ଆଣ୍ଟିଜେନ୍-ଏ (HLA-A) ଚାପେରୋନ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଚିହ୍ନଟ |

Nature.com ପରିଦର୍ଶନ କରିଥିବାରୁ ଧନ୍ୟବାଦ |ସୀମିତ CSS ସମର୍ଥନ ସହିତ ଆପଣ ଏକ ବ୍ରାଉଜର୍ ସଂସ୍କରଣ ବ୍ୟବହାର କରୁଛନ୍ତି |ସର୍ବୋତ୍ତମ ଅଭିଜ୍ଞତା ପାଇଁ, ଆମେ ପରାମର୍ଶ ଦେଉଛୁ ଯେ ଆପଣ ଏକ ଅପଡେଟ୍ ବ୍ରାଉଜର୍ ବ୍ୟବହାର କରନ୍ତୁ (କିମ୍ବା ଇଣ୍ଟରନେଟ୍ ଏକ୍ସପ୍ଲୋରରରେ ସୁସଙ୍ଗତତା ମୋଡ୍ ଅକ୍ଷମ କରନ୍ତୁ) |ଏହା ସହିତ, ଚାଲୁଥିବା ସମର୍ଥନ ନିଶ୍ଚିତ କରିବାକୁ, ଆମେ ଶ yles ଳୀ ଏବଂ ଜାଭାସ୍କ୍ରିପ୍ଟ ବିନା ସାଇଟ୍ ଦେଖାଇଥାଉ |
ସ୍ଲାଇଡ୍ ପ୍ରତି ସ୍ଲାଇଡ୍ ତିନୋଟି ଆର୍ଟିକିଲ୍ ଦେଖାଉଛି |ପ୍ରତ୍ୟେକ ସ୍ଲାଇଡ୍ ଦେଇ ଗତି କରିବା ପାଇଁ ସ୍ଲାଇଡ୍ କିମ୍ବା ଶେଷରେ ସ୍ଲାଇଡ୍ କଣ୍ଟ୍ରୋଲର୍ ବଟନ୍ ବ୍ୟବହାର କରିବାକୁ ପଛ ଏବଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ବଟନ୍ ବ୍ୟବହାର କରନ୍ତୁ |

ଉତ୍ପାଦ ବର୍ଣ୍ଣନା

ଷ୍ଟେନଲେସ୍ ଷ୍ଟିଲ୍ 347L କୋଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍, ଷ୍ଟିଲ୍ ଗ୍ରେଡ୍: SS347L |

ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ସିଗନାଲ୍ ସିଷ୍ଟମ୍ ପରିବେଶରୁ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ପାଥୋଜେନିକ୍ ଏବଂ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ପାଥୋଲୋଜିକାଲ୍ ସିଗନାଲ୍ ପାଇଁ ଏକ ଶକ୍ତିଶାଳୀ ସାଇଟୋକାଇନ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ସୃଷ୍ଟି କରେ, ଫଳସ୍ୱରୂପ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଇନୁକ୍ୟୁଟିଭ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ଗୁଡ଼ିକର ସବ୍ସେଟ୍ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ |ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରବର୍ତ୍ତିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଡୋମେନ୍ରେ ନୂତନ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ ଆମେ DSS- ମଧ୍ୟସ୍ଥ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମେଟ୍ରି (CLMS) ପ୍ରୟୋଗ କରିଥିଲୁ |ଆଶାକରାଯାଇଥିବା ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଇନୁଜିବଲ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ, ଆମେ ମଧ୍ୟ ଉପନ୍ୟାସ ଇଣ୍ଟରମୋଲୋକୁଲାର ଏବଂ ଇଣ୍ଟ୍ରାମୋଲେକୁଲାର କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ଆଡୁକକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିଥିଲୁ ଯେପରିକି MX1, USP18, OAS3, ଏବଂ STAT1 |ସହ-ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରାଇସିପିଟେସନ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ଏବଂ ମଲିକୁଲାର ଡାଇନାମିକ୍ସ ମଡେଲିଂ ବ୍ୟବହାର କରି HLA-A ପ୍ରୋଟିନ୍ (H2BFS-HLA-A-HMGA1) ଦ୍ୱାରା ଗଠିତ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଇନୁଜିବଲ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ନେଟୱାର୍କର ଏକ ଉପନ୍ୟାସର ବ ort ଧିକରଣ ଉପରେ ଆମେ ଧ୍ୟାନ ଦେଇଥିଲୁ |ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସର ଗଠନମୂଳକ ଗତିଶୀଳତାର ମଡେଲିଂରେ ଅନେକ ପାରସ୍ପରିକ ସାଇଟଗୁଡିକ ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା ଯାହା CLMS ଅନୁସନ୍ଧାନରେ ଚିହ୍ନିତ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରିଥିଲା ​​|ମିଳିତ ଭାବରେ, ଆମେ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ଦ୍ uc ାରା ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ନୂତନ ସିଗ୍ନେଚର କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ CLMS ର ଏକ ପାଇଲଟ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ଉପସ୍ଥାପନ କରୁ ଏବଂ ଟ୍ୟୁମର ମାଇକ୍ରୋ ପରିବେଶରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟର ନୂତନ ଗତିଶୀଳତା ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ CLMS ର ବ୍ୟାପକ ବ୍ୟବହାରକୁ ଅପେକ୍ଷା କରୁ |
ଏକ ଆଡାପ୍ଟିଭ୍ ଇମ୍ୟୁନ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ଆରମ୍ଭ ହେବା ପୂର୍ବରୁ, ହୋଷ୍ଟର ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପ୍ରଣାଳୀ ଏକ ଆଣ୍ଟିମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ ମାଉଣ୍ଟ କରେ ଯାହା ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ସ (IFNs) ନାମକ ଗୁପ୍ତ ଆଲଫା-ହେଲିକାଲ୍ ସାଇଟୋକାଇନ୍ ପରିବାର ଦ୍ୱାରା ମଧ୍ୟସ୍ଥ ହୋଇଥିଲା |I ପ୍ରକାର IFN ଶ୍ରେଣୀ IFNα ଏବଂ IFNβ ସେଲ୍ୟୁଲାର୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାଗୁଡ଼ିକୁ ସକ୍ରିୟ କରିଥାଏ, ଆଣ୍ଟିଭାଇରାଲ୍, ପ୍ରୋପାପ୍ଟୋଟିକ୍, ପ୍ରୋନ୍ଫ୍ଲାମାଟୋରୀ ଏବଂ ଆଣ୍ଟିପ୍ରୋଲିଫରେଟିଭ୍ ଷ୍ଟେଟସ୍ |ମଣିଷମାନଙ୍କରେ, IFNα ର 13 ଟି ଉପ ପ୍ରକାର ଜଣାଶୁଣା, ସମସ୍ତେ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ 91 ରେ କ୍ଲଷ୍ଟର ହୋଇଥିଲେ | ଆଶ୍ଚର୍ଯ୍ୟର କଥା, କେବଳ IFNα2 କ୍ଲିନିକାଲ୍ ବ୍ୟବହାର ପାଇଁ ଅଧ୍ୟୟନ କରାଯାଇଛି |ସମ୍ପ୍ରତି, IFNα ର ଅନ୍ୟ ଉପ ପ୍ରକାର ଉପରେ ଗବେଷଣା ପାଇଁ ବିଶେଷ ଧ୍ୟାନ ଦିଆଯାଇଛି |ନିକଟରେ ହୋଇଥିବା ଏକ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ କାନୋନିକାଲ୍ IFNα2 ଉପପ୍ରକାର ତୁଳନାରେ HBV2 ଏବଂ HIV-13,4 ନକଲକୁ ସୀମିତ କରିବାରେ IFNα14 ହେଉଛି ଅନ୍ୟତମ ପ୍ରଭାବଶାଳୀ ଆଇସୋଫର୍ମ |
ଏହା ସ୍ଥାପିତ ହୋଇଛି ଯେ ସକ୍ରିୟ ପ୍ରକାର I ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ରିସେପ୍ଟର କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ (IFNAR1 ଏବଂ IFNAR2) ଜାନୁସ୍ କିନାସ୍ TYK2 ଏବଂ JAK15,6 ଦ୍ୱାରା ମଧ୍ୟସ୍ଥ ହୋଇଥିବା ଏକ ସିଗନାଲ୍ ଟ୍ରାନ୍ସଡକ୍ସନ୍ କ୍ୟାସକେଡ୍ ଟ୍ରିଗର କରିଥାଏ |SH2 ଡୋମେନ୍-ମଧ୍ୟସ୍ଥ ହେଟେରୋଡିମେରାଇଜେସନ୍ 6 ଆରମ୍ଭ କରିବାକୁ ଟାଇରୋସିନ୍ ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶ ଉପରେ ଏହି ଜାନସ୍ କିନାସ୍ ଫସଫୋରାଇଟ୍ ସିଗ୍ନାଲ୍ ଟ୍ରାନ୍ସଡ୍ୟୁସର ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଆକ୍ଟିଭେଟର୍ସ (STAT1 ଏବଂ STAT2) |ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ, IRF9 STAT ହେଟେରୋମିଡର୍ଗୁଡ଼ିକୁ IFN- ଉତ୍ତେଜିତ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ 3 ଜିନ୍ (ISGF3) ର ଏକ ଟ୍ରାଇମେରିକ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ ଗଠନ କରିବାକୁ ବାନ୍ଧେ, ଯାହା ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସକୁ ଅନୁବାଦ କରେ ଏବଂ 2000 ରୁ ଅଧିକ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଉତ୍ତେଜିତ ଜିନ୍ (ISGs) ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ସୃଷ୍ଟି କରେ |
ବିଶେଷତ vir ଭାଇରାଲ୍ ଆକ୍ରମଣର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ISG ଗୁଡିକ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପ୍ରଣାଳୀର ମେରୁଦଣ୍ଡ ସୃଷ୍ଟି କରନ୍ତି |ଭାଇରାଲ୍ ସଂକ୍ରମଣରୁ ରକ୍ଷା କରିବାର ପ୍ରଥମ ଧାଡି ଭାବରେ, କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଶୀଘ୍ର ଜ cell ବ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ସହିତ ସେଲୁଲାର୍ ପ୍ରୋଟିନର ବ୍ୟାପକ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ନିୟୋଜିତ କରନ୍ତି |ଏହି ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗୁଡିକରେ ପ୍ୟାଟର୍ ସ୍ୱୀକୃତି ରିସେପ୍ଟର, ସିଗନାଲ୍ ଅଣୁ, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ଏବଂ ପ୍ରତ୍ୟକ୍ଷ ଆଣ୍ଟିଭାଇରାଲ୍ ଫଙ୍କସନ୍ ସହିତ ପ୍ରୋଟିନ୍, ଏବଂ ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପ୍ରତିକ୍ରିୟାର ନକାରାତ୍ମକ ନିୟନ୍ତ୍ରକ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ |ISG କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିଷୟରେ ଅଧିକାଂଶ ସୂଚନା ଅତ୍ୟଧିକ ସଙ୍କୋଚନ ସ୍କ୍ରିନ 10,11 କିମ୍ବା ଜିନ୍ ସାଇଲେନ୍ସିଂ କ ques ଶଳ (siRNA, RNAi ଏବଂ CRISPR) 12,13 ବ୍ୟବହାର କରି କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ପରଦାରୁ ଆସିଥାଏ ଯେଉଁଥିରେ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ISG ଗୁଡିକ ପ୍ରକାଶ କରାଯାଇଥାଏ କିମ୍ବା ପ୍ରତିବନ୍ଧିତ ହୋଇଥାଏ ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିଭିନ୍ନ ଜୀବାଣୁ ଉପରେ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥାଏ |ଯଦିଓ ଏହି ଅଧ୍ୟୟନଗୁଡ଼ିକ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ISG ର ଆଣ୍ଟିଭାଇରାଲ୍ ଗୁଣ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିଛନ୍ତି, ପ୍ରତ୍ୟେକ ISG ର ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ମଲିକୁଲାର ପ୍ରଣାଳୀ ପ୍ରାୟତ unknown ଅଜ୍ଞାତ ଅଟେ |ସାଧାରଣତ accepted ଏହା ଗ୍ରହଣ କରାଯାଏ ଯେ ଅନେକ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏକ କିମ୍ବା ଅଧିକ ସାଇଟୋକାଇନ୍ ସହିତ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ସୁନିଶ୍ଚିତ କରନ୍ତି, ତେଣୁ ISG ଗୁଡିକ ସିଧାସଳଖ ଇଣ୍ଟରାକ୍ଟ କରନ୍ତି କିମ୍ବା ସେଲ୍ୟୁଲାର୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଦ୍ୱାରା ସେମାନଙ୍କର ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା |ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ନିକଟରେ ଏକ ଫଟୋଗ୍ରାଫ୍ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପ୍ରୋଟୋମିକ୍ସ ଅଧ୍ୟୟନରେ ATPase VCP / p97 କୁ ଏକ ପ୍ରମୁଖ IFITM3 ପାରସ୍ପରିକ ସହଭାଗୀ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହାର ପ୍ରତିବନ୍ଧକ ଲାଇସୋସୋମାଲ୍ ସର୍ଟିଂ, କାରବାର ଏବଂ IFITM3 ର କୋଟ୍ରାନ୍ସପୋର୍ଟରେ ଭାଇରାଲ୍ କଣିକା 14 ସହିତ ତ୍ରୁଟି ଘଟାଇଥାଏ |ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରାଇସିପିଟେସନ୍ ବ୍ୟବହାର କରି, ଆମେ VAPA, ଭେସିକଲ୍-ଜଡିତ ପ୍ରୋଟିନ୍, IFITM1 / 2/3 ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ ସହଭାଗୀ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ କଲୁ ଯାହା କୋଲେଷ୍ଟ୍ରଲ-ମଧ୍ୟସ୍ଥ ଭାଇରାଲ୍ ପରିପକ୍ୱତାର ମଧ୍ୟସ୍ଥତା କରେ, ଏବଂ ଏହା ଏକ ଖମୀର ଦୁଇ-ହାଇବ୍ରିଡ୍ ସିଷ୍ଟମ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ଅନ୍ୟ ଏକ ଅଧ୍ୟୟନ ଦ୍ୱାରା ପ୍ରମାଣିତ ହେଲା |ବ Scientific ଜ୍ଞାନିକ ସମର୍ଥନ 15, 16
ସଂକ୍ରମଣର ଦମନ ଏବଂ କ୍ଷତିକାରକ ରୂପାନ୍ତରଣରେ ଜଡିତ ଏକ ମ fundamental ଳିକ ଜ ological ବିକ ପ୍ରକ୍ରିୟା ହେଉଛି ଆଣ୍ଟିଜେନ୍ ଉପସ୍ଥାପନା, ଯାହା ପ୍ରମୁଖ ହିଷ୍ଟୋକମ୍ପାଟିବିଲିଟି କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ (MHC) ଅଣୁଗୁଡ଼ିକ ଦ୍ୱାରା ମଧ୍ୟସ୍ଥ |ଖଣ୍ଡ, ଅକାଳ ସମାପ୍ତ କିମ୍ବା ବିକୃତ ପ୍ରୋଟିନରୁ ପେପ୍ଟାଇଡସ୍ (8-12 ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ଲମ୍ବା) MHC-I ହେଟେରୋଡିମର୍ (MHC-I ଭାରୀ ଏବଂ ହାଲୁକା ଶୃଙ୍ଖଳାକୁ ନେଇ ଗଠିତ, ଯାହାକୁ β-2-microglobulin; β2M) 17,18 କୁହାଯାଏ |ଫଳସ୍ୱରୂପ ସ୍ଥିର MHC-I ଟ୍ରାଇମରଗୁଡିକ କୋଷ ପୃଷ୍ଠକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତରିତ ହୁଏ, ଯେଉଁଠାରେ ସେମାନେ CD8 + T କୋଷଗୁଡ଼ିକ (ସାଇଟୋଟକ୍ସିକ୍ ଟି କୋଷ) 17 ରେ ଇଣ୍ଟ୍ରାସେଲୁଲାର୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଉପସ୍ଥାପନ କରନ୍ତି |ଟି କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଏହି ଟ୍ୟୁମର-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଆଣ୍ଟିଜେନ୍ ବହନ କରୁଥିବା ଏହି ଜୀବାଣୁ ଏବଂ କୋଷଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନନ୍ତି ଏବଂ ନଷ୍ଟ କରନ୍ତି |ଫଳସ୍ୱରୂପ, ରୋଗ ପ୍ରତିରୋଧକ ତଦାରଖକୁ ଏଡାଇବା ପାଇଁ ପାଥୋଜେନ ଏବଂ ଟ୍ୟୁମର କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଆଣ୍ଟିଜେନ୍ ଉପସ୍ଥାପନା ପ୍ରକ୍ରିୟାକୁ ଦମନ କରନ୍ତି |ଏହା ସହିତ, MHC-I ମାନବ ଟ୍ୟୁମରର 40-90% ରେ ନିୟନ୍ତ୍ରିତ ଏବଂ ପ୍ରାୟତ a ଏକ ଗରିବ ପୂର୍ବାନୁମାନ ସହିତ ଜଡିତ |
ପାଥୋଜେନଗୁଡିକର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ଜଡିତ ଜିନଗୁଡିକ ଶୀଘ୍ର ବିଶ୍ରାମ ସ୍ଥିତି ଏବଂ ସକ୍ରିୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ସ୍ଥିତି ମଧ୍ୟରେ ଶୀଘ୍ର ପରିବର୍ତ୍ତନ ହେବା ଆବଶ୍ୟକ |ତେଣୁ, ପ୍ରୋମୋଟର୍ କ୍ରୋମାଟିନ୍ 20,21 ର ପୁନ od ନିର୍ମାଣ ଏବଂ ପରିବର୍ତ୍ତନ ସହିତ ସ୍ୱଳ୍ପ ସମୟ ମଧ୍ୟରେ ଉଚ୍ଚ IFN ଚାହିଦା ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ଜଡିତ ହେବା ପାଇଁ ଅନେକ ସେଲୁଲାର୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଅନୁମାନ କରାଯାଏ |ଅଧିକାଂଶ ଅଧ୍ୟୟନ IFN ର ଉପସ୍ଥିତିରେ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ISG ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହଭାଗୀମାନଙ୍କର ଚିହ୍ନଟ ଉପରେ ଧ୍ୟାନ ଦେଇଛନ୍ତି |ମଡେଲ୍ ସେଲ୍ ସିଷ୍ଟମରେ ଅନେକ ପ୍ରୋଟୋମିକ୍ ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମିକ୍ ଅଧ୍ୟୟନ IFN ର ସେଲୁଲାର୍ ଲ୍ୟାଣ୍ଡସ୍କେପ ଉପରେ ପ୍ରଭାବ ବର୍ଣ୍ଣନା କରିଛି |ତଥାପି, ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ଦ୍ uc ାରା ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ଗତିଶୀଳତା ବିଷୟରେ ବ understanding ୁଥିବା ବୁ understanding ାମଣା ସତ୍ତ୍, େ, ଆମେ ISG ଗୁଡ଼ିକର ଜଡିତତା ବିଷୟରେ ଅଳ୍ପ କିଛି ଜାଣୁ |ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ସିଗ୍ନେଚରର ଜଟିଳତା ଏବଂ ସମୟ-ନିର୍ଭରଶୀଳ ଗତିଶୀଳତା ବିଷୟରେ ବିଚାର କରିବାବେଳେ, ଦୁଇଟି ପ୍ରଶ୍ନ ଉଠିଥାଏ: (i) ଦ୍ରୁତ ସିଗନାଲରେ ଜଡିତ ମଲ୍ଟିପ୍ରୋଟେନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡ଼ିକୁ ସ୍ଥିର କରିବା ଏବଂ ଫାଶ କରିବା ସମ୍ଭବ କି, ଏବଂ (ii) ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା 3D ସ୍ପେସରେ ମ୍ୟାପ୍ ହୋଇପାରିବ କି?
ଏହି ସମସ୍ୟାର ସମାଧାନ ପାଇଁ, ଆମେ IFNα- ପ୍ରବର୍ତ୍ତିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ ନେଟୱାର୍କ ଏବଂ ଏହାର ଗତିଶୀଳତାକୁ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା ପାଇଁ ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମେଟ୍ରି (CLMS) ସହିତ ମିଳିତ ଡିସୁକିନିମାଇଡ୍ ସବରେଟ୍-ମଧ୍ୟସ୍ଥ ରାସାୟନିକ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କିଙ୍ଗ୍ (DSS) ପ୍ରୟୋଗ କରିଥିଲୁ |DSS ଭିଭୋରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏବଂ / କିମ୍ବା ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକର ପ୍ରକ୍ସିମାଲ୍ ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶ ମଧ୍ୟରେ କୋଭାଲାଣ୍ଟ ବଣ୍ଡ ଯୋଗ କରେ |ପରବର୍ତ୍ତୀ MS ବିଶ୍ଳେଷଣ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ସାଇଟଗୁଡିକୁ ପ୍ରକାଶ କରିଥାଏ ଯାହାକି ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପ୍ରୋଟିନ୍ ମଧ୍ୟରେ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକର ସ୍ଥାନିକ ନିକଟତରତାକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରିଥାଏ, ଯାହାକୁ ଆଭ୍ୟନ୍ତରୀଣ ଲିଙ୍କେଜ୍ କୁହାଯାଏ କିମ୍ବା ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ ସବନିଟ୍ କୁହାଯାଏ, ଯାହାକୁ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କ କୁହାଯାଏ |ଏହି ପଦ୍ଧତିକୁ ବ୍ୟବହାର କରି, ଆମେ ଅନେକ ଉପନ୍ୟାସ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ ଏବଂ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରେରିତ ମଲ୍ଟିପ୍ରୋଟେନ୍ ପାରସ୍ପରିକ ନେଟୱାର୍କକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିଛୁ |ଏହି ନୂତନ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟାଗୁଡ଼ିକର ଏକ ସବ୍ସେଟ୍ ପରୀକ୍ଷଣ କରି, ଆମେ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରୁ ଯେ H2BFS (H2B ହିଷ୍ଟୋନ୍-ପ୍ରକାର FS; ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ H2B କୁହାଯାଏ) ଏବଂ MDN1 HLA-A ପାଇଁ ବାଧ୍ୟତାମୂଳକ ଅଂଶୀଦାର ଭାବରେ କାର୍ଯ୍ୟ କରେ |
ଏସୋଫେଜାଲ୍ ଆଡେନୋକାର୍କିନୋମା ର ଭିଟ୍ରୋ ମଡେଲଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରୁ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରୁ ଅନ୍ୟତମ, ଯେହେତୁ ସେମାନେ ଏସୋଫେଜ୍ ଟ୍ୟୁମରର ମୁଖ୍ୟ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକର ଅନୁକରଣ କରନ୍ତି 22,23 |ଅବଶ୍ୟ, ସମସ୍ତ ଟ୍ୟୁମର୍ ଇମ୍ୟୁନୋଜେନିକ୍ ନୁହେଁ, ଏବଂ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ଚିକିତ୍ସାରେ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା କରନ୍ତି କି ନାହିଁ ତାହା ସ୍ଥିର କରିବାକୁ, ଆମେ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକୁ 10 ng / ml IFNα ସହିତ 72 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ ଚିକିତ୍ସା କରିଥିଲୁ |ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକ pSTAT1 ଏବଂ IRF1 ର ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ଅନୁକ୍ରମଣିକା ଦେଖାଇଲା, ଚିକିତ୍ସାର 2 ଘଣ୍ଟା ପରେ ଆରମ୍ଭ ହେଲା ଏବଂ 72 ଘଣ୍ଟା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଚାଲିଲା, IRF1 ର ସ୍ଥିର ସ୍ତରରେ ସମୟ ନିର୍ଭରଶୀଳ ହ୍ରାସ ସହିତ (ଚିତ୍ର 1A) |ISGs (MX1, IFITM1, OAS1 / 2, ଏବଂ ISG15) IFNα (ଚିତ୍ର 1A) ର କ୍ଲାସିକ୍ ମଧ୍ୟମ ଏବଂ ବିଳମ୍ବ ପର୍ଯ୍ୟାୟ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ ଅନୁକରଣ କରି 6 ଘଣ୍ଟା ପରେ ଦୃ strongly ଭାବରେ ପ୍ରେରିତ ହୋଇଥିବା ଜଣାପଡିଛି |ମିଳିତ ଭାବରେ, ଏହି ତଥ୍ୟଗୁଡିକ ସୂଚିତ କରେ ଯେ ଏହି ସେଲୁଲାର୍ ମଡେଲ୍ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାଗୁଡ଼ିକୁ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇପାରିବ |
IFNα ଚିକିତ୍ସା ପରେ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ପ୍ରତିକ୍ରିୟା |(କ) ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି 2, 6, 24, 48 ଏବଂ 72 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ 10 ng / ml IFNα ସହିତ ଚିକିତ୍ସିତ ହୋଇଛି, ଇମ୍ୟୁନୋବ୍ଲୋଟ୍ ଦ୍ୱାରା ସୂଚିତ ISG ଆଣ୍ଟିବଡି ବ୍ୟବହାର କରି ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |(ଖ) ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ସମୟ ଏବଂ ଏକାଗ୍ରତା ପାଇଁ DSS ସହିତ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ପରେ ପୁରା ସେଲ୍ ନିର୍ବାହର କୁମାସି ନୀଳ ଦାଗଯୁକ୍ତ SDS-PAGE ଜେଲ୍ |(ଗ) ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ର ଡିଗ୍ରୀ ଆକଳନ କରିବାକୁ ସମାନ ନମୁନାରୁ p53 (DO-1) ଆଣ୍ଟିବଡି ସହିତ ପ୍ରତିନିଧୀ ଇମ୍ୟୁନୋବ୍ଲୋଟ୍ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥିଲା |
ସେଟୁ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଇଣ୍ଟରାକେସନ୍ ଲ୍ୟାଣ୍ଡସ୍କେପ୍ କ୍ୟାପଚର୍ କରିବାକୁ, ଆମେ DSS ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ, ଏହାର ଉଚ୍ଚ ମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ବ୍ୟାଗମୟତା ଏବଂ ଅପେକ୍ଷାକୃତ ସ୍ୱଳ୍ପ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ସମୟ ହେତୁ ଆମେ ବହୁଳ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ଏଜେଣ୍ଟ |କ୍ଷୁଦ୍ର ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ସମୟ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ବୃହତ ଏଗ୍ରିଗେଟ୍ ଗଠନକୁ ରୋକିବାରେ ସାହାଯ୍ୟ କରେ, ଯାହାଦ୍ୱାରା କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କରର ସ୍ଥିରତା ବଜାୟ ରହିଥାଏ |ସର୍ବୋତ୍କୃଷ୍ଟ DSS ଏକାଗ୍ରତା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ଏବଂ ଅଧିକ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍କୁ ଏଡ଼ାଇବା ପାଇଁ, ଆମେ ପ୍ରଥମେ 5, 2.5, ଏବଂ 1 MM DSS କୁ ଯଥାକ୍ରମେ 5, 10, 5, ଏବଂ 30 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲୁ ଏବଂ କୁମାସି-ଷ୍ଟେନ୍ SDS-PAGE ଦ୍ୱାରା ଲାଇସେଟ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିଥିଲୁ | (ତଥ୍ୟ ଦର୍ଶାଯାଇ ନାହିଁ)ସର୍ବନିମ୍ନ ଏକାଗ୍ରତା ଏବଂ ସ୍ୱଳ୍ପ ସମୟ ପଏଣ୍ଟରେ ସେଲ୍ ଲାଇସେଟ୍ ଗୁଡିକ ଅତ୍ୟଧିକ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପରି ଦେଖାଯାଏ |ତେଣୁ, DSS କୁ 5 ମିନିଟରୁ 1, 0.5, ଏବଂ 0.1 mM ଟାଇଟର୍ କରାଯାଇଥିଲା (ଚିତ୍ର 1 ବି) |Minutes। M ମିଟର DSS ସହିତ 5 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସର୍ବୋଚ୍ଚ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ପାଳନ କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ IFNα ସହିତ ଚିକିତ୍ସିତ କୋଷଗୁଡ଼ିକ ପାଇଁ ଏହି ସର୍ତ୍ତଗୁଡିକ ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା |ଏହା ସହିତ, ଚିତ୍ର 1C ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ର ଡିଗ୍ରୀ ଆକଳନ କରିବା ପାଇଁ p53 (DO-1) ଆଣ୍ଟିବଡି ବ୍ୟବହାର କରି ଏକ ପାଶ୍ଚାତ୍ୟ ବ୍ଲଟ୍ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ |
କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କର୍ ଯୋଡିବା ପୂର୍ବରୁ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡିକ 10 ng / ml IFNα ସହିତ 24 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ ଚିକିତ୍ସା କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା କୋଷଗୁଡିକ ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ ଦୁଇ-ଷ୍ଟେପ୍ ପ୍ରୋଟୋଲାଇସିସ୍ ଦ୍ ly ାରା ଲାଇଜ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ FASP (ଚିତ୍ର 2) 24,25 ଦ୍ୱାରା ପ୍ରୋଟିନ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ଟ୍ରାଇପଟିକ୍ ପେପ୍ଟାଇଡସ୍ ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମେଟ୍ରି ଦ୍ୱାରା ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା (ଚିତ୍ର 2) |MS / MS ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରା ତାପରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରମ ସହିତ ମେଳ ହୁଏ ଏବଂ MaxQuant26,27 ସହିତ ପରିମାଣିତ ହୁଏ |SIM-XL ପ୍ରୋଗ୍ରାମ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରାପ୍ତ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରାରୁ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ xQuest28 ଏବଂ SIM-XL29 ମୁକ୍ତ ଉତ୍ସ କମ୍ପ୍ୟୁଟିଂ ସଫ୍ଟୱେର୍ ପାଇପଲାଇନ ବ୍ୟବହାର କରି ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ଯ ounds ଗିକ ଏକ ଜଟିଳ ନେଟୱାର୍କରେ ମିଶ୍ରିତ ହୋଇଥିଲା (ଚିତ୍ର 2) |ସରଳ କିମ୍ବା ଜଟିଳ ପ୍ରୋଟିନ୍ ମିଶ୍ରଣରେ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା, ଆଭ୍ୟନ୍ତରୀଣ ଶୃଙ୍ଖଳା ଏବଂ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ଶୃଙ୍ଖଳାକୁ ସିମ୍-ଏକ୍ସଏଲ୍ ଚିହ୍ନଟ କରେ ଏବଂ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସଂରଚନାରେ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ଭିଜୁଆଲାଇଜ୍ କରିବା ପାଇଁ ସ୍କ୍ରିପ୍ଟ ପ୍ରଦାନ କରେ |ଏହା ସହିତ, ଏହା ପ୍ରତ୍ୟେକ କ୍ରସ୍ ରେଫରେନ୍ସକୁ MS / MS29 ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ଗୁଣ ଅନୁଯାୟୀ ଏକ ID ସ୍କୋର ଭାବରେ ସ୍ଥାନିତ କରେ |ଅନେକ ଅତ୍ୟନ୍ତ ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଏବଂ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଛି, ଏବଂ ମଲିକୁଲାର ଡାଇନାମିକ୍ସ (MD) ମଡେଲିଂ (ଚିତ୍ର 2) 30, 31 ବ୍ୟବହାର କରି ସହ-ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରାଇସିପିଟେସନ୍ ଏବଂ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକର ଗଠନମୂଳକ ପରିବର୍ତ୍ତନ ବ୍ୟବହାର କରି ଏକ ନୂତନ ପାରସ୍ପରିକ ପାରସ୍ପରିକ ଅନୁସନ୍ଧାନକୁ ଅଧିକ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରାଯାଇଛି |
CLMS ପଦ୍ଧତିର ସ୍କିମେଟିକ୍ ସମୀକ୍ଷାଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡିକ 10 ng / ml IFNα ସହିତ 24 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ ଚିକିତ୍ସା କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପରେ ସିଟ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କିଂରେ DSS ବ୍ୟବହାର କରି ସେଲ୍ ଲାଇସିସ୍ ଏବଂ ଟ୍ରାଇପିସିନାଇଜେସନ୍ କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ନମୁନାଗୁଡିକ ଏକ ଅର୍ବିଟ୍ରାପ୍ ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମିଟର ବ୍ୟବହାର କରି ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ LC-MS / MS ସମୟରେ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ପୂର୍ବର ଖଣ୍ଡବିଖଣ୍ଡନ ପାଇଁ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡସ୍ (ସିମ୍-ଏକ୍ସଏଲ୍) ପ୍ରୋଗ୍ରାମର ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ରେଗିକେସନ୍ ମେସିନ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରାପ୍ତ ହୋଇଥିବା ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରାରୁ ଦୁଇଟି ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ସମସ୍ତ ଯ ounds ଗିକ ଗଣନାକାରୀ ପାଇପଲାଇନ ବ୍ୟବହାର କରି ଏକ ଜଟିଳ ନେଟୱାର୍କରେ ମିଶ୍ରିତ ହୋଇଥିଲା |ମିଥ୍ୟା ସକରାତ୍ମକ ହାର (FDR) ସ୍କୋର ଉପରେ ଆଧାର କରି ସ୍ୱଳ୍ପ ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସର ପାରସ୍ପରିକ ଫିଲ୍ଟର୍ କରନ୍ତୁ |କୋ-ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରାଇସିପିଟେସନ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ଅନେକ ନୂତନ ହାଇ-ଫିଡେଲିଟି ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ନିଶ୍ଚିତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ମଲିକୁଲାର ଡାଇନାମିକ୍ସ (MD) ମଡେଲିଂ ବ୍ୟବହାର କରି କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡ଼ିକରେ ଗଠନମୂଳକ ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡିକ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥିଲା |
ମୋଟ ~ 30,500 ଏବଂ ~ 28,500 ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଯଥାକ୍ରମେ ଅଣସଂରକ୍ଷିତ ଏବଂ ଉତ୍ତେଜିତ IFNα ନମୁନାରେ ମ୍ୟାକ୍ସକ୍ୟୁଏଣ୍ଟ ବ୍ୟବହାର କରି ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା (ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ଟେବୁଲ୍ S1, ଚିତ୍ର 3A) |ଉଭୟ କ୍ଷେତ୍ରରେ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ ବୃହତ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ସର ଅଧିକ ଅନୁପାତ ଦେଖାଇଲା, କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ସର ଉପସ୍ଥିତି ସୂଚାଇଥାଏ (ଚିତ୍ର 3 ବି, ସି) |ଏଥିସହ, IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ନମୁନାରେ 40-55 ପରିସର ମଧ୍ୟରେ ବୃହତ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ସର ଏକ ବୃହତ ଅଂଶ ଉପସ୍ଥିତ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 3C) |Log2 ତୀବ୍ରତା ବିରୁଦ୍ଧରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ MX1, IFIT1 / 3, OAS2 / 3, DDX58, ଏବଂ HLA-F (ଚିତ୍ର 3D) ସହିତ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ନମୁନା ତୁଳନାରେ କ୍ଲାସିକ୍ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଉତ୍ତେଜିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସର୍ବାଧିକ ଥିଲା |Reactome ପାଥୱେ ଡାଟାବେସ୍ ବ୍ୟବହାର କରି IFNα ଚିକିତ୍ସାର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ତିନି ଗୁଣରୁ ଅଧିକ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାଇଁ ପଥଗୁଡିକର ବିଶ୍ଳେଷଣ ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ MHC-I- ମଧ୍ୟସ୍ଥ ଆଣ୍ଟିଜେନ୍ ଉପସ୍ଥାପନା ଏବଂ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ ହେଉଛି ସବୁଠାରୁ ପ୍ରାଧାନ୍ୟ ପଥ (ଚିତ୍ର 3E) |ପୂର୍ବ ରିପୋର୍ଟଗୁଡିକ ସହିତ ସ୍ଥିର, OAS ଏବଂ ISG15 ଦ୍ୱାରା ମଧ୍ୟସ୍ଥ ହୋଇଥିବା ଆଣ୍ଟିଭାଇରାଲ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ତଥା IFNα / β ଏବଂ ସାଇଟୋକାଇନ୍ ସିଗନାଲ୍ ସକ୍ରିୟ ପଥ ମଧ୍ୟରେ ଥିଲା |ଏହା ସହିତ, ଲାଇସେନ୍- ଏବଂ ସିରାଇନ୍-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କଗୁଡିକ ସିମ୍-ଏକ୍ସଏଲ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ମୂଳତ MS ହାସଲ ହୋଇଥିବା MS / MS ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରାରୁ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |ନିକଟରେ ହୋଇଥିବା ଏକ ଅଧ୍ୟୟନରେ 104 ଟି ISG ଗୁଡ଼ିକ 9 ଟି ଜୀବାଣୁ ଶ୍ରେଣୀରୁ 20 ଟି ଜୀବାଣୁ ବିସ୍ତାର କରି 5 ଟି ସେଲ୍ ପ୍ରକାରରେ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ISG ଅତ୍ୟଧିକ ସଙ୍କୋଚନ ଅଧ୍ୟୟନର ମେଟା-ଆନାଲିସିସ୍ ଦ୍ୱାରା ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଥିଲା |ତଥାପି, ବୃହତ ଡାଟାସେଟ ସ୍କ୍ରିନିଂର ଗଣନାତ୍ମକ ସୀମାକୁ ଦୂର କରିବାକୁ, ଆମେ ଏକ ଛୋଟ ଡାଟାସେଟରୁ ଆରମ୍ଭ କରି ପ୍ୟାଡାରିଆ ଏବଂ ଅନ୍ୟମାନଙ୍କ ଦ୍ reported ାରା ରିପୋର୍ଟ ହୋଇଥିବା IRDS ଜିନ୍ ତାଲିକା ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କକୁ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରିବା ପାଇଁ ଆରମ୍ଭ କରିଥିଲୁ, ଯାହା ମଧ୍ୟରୁ ଅଧିକାଂଶ ISG ଅଟେ |
IFNα (MaxQuant ରୁ ପ୍ରାପ୍ତ ତଥ୍ୟ) ର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଚିହ୍ନଟ |(କ) ଭେନ୍ ଚିତ୍ର IFNα14 ଚିକିତ୍ସିତ ଏବଂ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ଫ୍ଲୋ -1 ନମୁନାରେ ଚିହ୍ନିତ ସାଧାରଣ ଏବଂ ସ୍ୱତନ୍ତ୍ର ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ସଂଖ୍ୟାକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା (B) ଏବଂ IFNα ଚିକିତ୍ସିତ (C) କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ନମୁନାଗୁଡିକର ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ |(ଘ) ଚିକିତ୍ସିତ ଏବଂ IFNα14 ଚିକିତ୍ସିତ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରେ log2 (LFQ ତୀବ୍ରତା) କୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରୁଥିବା ଉତ୍ତାପ ମାନଚିତ୍ର |IFNα ର ଉପସ୍ଥିତିରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗୁଡିକ ସକ୍ରିୟ ଭାବରେ ସକ୍ରିୟ ଥିବା ବାମ ପ୍ୟାନେଲ୍ ଦେଖାଏ |(ଇ) IFNα ଚିକିତ୍ସା ପରେ 20 ଟି ମୁଖ୍ୟ ସମୃଦ୍ଧ ପଥକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରୁଥିବା ହିଷ୍ଟୋଗ୍ରାମ୍ |Reactome ପାଥୱେ ଡାଟାବେସ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରିତ IFNα- ପ୍ରତିକ୍ରିୟାଶୀଳ ପ୍ରୋଟିନରେ ଚାରି ଗୁଣରୁ ଅଧିକ ପରିବର୍ତ୍ତନ ବିଶ୍ଳେଷଣ କଲା |
ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ମଧ୍ୟସ୍ଥି ISG ଉତ୍ତେଜନା ଭଲ ଭାବରେ ଡକ୍ୟୁମେଣ୍ଟ୍ ହୋଇଛି, କିନ୍ତୁ ମଲିକୁଲାର ସ୍ତରରେ ଏହା ଭଲ ଭାବରେ ବୁ understood ାପଡୁ ନାହିଁ ଯେ ଏହି ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗୁଡିକ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ଜ ological ବିକ କାର୍ଯ୍ୟରେ କିପରି ଶେଷ ହୁଏ |ଜଣାଶୁଣା ISG ଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରେ ଏକ ଉଚ୍ଚତର ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସ ସହିତ ଆମେ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ଅନୁସନ୍ଧାନ କଲୁ |କ Interest ତୁହଳର ବିଷୟ, ଆମେ MX1, USP18, ROBO1, OAS3, ଏବଂ STAT1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ ଏକ ନେଟୱାର୍କ ଚିହ୍ନଟ କରିଥିଲୁ ଯାହା IFNα ଚିକିତ୍ସା (ଚିତ୍ର 4, ସାରଣୀ S2) 32,33,34 ର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ଏକ ବଡ଼ ଜଟିଳ ଗଠନ କରିଥାଏ |ସବୁଠାରୁ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ କଥା ହେଉଛି, ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା IFNα ସହିତ ଚିକିତ୍ସିତ ସମସ୍ତ ତ୍ରିଗୁଣରେ ମିଳିଥିଲା ​​ଏବଂ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ନମୁନାରେ ମିଳିନଥିଲା, ଏହା ସୂଚିତ କରେ ଯେ ସେମାନେ IFNα ଚିକିତ୍ସାର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ବିଶେଷ ଭାବରେ ଗଠିତ ହୋଇଥିଲେ |ଏହା ଜଣା ଯେ STAT1 ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଭାବରେ ଏହି ISG ଗୁଡ଼ିକର ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରିଥାଏ, କିନ୍ତୁ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସ୍ତରରେ ISG ସହିତ ଏହାର ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଅଧ୍ୟୟନ କରାଯାଇ ନାହିଁ |STAT1 ର ସ୍ଫଟିକ୍ ସଂରଚନା ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ ଏହାର ହେଲିକାଲ୍ ଡୋମେନ୍ (CCD) dimers35 ଗଠନ ସମୟରେ DNA କିମ୍ବା ପ୍ରୋଟୋମର୍ ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟାରେ ଜଡିତ ନୁହେଁ |ଏହି α- ହେଲିକ୍ସ ଏକ ହେଲିକାଲ୍ ହେଲିକ୍ସ ଗଠନ ସୃଷ୍ଟି କରେ ଯାହା ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା 35 ପାଇଁ ମୁଖ୍ୟତ hyd ହାଇଡ୍ରୋଫିଲିକ୍ ଭୂପୃଷ୍ଠ ପ୍ରଦାନ କରିଥାଏ |ଆମର CLMS ତଥ୍ୟରେ, ଆମେ ଦେଖିଲୁ ଯେ STAT1 ସହିତ ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ସିସିଡି, ଲିଙ୍କର୍ ଡୋମେନ୍ କିମ୍ବା ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଲାଞ୍ଜ (ଅବଶିଷ୍ଟ 700-708) ପୂର୍ବରୁ SH2 ଡୋମେନ୍ରେ ଘଟିଛି (ଚିତ୍ର 4A) |ପୂର୍ବ ଅଧ୍ୟୟନ ରିପୋର୍ଟ କରିଛି ଯେ USP18 STAT2 ର CCD ଏବଂ DNA- ବାଇଣ୍ଡିଂ ଡୋମେନ୍ (DBD) କୁ ବାନ୍ଧେ ଏବଂ I ପ୍ରକାରର ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ରିସେପ୍ଟର IFNAR2 ର ସବନିଟ୍ ରେ ନିଯୁକ୍ତ ହୁଏ I ପ୍ରକାରର ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ସିଗନାଲ୍ 24 ର ମଧ୍ୟସ୍ଥତା ପାଇଁ |ଆମର ତଥ୍ୟ ଏହା ମଧ୍ୟ ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ USP18 କାଟାଲାଇଟିକ୍ ଡୋମେନ୍ STAT1 DBD (ଚିତ୍ର 4A, D) ସହିତ ଯୋଗାଯୋଗ କରିଥାଏ, ପରାମର୍ଶ ଦେଇଥାଏ ଯେ ଉଭୟ STAT1 ଏବଂ STAT2 USP18 କୁ IFNAR2 କୁ ଆକର୍ଷିତ କରିବାରେ ଏକ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିପାରନ୍ତି |
IFNα ସହିତ ଚିକିତ୍ସିତ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ISG ନେଟୱାର୍କ ଚିହ୍ନଟ |(କ) 2D ଇଣ୍ଟରାକେସନ୍ ପ୍ଲଟ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ଇଣ୍ଟରାକେସନ୍ ଦେଖାଏ (ସିମ୍-ଏକ୍ସଏଲ ପ୍ରୋଗ୍ରାମରେ ସୃଷ୍ଟି), ରେଖା ସହିତ ଇଣ୍ଟରମୋଲୋକୁଲାର ଇଣ୍ଟରାକେସନ୍ (କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ କଟ୍ ଅଫ୍ 3.5। To ସେଟ୍) |ବିଭିନ୍ନ ପରିଚୟର ଡୋମେନ୍ ଗୁଡିକ ସେମାନଙ୍କର ରଙ୍ଗ ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ ହୋଇଛି: MX1 ଡୋମେନ୍, Dynamin_N (73–249), Dynamin_M (259-547), ଏବଂ GED (569-660) |OAS3 ଡୋମେନ୍: OAS1_C (160-344), OAS1_C (559-745), NTP_transf_2 (780-872), ଏବଂ OAS1_C (903-108) |ଡୋମେନ୍ ROBO1, Ig_3 (67-151), I- ସେଟ୍ (170-258), I- ସେଟ୍ (262–347), Ig_3 (350–432), Ig_3 (454-529), fn3 (562–646), fn3 (678–758) ଏବଂ fn3 (777–864) |STAT1 କ୍ଷେତ୍ରଗୁଡିକ: STAT_int (2–120), STAT_alpha (143–309), STAT_bind (321–458), SH2 (573–657), ଏବଂ STAT1_TAZ2bind (715–739) |(ଖ) କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ (MX1, UBP18, OAS3, ROBO1, ଏବଂ STAT1) ର ସର୍କୁଲାର୍ ଦର୍ଶକ ଯଥାକ୍ରମେ ନୀଳ ଏବଂ ନାଲିରେ ଚିହ୍ନିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଏବଂ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ସହିତ |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସୀମା 3.5। 3.5 ରେ ସ୍ଥିର କରାଯାଇଥିଲା।ଡଟ୍ ପ୍ଲଟ୍ ଗୁଡିକ MX1 (C), USP18 (D), ROBO1 (E), ଏବଂ OAS3 (F) ସହିତ STAT1 ପାରସ୍ପରିକ ସାଇଟଗୁଡିକ, ଏବଂ ଦୁଇଟି ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ମଧ୍ୟରେ K କିମ୍ବା S ପାରସ୍ପରିକ ସ୍ଥାନଗୁଡିକ ସୂଚାଇଥାଏ |ଚିତ୍ରରେ, କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସ୍କୋର ସୀମା 3.0। To ସେଟ୍ ହୋଇଛି |)STAT1 (pdb id: 1bf533) ଏବଂ OAS3 (pdb id: 4s3n34) |) ପ୍ରୋଗ୍ରାମ୍
USP18 ର ଦୁଇଟି ଆଇସୋଫର୍ମ ମାନବରେ ବର୍ଣ୍ଣନା କରାଯାଇଛି, ଏକ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ protein ର୍ଘ୍ୟ ବିଶିଷ୍ଟ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଯାହା ମୁଖ୍ୟତ the ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସରେ ଅବସ୍ଥିତ ଏବଂ N- ଟର୍ମିନାଲ୍ ଡୋମେନ୍ ବିନା USF18-sf ବିନା ଆଇସୋଫର୍ମ, ଯାହା ସାଇଟୋପ୍ଲାଜମ୍ ଏବଂ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଅସ୍ 36 ​​ରେ ସମାନ ଭାବରେ ବଣ୍ଟିତ |ଏହା ସହିତ, N- ଟର୍ମିନାସ୍ ଅଣସଂଗଠିତ ହେବ ବୋଲି ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଆଇସୋପେପ୍ଟିଡେଜ୍ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ କିମ୍ବା ISG1537 ବନ୍ଧନ ଆବଶ୍ୟକ କରେ ନାହିଁ |ଆମର ଅଧ୍ୟୟନରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବା ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ପ୍ରୋଟିନର N- ଟର୍ମିନାସରେ ଅବସ୍ଥିତ ଥିଲା, ପରାମର୍ଶ ଦେଇଥାଏ ଯେ ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟଗୁଡ଼ିକ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ USP18 (ଚିତ୍ର 4A, D) ସହିତ ଜଡିତ ଏବଂ ଏହିପରି ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସରେ ଘଟିପାରେ |ଅଧିକନ୍ତୁ, ଆମର ତଥ୍ୟ ଏହା ମଧ୍ୟ ସୂଚିତ କରେ ଯେ ପ୍ରୋଟିନ୍-ଟୁ-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟ ପାଇଁ N- ଟର୍ମିନାସ୍ ବିଶେଷଜ୍ଞ |IFNAR2 ବାନ୍ଧିବା ସ୍ଥାନ ଅବଶିଷ୍ଟ 312-368 ମଧ୍ୟରେ ଅବସ୍ଥିତ, ଏବଂ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଯେ, କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ ଥିବା କ prote ଣସି ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏହି ଅ to ୍ଚଳକୁ ବାନ୍ଧି ନଥାଏ (ଚିତ୍ର 4A) 37,38 |ଏକତ୍ର ନିଆଯାଇଥିବା ଏହି ତଥ୍ୟ ସୂଚିତ କରେ ଯେ IFNAR2 ବନ୍ଧନ ଡୋମେନ୍ କେବଳ ରିସେପ୍ଟର ପ୍ରୋଟିନ୍ ଦ୍ୱାରା ବ୍ୟବହୃତ |ଏହା ସହିତ, କେବଳ OAS3 ଏବଂ ROBO1 N- ଟର୍ମିନାସ୍ ଏବଂ IFNAR2 ବାନ୍ଧିବା ସାଇଟର ଅପଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ଡୋମେନ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଥିବା ଜଣାପଡିଛି (ଚିତ୍ର 4A) |
ROBO1 ଟ୍ରାନ୍ସମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ସିଗନାଲ୍ ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ଇମ୍ୟୁନୋଗ୍ଲୋବୁଲିନ୍ (Ig) ସୁପରଫ୍ୟାମିଲି ସହିତ ସମ୍ପୃକ୍ତ ଏବଂ ଏକ୍ସଟ୍ରାସେଲୁଲାର୍ ଅଞ୍ଚଳରେ ପାଞ୍ଚଟି Ig ଡୋମେନ୍ ଏବଂ ତିନୋଟି ଫାଇବ୍ରୋନେକ୍ଟିନ୍ (Fn) ଡୋମେନ୍ ଗଠିତ |ଏହି ଏକ୍ସଟ୍ରାସେଲୁଲାର୍ ଡୋମେନଗୁଡିକ ଏକ ମେମ୍ବ୍ରେନ୍-ପ୍ରକ୍ସିମାଲ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଏବଂ ଗୋଟିଏ ଟ୍ରାନ୍ସମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ହେଲିକ୍ସ 39. ଦ୍ by ାରା ଅନୁସରଣ କରାଯାଏ |ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ~ 1100 ରୁ 1600 ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ବିସ୍ତାରିତ ଅଞ୍ଚଳ ପ୍ରାୟତ dis ବିଶୃଙ୍ଖଳିତ |ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ MX1 ROBO1 ସହିତ Ig, Fn, ଏବଂ ଇଣ୍ଟ୍ରାସେଲୁଲାର୍ ଡୋମେନ୍ ମାଧ୍ୟମରେ ଯୋଗାଯୋଗ କରିଥାଏ, ଯେତେବେଳେ STAT1 ସହିତ ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଏହାର ସିସିଡି, ଲିଙ୍କର୍ ଡୋମେନ୍ ଏବଂ ROBO1 ର C- ଟର୍ମିନାସ୍ (ଚିତ୍ର 4A, E) ମଧ୍ୟରେ ହୋଇଥାଏ |ଅନ୍ୟ ପଟେ, DI, DIII, ଏବଂ OAS3 ଲିଙ୍କର୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ROBO1 ପ୍ରୋଟିନ୍ (ଚିତ୍ର 4A) ରେ ବଣ୍ଟନ କରାଯାଇଥିଲା |
ଅଲିଗୋଡେନିଲେଟ୍ ସିନ୍ଥେଜ୍ (OAS) ପ୍ରୋଟିନ୍ ପରିବାର ଇଣ୍ଟ୍ରାସେଲୁଲାର୍ ଡବଲ୍-ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡେଡ୍ RNA (dsRNA) କୁ ଗ୍ରହଣ କରନ୍ତି ଏବଂ ବାନ୍ଧନ୍ତି, ଗଠନମୂଳକ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରନ୍ତି ଏବଂ 2 ′, 5′-ସଂଯୁକ୍ତ ଅଲିଗୋଡେନିଲେଟ୍ସ (2-5 ଆସ) 40 କୁ ସିନ୍ଥାଇଜ୍ କରନ୍ତି |ଏହା ଦେଖାଗଲା ଯେ ତିନୋଟି OAS ମଧ୍ୟରେ, OAS3 dsRNA ପାଇଁ ସର୍ବୋଚ୍ଚ ସମ୍ବନ୍ଧ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ ଏବଂ ସର୍ବନିମ୍ନ 2-5 As ସିନ୍ଥାଇଜ୍ କରେ, ଯାହା RNase L କୁ ସକ୍ରିୟ କରିପାରିବ ଏବଂ ଏହା ଦ୍ vir ାରା ଭାଇରାଲ୍ ନକଲକୁ 41 ସୀମିତ କରିପାରିବ |OAS ପରିବାରରେ ପଲିମେରେଜ୍ ବିଟା (pol-β) ପରି ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଟ୍ରାନ୍ସଫର ଡୋମେନ୍ ଥାଏ |ପୂର୍ବ ଅନୁସନ୍ଧାନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଡୋମେନ୍ (DIII) ର ଅନୁପାତକାରୀ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ dsRNA- ବାଇଣ୍ଡିଂ ଡୋମେନ୍ (DI) ଉପରେ ନିର୍ଭରଶୀଳ, ଯାହା OAS342 ସକ୍ରିୟ ପାଇଁ ଆବଶ୍ୟକ |ଆମେ ଦେଖିଲୁ ଯେ OAS3 ର DI ଏବଂ DII ଡୋମେନ୍ ଗୁଡିକ ସିସିଡି ଏବଂ SH2 ଏବଂ STAT1 TAD (ଚିତ୍ର 4A, F) ମଧ୍ୟରେ ଏକ ଛୋଟ ଜଙ୍କସନ ଅଞ୍ଚଳ ସହିତ କାର୍ଯ୍ୟ କରେ |ପ୍ରୋଟିନ୍ structure ାଞ୍ଚାରେ ବିଭିନ୍ନ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ସାଇଟଗୁଡିକୁ ଆଚ୍ଛାଦନ କରି β- ସିଟ୍ ଏବଂ DBD STAT1 ଲୁପ୍ ଏବଂ OAS3 ର DI ଡୋମେନ୍ରେ 60-75 ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶ ଦ୍ formed ାରା ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ଏକ ଖୋଲା ପକେଟ୍ କିମ୍ବା ଗୁହାଳ ମଧ୍ୟରେ ଏକ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କ ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା (ଚିତ୍ର 4G) |କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ ଥିବା ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ଆଭିମୁଖ୍ୟ ଏହା ମଧ୍ୟ ସୂଚାଇ ଦେଇଛି ଯେ OAS3 ସହିତ କ actions ଣସି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଏହାର DI ଡୋମେନ୍ ର DNA- ବାନ୍ଧିବା କ୍ଷମତାକୁ ବାଧା ଦେଇନାହିଁ (ଚିତ୍ର S1A) |ଏହା ସହିତ, GTPase MX1 ର N- ଟର୍ମିନାଲ୍ ଡୋମେନ୍ OAS3 ର DI ଏବଂ DIII ଡୋମେନ୍ ସହିତ ବିସ୍ତୃତ ଭାବରେ କାର୍ଯ୍ୟ କରିଥାଏ (ଚିତ୍ର 4A) |ଆମେ ତିନୋଟି IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ପୁନରାବୃତ୍ତିରେ OAS1 ଏବଂ MX1 ମଧ୍ୟରେ ଏକ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ମଧ୍ୟ ଦେଖିଲୁ, ଯେଉଁଠାରେ ଗୋଟିଏ OAS1 ଡୋମେନ୍ (ମଧ୍ୟ ଅନୁପସ୍ଥିତ ଭାବରେ ସକ୍ରିୟ) ସମସ୍ତ ତିନୋଟି MX1 ଡୋମେନ୍ (ଚିତ୍ର S2A, B) ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ ଭାବରେ କାର୍ଯ୍ୟ କଲା |
MX ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗୁଡିକ ଡାଇନିନ୍ ପରି GTPases ର ଏକ ବୃହତ ପରିବାରର ଏକ ଅଂଶ ଯାହାକି ଏକ N- ଟର୍ମିନାଲ୍ GTPase ଡୋମେନ୍ ଧାରଣ କରିଥାଏ ଯାହାକି GTP କୁ ବାନ୍ଧେ ଏବଂ ହାଇଡ୍ରୋଲାଇଜ୍ କରେ, ଏକ ମଧ୍ୟବର୍ତ୍ତୀ ଡୋମେନ୍ ଯାହା ଆତ୍ମ-ସମାବେଶର ମଧ୍ୟସ୍ଥତା କରେ, ଏବଂ ଏକ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଲ୍ୟୁସିନ୍ ଜିପର୍ ଯାହାକି GTPase (LZ) ଭାବରେ କାର୍ଯ୍ୟ କରେ | )ଡୋମେନ୍ ଇଫେକ୍ଟର୍ ଡୋମେନ୍ 25,43 |ଭାଇରାଲ୍ ଜିନ୍ ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ରୋକିବା ପାଇଁ MX1 ଭାଇରାଲ୍ ପଲିମେରାସର ସବନିଟ୍ ସହିତ ବାନ୍ଧେ |ପୂର୍ବରୁ ରିପୋର୍ଟ ହୋଇଥିବା ଖମୀର ଦୁଇଟି ହାଇବ୍ରିଡ୍ ସ୍କ୍ରିନ ଦର୍ଶାଇଥିଲା ଯେ PIAS1- ଜଡିତ MX1 DNA- ବନ୍ଧନ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ଅବରୋଧ କରି STAT1- ମଧ୍ୟସ୍ଥ ଜିନ୍ ସକ୍ରିୟତାକୁ ପ୍ରତିରୋଧ କରିଥାଏ ଏବଂ SUMO E344,45 ଲିଗେଜ୍ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ମଧ୍ୟ ରଖିଥାଏ |ଏଠାରେ, ଆମେ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରୁ ଯେ MX1 STAT1 (ଚିତ୍ର 4C, D) କୁ ବାନ୍ଧେ, ତଥାପି IFNα ର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା STAT1- ମଧ୍ୟସ୍ଥ ଜିନ୍ ସକ୍ରିୟତା ଉପରେ କିପରି ପ୍ରଭାବ ପକାଇଥାଏ |ଏହା ସହିତ, ଆମେ ମଧ୍ୟ ପାଇଲୁ ଯେ MX1 IFIT3 ଏବଂ DDX60 ସହିତ ତିନୋଟି IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ପୁନରାବୃତ୍ତି (ଚିତ୍ର S2C) ରେ ଯୋଗାଯୋଗ କଲା |
DDX60 ହେଉଛି ଏକ IFN- ପ୍ରବର୍ତ୍ତିତ ସାଇଟୋପ୍ଲାଜାମିକ୍ ହେଲିକେଜ୍ ଯାହା ପୂର୍ବରୁ ଭାଇରାଲ୍ RNA46 ର RIG-I- ସ୍ independent ାଧୀନ ଅବକ୍ଷୟରେ ଏକ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିବ ବୋଲି ଜଣାଯାଇଛି |ଏହା RIG-I ସହିତ ଯୋଗାଯୋଗ କରିଥାଏ ଏବଂ ଏହାର ସଙ୍କେତକୁ ଏକ ଲିଗାଣ୍ଡ-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ manner ଙ୍ଗରେ ସକ୍ରିୟ କରିଥାଏ 46. DDX60 ଏକ DEXD / H-Box ହେଲିକେଜ୍ ଡୋମେନ୍ ଏବଂ ଏକ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ହେଲିକେଜ୍ ଡୋମେନ୍ ଧାରଣ କରିଥାଏ ଯାହାକି ଭାଇରାଲ୍ RNA ଏବଂ DNA47 କୁ ବାନ୍ଧେ |MX1 ଏବଂ IFIT3 ସହିତ ଏହାର ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା କାନୋନିକାଲ୍ ଡୋମେନ୍ କିମ୍ବା ମୋଟିଫ୍ ବିନା ଲମ୍ବା N- ଏବଂ C- ଟର୍ମିନାଲ୍ ଅଞ୍ଚଳରେ ଘଟିଥାଏ (ଚିତ୍ର S2E, F) |ତଥାପି, MX1 DEXD / H-Box ହେଲିକେଜ୍ ଡୋମେନ୍ (ଚିତ୍ର S2E) ସହିତ ମଧ୍ୟ ଜଡିତ |IFIT ପରିବାରର ପ୍ରୋଟିନ୍ଗୁଡ଼ିକରେ ଟେଟ୍ରାପେପ୍ଟାଇଡ୍ ପୁନରାବୃତ୍ତି (TPR) ନାମକ ଏକ ଭିନ୍ନ ହେଲିକ୍ସ-ଟର୍ନ-ହେଲିକ୍ସ ମୋଟିଫ୍ ର ଟାଣ୍ଡେମ୍ କପି ଅଛି |IFIT3 RIG-I ସଙ୍କେତର ଏକ ସକରାତ୍ମକ ମଡ୍ୟୁଲେଟର ଏବଂ ତେଣୁ MAVS କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସର ଏକ ଉପାଦାନ ବୋଲି ଜଣାପଡିଛି |ଏକାଠି ନିଆଗଲା, ଆମର ତଥ୍ୟ ସୂଚିତ କରେ ଯେ IFIT3 ଏବଂ DDX60 ମୁଖ୍ୟତ IF IFIT3 ର TPR 3–6 ମଧ୍ୟରେ ଥିବା ଅଞ୍ଚଳରେ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟ କରିଥାଏ ଏବଂ RIG-I / MAVS ସିଗନାଲ୍ (ଚିତ୍ର S2F) ରେ ଏକ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିପାରନ୍ତି |
ସମଗ୍ର ପ୍ରୋଟିମ୍ ସ୍କ୍ରିନିଂ ଗଣନାତ୍ମକ ଭାବରେ ତୀବ୍ର ଅଟେ, ତା’ପରେ ଆମେ IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ପୁନରାବୃତ୍ତି ମଧ୍ୟରୁ ଗୋଟିଏର ଉପସ୍ଥିତି ପାଇଁ ସମଗ୍ର ମାନବ ୟୁନିପ୍ରୋଟ ଡାଟାବେସ୍ ସ୍କ୍ରିନ କରିଥିଲୁ |ଏହି ପ୍ରତିକୃତିରେ, ଆମେ HLA-A ପାଇଁ ଅନେକ ଅତ୍ୟନ୍ତ ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟ ପାରସ୍ପରିକ ନେଟୱାର୍କ ପାଇଲୁ |MS / MS ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରା ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପଥଗୁଡିକର ବିଶ୍ଳେଷଣରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ MHC-I- ଆଧାରିତ ଆଣ୍ଟିଜେନ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ ଏବଂ ଉପସ୍ଥାପନା ହେଉଛି ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ (ଚିତ୍ର 3D) ଦ୍ୱାରା ପ୍ରବର୍ତ୍ତିତ ମୁଖ୍ୟ ପଥ |ତେଣୁ, ଆମେ ସମସ୍ତ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ନମୁନା ଉପରେ ଉଚ୍ଚତର ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସ ସହିତ MHC-I ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ ଅଧ୍ୟୟନ ଉପରେ ଧ୍ୟାନ ଦେଲୁ |HLA α1, α2 ଏବଂ α3 ଡୋମେନ୍ ଏବଂ ହାଲୁକା ଶୃଙ୍ଖଳାକୁ ନେଇ ଗଠିତ, ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋଗ୍ଲୋବୁଲିନ୍ β2 (β2 ମି) ଏକ ସ୍ଥିର ଚାପେରୋନ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ 49 |ଥରେ ଏଣ୍ଡୋପ୍ଲାଜାମିକ୍ ରେଟିକୁଲମ୍ରେ ଏକାଠି ହୋଇଗଲେ, ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଲିଗାଣ୍ଡସ୍ ଅନୁପସ୍ଥିତିରେ HLA ଅସ୍ଥିର |ପେପ୍ଟାଇଡ୍-ବାଇଣ୍ଡିଂ ଗ୍ରୀଭ୍ ଅତ୍ୟଧିକ ପଲିମୋର୍ଫିକ୍ ଏବଂ ଅଣସଂଗଠିତ α1 ଏବଂ α2 ଡୋମେନ୍ ଦ୍ୱାରା ଅଣ-ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଫର୍ମ ଏବଂ ଅପେକ୍ଷାକୃତ କମ୍ ପଲିମୋର୍ଫିକ୍ α351 ଡୋମେନ୍ ଦ୍ୱାରା ଗଠିତ |IFNα ର ଉପସ୍ଥିତିରେ, ଆମେ ଦୁଇଟି HLA-A କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ ଚିହ୍ନଟ କଲୁ: ଗୋଟିଏ HMGA1 ଏବଂ H2B (ଚିତ୍ର 5, ସାରଣୀ S3) ଏବଂ ଅନ୍ୟଟି MDN1, LRCH4 ଏବଂ H2B (ଚିତ୍ର 6) ସହିତ ଯୋଗାଯୋଗ କରେ |
IFNα H2B (H2BFS) ଏବଂ HMGA1 ସହିତ ଏକ HLA-A ପାରସ୍ପରିକ ନେଟୱାର୍କକୁ ପ୍ରବର୍ତ୍ତାଏ |)।ବିଭିନ୍ନ ପରିଚୟର ଡୋମେନ୍ ଗୁଡିକ ରଙ୍ଗ କୋଡେଡ୍ 32: H2B (ହିଷ୍ଟୋନ୍; 2-102) ଏବଂ MHC-I (MHC_1; 25–203, ଗୋଷ୍ଠୀ C1; 210–290 ଏବଂ MHC_I_C; 337–364) |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସୀମା 3.5। 3.5 ରେ ସ୍ଥିର କରାଯାଇଥିଲା।ଡଟ୍ ପ୍ଲଟ୍ ଗୁଡିକ H2B (B) ଏବଂ HMGA1 (C) ସହିତ HLA-A ପାରସ୍ପରିକ ସାଇଟଗୁଡିକ, ଏବଂ ଦୁଇଟି ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ମଧ୍ୟରେ K କିମ୍ବା S ପାରସ୍ପରିକ ସ୍ଥାନଗୁଡିକ ସୂଚାଇଥାଏ |ଚିତ୍ରରେ, କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସ୍କୋର ସୀମା 3.0। To ସେଟ୍ ହୋଇଛି |(ଘ) PyMOL ପ୍ରୋଗ୍ରାମରେ H2B, HLA-A, ଏବଂ HMGA1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ର ସଂରଚନାରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ |ଏହି ସଂରଚନାଗୁଡ଼ିକ Phyre2 ସର୍ଭର (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) ବ୍ୟବହାର କରି ମଡେଲ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ H2B, HLA-A ଏବଂ HMGA1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାଇଁ ଟେମ୍ପଲେଟ୍ ସଂରଚନା ଯଥାକ୍ରମେ 1kx552, 1kj349 ଏବଂ 2eze55 ଥିଲା |
IFNα H2B (H2BFS), MDN1 ଏବଂ LRCH4 ସହିତ ଏକ HLA-A ପାରସ୍ପରିକ ନେଟୱାର୍କକୁ ପ୍ରବର୍ତ୍ତାଏ |(କ) ଇଣ୍ଟ୍ରାମୋଲେକୁଲାର (ଲାଲ) ଏବଂ ଇଣ୍ଟରମୋଲୋକୁଲାର (ନୀଳ) କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କଗୁଡିକ 2D ଇଣ୍ଟରାକ୍ଟିଭ୍ ମାନଚିତ୍ରରେ ଉପସ୍ଥାପିତ ହୋଇଛି (ସିମ୍-ଏକ୍ସଏଲ୍ ସଫ୍ଟୱେୟାରରେ ସୃଷ୍ଟି) MDN1 ସହିତ ଏକ ବୃତ୍ତ ଭାବରେ ଉପସ୍ଥାପିତ |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସୀମା 3.5। 3.5 ରେ ସ୍ଥିର କରାଯାଇଥିଲା।ବିଭିନ୍ନ ପରିଚୟର ଡୋମେନ୍ ଗୁଡିକ ରଙ୍ଗ କୋଡ୍ 32: H2B (ହିଷ୍ଟୋନ୍; 2-102), MHC-I (MHC_1; 25–203, ଗୋଷ୍ଠୀ C1; 210–290 ଏବଂ MHC_I_C; 337–364) ଏବଂ LRCH4 (LRR_8 (68–126), LRR_8 (137–194) ଏବଂ CH (535–641)) |(ଖ) PyMOL ପ୍ରୋଗ୍ରାମରେ H2B, HLA-A, LRCH4, ଏବଂ MDN1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ର ସଂରଚନାରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ |P2re2 ସର୍ଭର (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) ବ୍ୟବହାର କରି ଏହି ସଂରଚନାଗୁଡ଼ିକ H2B, HLA-A, LRCH4 ଏବଂ MDN1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାଇଁ ଟେମ୍ପଲେଟ୍ ସଂରଚନା 1kx552, 1kj349, 6hlu62 ଏବଂ 6i2665 ସହିତ ମଡେଲ କରାଯାଇଥିଲା | ଯଥାକ୍ରମେH2B (C), LRCH4 (D), ଏବଂ MDN1 (E) ସହିତ HLA-A ପାଇଁ K କିମ୍ବା S ପାରସ୍ପରିକ ସାଇଟଗୁଡିକ ଦେଖାଉଥିବା ଡଟ୍ ପ୍ଲଟ୍ |ପ୍ଲଟ୍ ପାଇଁ, କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସ୍କୋର ସୀମା 3.0। To କୁ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |
ଜିନୋମର ଅଖଣ୍ଡତା ବଜାୟ ରଖିବା ସହିତ, ହିଷ୍ଟୋନ୍ H2B ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣରେ ମଧ୍ୟ ଜଡିତ |H2B ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏକ କେନ୍ଦ୍ରୀୟ ହିଷ୍ଟୋନ୍ ଡୋମେନ୍ (HFD) କୁ ନେଇ ଗଠିତ α- ହେଲିକ୍ସ ଦ୍ୱାରା ଲୁପ୍ ଦ୍ୱାରା ପୃଥକ ଏବଂ ଏକ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଲାଞ୍ଜ 41,52 |H2B ସହିତ ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା α1 ହେଲିକ୍ସରେ ଘଟିଥାଏ, ଯାହାକି HFD ହେଟେରୋଡିମର୍ (ଚିତ୍ର 5A, B) ସହିତ ଟ୍ରାଇମାଇଜେସନ୍ ପ୍ରଦାନ କରିଥାଏ |ଯଦିଓ ଲାଇସିନ୍ ଡିଏନ୍ଏ ବାନ୍ଧିବାରେ ଜଡିତ, କେତେକ ଲାଇସିନ୍ ମଧ୍ୟ ବିକଳ୍ପ ଆସେଟିଲେସନ୍ କିମ୍ବା ମିଥାଇଲେସନ୍ ସାଇଟ୍ |ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, H2B ରୁ ଅବଶିଷ୍ଟ K43, K46, ଏବଂ K57 ସିଧାସଳଖ DNA ବନ୍ଧନରେ ଜଡିତ ନୁହଁନ୍ତି, କିନ୍ତୁ ବିଭିନ୍ନ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ରୂପାନ୍ତରର ଲକ୍ଷ୍ୟ 53 |ସେହିଭଳି, H2B ରେ ଥିବା K44, K47, ଏବଂ K57 ଅବଶିଷ୍ଟ IFNα ର ଉପସ୍ଥିତିରେ ଅନ୍ୟ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା (ଚିତ୍ର 5A, B) ସହିତ ଏକ ବିକଳ୍ପ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିପାରନ୍ତି |ଏହା ସହିତ, ଏକ୍ସଟ୍ରାକ୍ରୋମୋସୋମାଲ୍ ହିଷ୍ଟୋନ୍ H2B ବିଭିନ୍ନ କୋଷ ପ୍ରକାରରେ ରୋଗ ପ୍ରତିରୋଧକ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ ସକ୍ରିୟ କରିଥାଏ, ସଂକ୍ରାମକ ଏଜେଣ୍ଟ କିମ୍ବା ନଷ୍ଟ ହୋଇଥିବା କୋଷଗୁଡ଼ିକରୁ ଦ୍ୱିଗୁଣିତ DNA (dsDNA) ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିବା ପାଇଁ ସାଇଟୋସୋଲିକ୍ ସେନ୍ସର ଭାବରେ କାର୍ଯ୍ୟ କରିଥାଏ |DNA ଜୀବାଣୁଙ୍କ ଉପସ୍ଥିତିରେ, H2B ହ୍ରାସ IFN-β ଉତ୍ପାଦନ ଏବଂ STAT154 ଫସଫୋରୀଲେସନ୍ କୁ ପ୍ରତିବନ୍ଧିତ କଲା |H2B ଅନ୍ୟ କୋର ହିଷ୍ଟୋନ୍ ଅପେକ୍ଷା ନ୍ୟୁକ୍ଲିଅସ୍ ଭିତରକୁ ଏବଂ ବାହାରକୁ ଯିବା ପାଇଁ ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା |ମନୋନୀତ ଚିକିତ୍ସିତ ନମୁନାରେ MDN1 ଏବଂ LRCH4 ସହିତ H2B ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ମଧ୍ୟ ଦେଖାଗଲା |ଆମେ ପାଇଲୁ ଯେ HLA-A ସମସ୍ତ ତିନୋଟି IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ନମୁନାରେ ଏବଂ ଗୋଟିଏ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ପୁନରାବୃତ୍ତି ନମୁନାରେ H2B ସହିତ ଯୋଗାଯୋଗ କଲା |ଏହି ତଥ୍ୟଗୁଡିକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ରେଗୁଲେସନ୍ ଠାରୁ ସ୍ independent ାଧୀନ ଏକ ବିକଳ୍ପ ଶାରୀରିକ କାର୍ଯ୍ୟରେ H2B ର ଭୂମିକା ପ୍ରତିଫଳିତ କରେ |
HMGA1 (ହାଇ ମୋବିଲିଟି ଗ୍ରୁପ୍ ଏଟି-ହୁକ୍ 1), ଏକ ଛୋଟ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓପ୍ରୋଟେନ୍, ରୋଗ ପ୍ରୋତ୍ସାହନକାରୀ ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ଭରପୂର, HLA-A ସହିତ ମିଳିତ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଛି |ଏଥିରେ ଏକ ଅମ୍ଳୀୟ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଲାଞ୍ଜ ଏବଂ ତିନୋଟି ଭିନ୍ନ DBD ଥାଏ ଯାହାକୁ AT ହୁକ୍ କୁହାଯାଏ କାରଣ ସେମାନେ dsDNA55,56 ରେ AT- ସମୃଦ୍ଧ ଅଞ୍ଚଳର ଛୋଟ ଖୋଳା ସହିତ ବାନ୍ଧନ୍ତି |ଏହି ବନ୍ଧନ DNA କୁ ବଙ୍କା କିମ୍ବା ସିଧା କରିଦିଏ, କାନୋନିକାଲ୍ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଏହାର ସହମତି କ୍ରମରେ ପ୍ରବେଶ କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦିଏ |ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଲାଞ୍ଜ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟ ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ନିଯୁକ୍ତିରେ ଜଡିତ ବୋଲି ବିଶ୍ believed ାସ କରାଯାଏ, ଯେହେତୁ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ବିଲୋପ ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଆରମ୍ଭ କରିବାରେ ଅସମର୍ଥ |ଅଧିକନ୍ତୁ, ଏହି ଡୋମେନ୍ ଅନେକ ସଂରକ୍ଷିତ ଫସଫୋରୀଲେସନ୍ ସାଇଟ୍ ଧାରଣ କରେ ଯାହା କିନାସ୍ 58 ପାଇଁ ସବଷ୍ଟ୍ରେଟ୍ ଭାବରେ ଜଣାଶୁଣା |ଆମେ ସି-ଟର୍ମିନାଲ୍ ଡୋମେନ୍ ବାହାରେ HMGA1 ସହିତ HLA-A ଏବଂ H2B ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ଦେଖିଲୁ, ପରାମର୍ଶ ଦେଇ C- ଟର୍ମିନାଲ୍ ଡୋମେନ୍ ମୁଖ୍ୟତ trans ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ବାନ୍ଧିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୁଏ (ଚିତ୍ର 5A, C) |ଆଡାପ୍ଟର DNA ସହିତ ବାନ୍ଧିବା ପାଇଁ HMGA ପ୍ରୋଟିନ୍ ହିଷ୍ଟୋନ୍ H1 ସହିତ ପ୍ରତିଦ୍ୱନ୍ଦ୍ୱିତା କରେ, ଯାହା ଦ୍ access ାରା ଆକ୍ସେସିବିଲିଟି ବ increasing ିଥାଏ |ସେହିପରି, ଏହା ସମ୍ଭବତ seems HMGA ହିଷ୍ଟୋନ୍ H1 ସହିତ ପ୍ରତିଯୋଗିତାରେ ଲିଙ୍କର୍ DNA ସହିତ ହିଷ୍ଟୋନ୍ H2B ସହିତ ଯୋଗାଯୋଗ କରିଥାଏ |HMGB1 ଡେଣ୍ଡ୍ରାଇଟିସ୍ କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ HLA-A, -B, ଏବଂ -C ର ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ସୃଷ୍ଟି କରେ, ଯାହା ସେମାନଙ୍କର ସକ୍ରିୟତା 59 କୁ ନେଇଥାଏ, କିନ୍ତୁ HMG ଏବଂ HLA ମଧ୍ୟରେ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କ ପୂର୍ବରୁ ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇ ନାହିଁ |ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ HMGA1 HLA-A ର α1 ଏବଂ α3 ଡୋମେନ୍ ସହିତ କାର୍ଯ୍ୟ କରିଥାଏ, ଏହାର 3 DBD (ଚିତ୍ର 5A, C) ବାହାରେ ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ସହିତ |ଆମ ହାତରେ, HLA-A ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସରେ ଲୋକାଲାଇଜ୍ ହୋଇଥିବା ଜଣାପଡିଛି (ତଥ୍ୟ ଦର୍ଶାଯାଇ ନାହିଁ), ଏବଂ H2B ଏବଂ HMGA1 ମଧ୍ୟ ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସରେ ଉପସ୍ଥିତ ଥିବାରୁ ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସରେ ଘଟିପାରେ |H2B, HLA-A, ଏବଂ HMGA1 ମଧ୍ୟରେ ମାପାଯାଇଥିବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଆଡୁକସ୍ ଚିତ୍ର 5D ରେ ଦର୍ଶାଯାଇଛି |
ଅନ୍ୟ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ HLA-A ର ଅଧିକାଂଶ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଏହାର α1 ଏବଂ α2 ଡୋମେନ୍ ଏବଂ ବିଶୃଙ୍ଖଳିତ C- ଟର୍ମିନାଲ୍ ଡୋମେନ୍ (ଚିତ୍ର 6) ମଧ୍ୟରେ ଘଟିଥାଏ |ଏହି ଉଦାହରଣଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରୁ ଗୋଟିଏରେ, ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ HLA-A LRCH4 ର ବିକୃତ N- ଟର୍ମିନାଲ୍ ଲାଞ୍ଜ ସହିତ ଯୋଗାଯୋଗ କରିଥାଏ (ଚିତ୍ର 6A, D) |LRCH4 TLR4 ଆକ୍ଟିଭେସନ୍ ଏବଂ LPS ସାଇଟୋକାଇନ୍ ଇନଡକ୍ସନ୍ କୁ ନିୟନ୍ତ୍ରିତ କରେ, ଯାହା ଦ୍ the ାରା ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପ୍ରତିକ୍ରିୟା 60,61 କୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିଥାଏ |ଏହା ନଅଟି ଲ୍ୟୁସିନ୍ ସମୃଦ୍ଧ ପୁନରାବୃତ୍ତି (LRRs) ଏବଂ ଏହାର ଏକ୍ଟୋଡୋମେନରେ ଏକ ଶାନ୍ତୋଡୁଲିନ୍ (CH) ହୋମୋଲୋଜି ମୋଟିଫ୍ ସହିତ ଏକ ମେମ୍ବ୍ରବାନ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍, ତା’ପରେ ଟ୍ରାନ୍ସମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ଡୋମେନ୍ (TMD) 60, 62 |CH ଡୋମେନଗୁଡିକ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ 60 ମଧ୍ୟସ୍ଥତା କରିବାକୁ ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଛି |LRR ଏବଂ CH ଡୋମେନ୍ ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରାୟ 300 ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ର ପ୍ରସାରଣ ଅପେକ୍ଷାକୃତ ଉପଲବ୍ଧ କିନ୍ତୁ ବିଶୃଙ୍ଖଳିତ |ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ନେଟୱାର୍କ ଏବଂ ଭେସିକୁଲାର ପରିବହନ 63 ର ମଧ୍ୟସ୍ଥି ଭାବରେ ବିଶୃଙ୍ଖଳିତ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକର କାର୍ଯ୍ୟ ଉପରେ ଆଧାର କରି, ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ ଅଧିକାଂଶ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟ ବିଶୃଙ୍ଖଳିତ ଅଞ୍ଚଳରେ ଘଟିଥାଏ |MDN1 ସହିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ପ୍ରୋଟିନର ଦ length ର୍ଘ୍ୟରେ ବଣ୍ଟନ କରାଯାଇଥିଲା, LRR1, LRR6, CH ଡୋମେନ୍, ଏବଂ ଅନିୟମିତ ଅଞ୍ଚଳ, ଯେତେବେଳେ H2B ମୁଖ୍ୟତ the CH ଡୋମେନ୍ (ଚିତ୍ର 6A, B) ରେ ବନ୍ଧା ହୋଇଥିଲା |ଉଲ୍ଲେଖଯୋଗ୍ୟ, CLMS ପଦ୍ଧତିର ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟତାକୁ ପରାମର୍ଶ ଦେଇ ଟିଏମଜେ ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରିନଥିଲା (ଚିତ୍ର 6A, B) |
MDN1 କୁ HLA-A ପ୍ରୋଟିନ୍ ନେଟୱାର୍କର ଅଂଶ ଭାବରେ ମଧ୍ୟ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଛି (ଚିତ୍ର 6A) |ଏହା ପ୍ରୋଟିନ୍ ର AAA ପରିବାରର ଅଟେ (ବିଭିନ୍ନ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ସହିତ ଜଡିତ ATPases) |ଏହା ହେଉଛି ସମାନ N- ଟର୍ମିନାଲ୍ AAA ଡୋମେନ୍ ଯାହା ଏକ ହେକ୍ସାମେରିକ୍ ରିଙ୍ଗରେ ସଂଗଠିତ ହୁଏ ଏବଂ 60S 64 ରାଇବୋସୋମାଲ୍ ସବନିଟ୍ ରୁ ଆସେମ୍ବଲି ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ଅପସାରଣ କରେ |dynein64,65,66 ସହିତ ସମାନ ପରି ଦେଖାଯାଉଛି |ଏହା ସହିତ, ଆସପ / ଗ୍ଲୁ ସମୃଦ୍ଧ ଅଞ୍ଚଳ MIDAS ଡୋମେନ୍ (ଧାତୁ ଆୟନ ନିର୍ଭରଶୀଳ ସାଇଟ୍) ଦ୍ୱାରା ଅନୁସରଣ କରାଯାଏ |MDN1 ର ବୃହତ ଆକାର (ପ୍ରାୟ 5600 ଆମିନୋ ଏସିଡ୍) ଏବଂ ଭଲ ଅଧ୍ୟୟନ କରୁଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ ଏହାର ସୀମିତ ହୋମୋଲୋଜି ହେତୁ ମଣିଷର ଗଠନ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟ ବିଷୟରେ ଅଳ୍ପ ଜଣା |ଆମେ HLA-A, H2B, ଏବଂ LRCH4 କୁ MDN1 ବାନ୍ଧୀ ଅଂଶୀଦାର ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ କରିଥିଲୁ ଏବଂ ପାଇମୋଲରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ ଭାବରେ ସେମାନଙ୍କର ଆଭିମୁଖ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲୁ (ଚିତ୍ର 6A, B) |ଏହି ତିନୋଟି ପ୍ରୋଟିନ୍ AAA ଡୋମେନ୍, ଡାଇନିନ୍ ପରି ଲିଙ୍କର୍ ଡୋମେନ୍ ଏବଂ ସମ୍ଭବତ M MIDAS MDN1 ଡୋମେନ୍ ସହିତ କାର୍ଯ୍ୟ କରିଥାଏ |ପୂର୍ବ ରିପୋର୍ଟରେ, ବାଇଟ୍ ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ଆଫିନିଟି ଶୁଦ୍ଧତା MDN1 କୁ ହିଷ୍ଟୋନ୍ H2B67 ସହିତ ଜଡିତ ଏକ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ କରିଥିଲା ​​|ଏଥିସହ, ନିକଟରେ ହୋଇଥିବା ଏକ ଅଧ୍ୟୟନରେ ମଧ୍ୟ ଆମର ଅନୁସନ୍ଧାନକୁ ସମର୍ଥନ କରି ଆଫିନିଟି-ଶୁଦ୍ଧ ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମେଟ୍ରି ବ୍ୟବହାର କରି HCT116 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ MDN ଏବଂ HLA-B ମଧ୍ୟରେ ଏକ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କ ବିଷୟରେ ଜଣାଯାଇଛି |IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ନମୁନାରେ ଏହି କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସର ଚିହ୍ନଟ, ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ସିଗ୍ନେଚରରେ MDN1 ପାଇଁ ଏକ ଭୂମିକା ସୂଚିତ କରେ |
ଯେହେତୁ HLA ଜିନ୍ ଗୁଡିକ ଅତ୍ୟଧିକ ପଲିମୋର୍ଫିକ୍, ଆମେ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକର RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ତଥ୍ୟରୁ HLA-A, -B, ଏବଂ -C ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ ପ read ଼ିବା କ୍ରମକୁ ବାହାର କରିଥିଲୁ |ପେପ୍ଟାଇଡ୍ କ୍ରମଗୁଡିକ କ୍ରମାଗତ ପ reading ଼ିବା ସହିତ ସମାନ, HLA-A, -B, ଏବଂ -C ମଧ୍ୟରେ ଗୁରୁତ୍ differences ପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା ​​ଯେଉଁଠାରେ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ HLA-A (ଚିତ୍ର S3) ରେ ଅବସ୍ଥିତ |ଏହା ସହିତ, ଆମେ H2B / HMGA1 / MDN1 / LRCH4 ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ HLA-B / C ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ପ୍ରୋଟିନ୍-ଟୁ-ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ପାଳନ କରିନାହୁଁ |ଏହା ସୂଚିତ କରେ ଯେ HLA-A, MDN1, LRCH1 ଏବଂ HMGA1 ମଧ୍ୟରେ ମିଳୁଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା HLA-A ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅଟେ |ଏହା ସହିତ, ଅଣ-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ନମୁନାଗୁଡିକର ପ୍ରୋଟୋମିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ (ଟେବୁଲ୍ S4) ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ HLA-A କିମ୍ବା HLA-C ତୁଳନାରେ HLA-A ର ଅଧିକ କ୍ରମ କଭରେଜ୍ ଅଛି |HLA-A ପାଇଁ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଉଭୟ IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ଏବଂ ଚିକିତ୍ସିତ ନମୁନାରେ ଅଧିକ ତୀବ୍ରତା ଥିଲା |
ସୁନିଶ୍ଚିତ କରିବାକୁ ଯେ ଏଠାରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବା ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ସ୍ପେସାଲ୍ ନିକଟବର୍ତ୍ତୀ ଦୁଇଟି ପ୍ରୋଟିନର ଅଣ-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହେତୁ ହୋଇନଥିଲା, ଆମେ ସହ-ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରାଇସିପାଇଟ୍ ଆସେସ୍ କରି ଦୁଇଟି ନୂତନ HLA-A ପାରସ୍ପରିକ କାରକକୁ ନିଶ୍ଚିତ କରିଥିଲୁ |ଉଭୟ IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ଏବଂ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ଏଣ୍ଡୋଜେନସ୍ MDN1 ଏବଂ H2B ସହିତ HLA-A ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଚିହ୍ନଟ ହେଲା (ଚିତ୍ର 7, ଚିତ୍ର S4) |ଆମେ ନିଶ୍ଚିତ କରିଛୁ ଯେ HLA-A ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରାଇସିଟେଟ୍ସରେ H2B ଦ୍ captured ାରା ଧରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଏହି ଆସୋସିଏସନ IFNα ଚିକିତ୍ସା ହେତୁ ହୋଇଥଲା କାରଣ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା କୋଷଗୁଡ଼ିକର ପ୍ରତିରୋପଣ ନମୁନାରେ HLA-A ଅନୁପସ୍ଥିତ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 7A) |ତଥାପି, ଆମର ତଥ୍ୟ ସୂଚିତ କରେ ଯେ IFNα H2B ଏବଂ MDN1 ପାଇଁ HLA-A ବନ୍ଧନକୁ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରିଥାଏ |IFNα H2B ଏବଂ HLA-A ମଧ୍ୟରେ ଆସୋସିଏସନ ସୃଷ୍ଟି କରେ, କିନ୍ତୁ MDN1 ସହିତ ଏହାର ସଙ୍ଗଠନକୁ ହ୍ରାସ କରେ |ଆମେ ଜାଣିଲୁ ଯେ MDN1 ନିୟନ୍ତ୍ରଣରେ HLA-A ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲା, ଏବଂ IFNα ର ଯୋଗ IFNα (ଚିତ୍ର 7B, C) ଦ୍ୱାରା MDN1 ଇନଡକ୍ସନ୍ ଠାରୁ ସ୍ independent ାଧୀନ ଭାବରେ ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟାକୁ ହ୍ରାସ କଲା |ଏହା ସହିତ, HLA-A ପ୍ରତିରୋପଣ A549 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ H2B କୁ ଧରିଲା (ଚିତ୍ର S4), ଏହି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା କୋଷ ପ୍ରକାରଠାରୁ ସ୍ is ାଧୀନ ବୋଲି ମତ ଦେଇଥାଏ |ଏକତ୍ର ନିଆଗଲା, ଏହି ଫଳାଫଳଗୁଡିକ H2B ଏବଂ MDN1 ସହିତ HLA-A ର ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ମଧ୍ୟସ୍ଥି ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକୁ ସମର୍ଥନ କରେ |
HLA-A H2B ଏବଂ MDN1 କୁ ସହ-ଶୁଦ୍ଧ କରେ |ପ୍ରତିନିଧୀ ଏଣ୍ଡୋଜେନସ୍ H2B (A) ଏବଂ MDN1 (B) ଇମ୍ୟୁନୋବ୍ଲଟ୍ ଗୁଡିକ IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷରୁ ପ୍ରତିରୋପଣ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ସୂଚିତ ଆଣ୍ଟିବଡି ପାଇଁ ଯାଞ୍ଚ କରାଯାଇଥିଲା |ଏକ ନକାରାତ୍ମକ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଭାବରେ ମାଉସ୍ ଏବଂ ରାବଣ IgG ବ୍ୟବହୃତ ହେଉଥିଲା |(ଗ) ବିଭିନ୍ନ ଆଣ୍ଟିଜେନ୍ସର ଆପେକ୍ଷିକ ପରିମାଣ (ଇନପୁଟ୍) ସୂଚିତ ଆଣ୍ଟିବଡି ବିରୁଦ୍ଧରେ ଯାଞ୍ଚ କରାଯାଇଥିବା ଇମ୍ୟୁନୋବ୍ଲଟ୍ ଦ୍ୱାରା ଚିତ୍ରିତ ହୋଇଛି, β- ଆକ୍ଟିନ୍ ଏକ ଲୋଡିଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |
ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରେରିତ ଅତ୍ୟଧିକ ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ନେଟୱାର୍କ, H2B-HLA-A-HMGA1 ର ଗଠନମୂଳକ ଗୁଣ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରାଯାଇଥିଲା |ଏହି କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ ଜଡିତ ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ଗଠନମୂଳକ ଗତିଶୀଳତାକୁ ବୁ to ିବା ପାଇଁ ଆମେ ଏକ ବିକଳ୍ପ ପନ୍ଥା ଭାବରେ ମଲିକୁଲାର ଡାଇନାମିକ୍ସ ମଡେଲିଂ ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ (ଚିତ୍ର 8) |CLMS ତଥ୍ୟରୁ ସୂଚନା, H2B, HLA-A, ଏବଂ HMGA1 ପ୍ରୋଟିନର ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ସମ୍ଭାବନାକୁ ସୂଚିତ କରେ |ତେଣୁ, ନିମ୍ନଲିଖିତ ସମ୍ଭାବ୍ୟ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ ଏକ ଦ୍ରବଣକାରୀ ମାଧ୍ୟମରେ ମଡେଲ କରାଯାଇଥିଲା: H2B-HLA-A, HMGA1-HLA-A, ଏବଂ H2B-HLA-A-HMGA1 |MOE (ମଲିକୁଲାର ଅପରେଟିଂ ପରିବେଶ; କେମିକାଲ୍ କମ୍ପ୍ୟୁଟିଂ ଗ୍ରୁପ୍ ଇନ୍କ।ଡକିଂ ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସର ଭିଜୁଆଲାଇଜେସନ୍ ଅନେକ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଏବଂ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଗଠନକୁ ପ୍ରକାଶ କଲା (ଚିତ୍ର 5A, 8) |ଏହିପରି, ଗୋଟିଏ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ରୂପାନ୍ତରଣ ଚିତ୍ର 8A ରେ ଦର୍ଶାଯାଇଛି (ଲେବଲ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ସହିତ) ଏବଂ ଏହାକୁ MD ମଡେଲିଂ ପାଇପଲାଇନ ବ୍ୟବହାର କରି ଅଧିକ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରାଯାଇଥିଲା |ଏହା ସହିତ, H2B କିମ୍ବା HMGA1 କୁ HLA-A ସହିତ ବାନ୍ଧିବା, HLA-A (ଚିତ୍ର 8A) ପାଇଁ H2B ର ଉଚ୍ଚତାକୁ ଆଲୋକିତ କରେ |
H2B (H2BFS) -HLA-A, HMGA1-HLA-A, ଏବଂ H2B-HLA-A-HMGA1 କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ନେଟୱାର୍କର ଗଠନମୂଳକ ଗତିଶୀଳତା |)ଏହା ସହିତ, ଚିହ୍ନିତ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶଗୁଡିକ H2B, HLA-A, ଏବଂ HMGA1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗଠନ ଉପରେ ଲେବଲ୍ ହୋଇଛି |MOE ପ୍ୟାକେଜରେ କାର୍ଯ୍ୟକାରୀ ହୋଇଥିବା ଡକିଂ ପାଇପଲାଇନ ବ୍ୟବହାର କରି ଏହି ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ସଂପୃକ୍ତ ଗଠନଗୁଡିକ ବାହାର କରାଯାଇଥିଲା |ନିମ୍ନ ବାମ ପ୍ୟାନେଲରେ H2B-HLA-A ଏବଂ HMGA1-HLA-A କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡ଼ିକର ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ବାନ୍ଧିବା ସମ୍ବନ୍ଧ (GBVI / WSA dG; kcal / mol) ର ବିଭିନ୍ନ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଗଠନ ଦେଖାଯାଏ |(ଖ) ପ୍ରତ୍ୟେକ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗଠନ ପାଇଁ ପରମାଣୁ ସ୍ଥିତିର (ହାଇଡ୍ରୋଜେନ୍ ପରମାଣୁକୁ ବାଦ ଦେଇ) ମାନକ ବିଘ୍ନ (RMSD) |(ଗ) ବିଭିନ୍ନ ସିମୁଲେଡ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକରୁ ଇଣ୍ଟରମୋଲୋକୁଲାର ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ହାଇଡ୍ରୋଜେନ୍ ବଣ୍ଡ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା, ≥ 10 ns ର ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକୁ ବିଚାରକୁ ନେଇଏଚ୍-ବଣ୍ଡ୍ ଦାତା-ଗ୍ରହଣକାରୀ କଟଅଫ୍ ଦୂରତା 3.5 Å, ଏବଂ ଦାତା-ଏଚ୍-ଗ୍ରହଣକାରୀ କଟଅଫ୍ କୋଣ ≥ 160 ° –180 ° ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |(ଘ) ନିଜ ସମ୍ପୃକ୍ତ ବାସିନ୍ଦା ଗଠନ କରୁଥିବା ଅବଶିଷ୍ଟ ଅଂଶଗ୍ରହଣ କରୁଥିବା ଅବଶିଷ୍ଟ ଅଂଶଗ୍ରହଣ କରିବା, ଡମି HLA-A-H2B ଏବଂ HLAGA1 ରୁଟ୍ ରୁ ବାହାର କରାଯାଇଛି |ପ୍ରୋଟିନ୍ ସଂରଚନା ହାରାହାରି 100 ns MDS ର ଗଠନକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |(ଇ) HLAB-A-H2B ଏବଂ HLA-A-HMGA1 କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ ମଧ୍ୟରେ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା, ଦୁଇଟି ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ମଧ୍ୟରେ K କିମ୍ବା S ପାରସ୍ପରିକ ସ୍ଥାନ ଉପରେ ଆଧାର କରି 100 N ରୁ ଅଧିକ H2B-HLA ସିମୁଲେସନ୍ ଦ୍ୱାରା ଟ୍ରାକ୍ ହୋଇଥିବା ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟ ତୁଳନାରେ |କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସ / HMGA1-HLA-A / H2B-HLA-A-HMGA1 |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କଗୁଡିକର ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ ପାଇଁ ସୀମା ମୂଲ୍ୟ 3.0 କୁ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ MDS ରୁ ≥ 10 ns ନେଇ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକୁ ବିଚାରକୁ ନିଆଗଲା |BIOVIA ଆବିଷ୍କାର ଷ୍ଟୁଡିଓ (Dassault Systèmes, BIOVIA Corp., San Diego, CA, USA) ଏବଂ ମଲିକୁଲାର ଅପରେଟିଂ ପରିବେଶ (MOE; କେମିକାଲ୍ କମ୍ପ୍ୟୁଟିଂ ଗ୍ରୁପ୍ ଇନକ୍।
ସମୟ ସହିତ HLA-A ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ସ୍ଥିରତା (ମାନକ ବିଘ୍ନ; RMSD କିମ୍ବା ମାନକ ବିଚ୍ୟୁତି; RMSF) ସୂଚାଇ ଦେଇଛି ଯେ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକରେ H2B କିମ୍ବା HMGA1 ପ୍ରୋଟିନର ଉପସ୍ଥିତି HLA-A ସ୍ଥିର କରିଛି (ଚିତ୍ର 8 ବି, ଚିତ୍ର S5) |HMGA1 ପ୍ରୋଟିନ୍ HLA-A ର B2M ସାଇଟ୍ ସହିତ ଦୃ ly ଭାବରେ ବାନ୍ଧେ, HLA-A-HMGA1 କିମ୍ବା H2B-HLA-A-HMGA1 କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ HLA-A ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ସ୍ଥିରତା ସୃଷ୍ଟି କରେ (ଚିତ୍ର 8B, ଚିତ୍ର S5) |ବିଶେଷ ଭାବରେ, H2 ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶ ~ 60-90 ଏବଂ ~ 180-210 H2B (FIG। 8B) ର ଉପସ୍ଥିତିରେ କମ୍ ନମନୀୟ ବୋଲି ଜଣାପଡିଛି |H2B କିମ୍ବା HMGA1 କେବଳ H2B କିମ୍ବା HMGA1 ସହିତ ବାନ୍ଧିବା ତୁଳନାରେ H2B-HLA-A-HMGA1 କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ HLA-A କୁ ଭଲ ବନ୍ଧନ ଦେଖାଇଲା (ଚିତ୍ର 8C, D; ସାରଣୀ S5) |ହାଇଡ୍ରୋଜେନ୍ ବଣ୍ଡିଂ ସହିତ ଜଡିତ ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶଗୁଡିକ (MD ମଡେଲଡ୍ ଉଚ୍ଚ ସ୍ଥାନ ≥ 10 ns) କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ CLMS ଇଣ୍ଟରାକସନ ସାଇଟଗୁଡିକ (K କିମ୍ବା S ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶ) ସହିତ ମେଳ ଖାଉଛି, ଏହା ସୂଚିତ କରେ ଯେ CLMS ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଅତ୍ୟନ୍ତ ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟ |ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟତା (ଚିତ୍ର 8E) |CLMS ଏବଂ MD ମଡେଲିଂରେ, HLA-A ଅବଶିଷ୍ଟ ପ୍ରାୟ 190-210 ରୁ ପ୍ରାୟ 200-220 ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ଯଥାକ୍ରମେ H2B ଏବଂ HMGA1 ବାନ୍ଧିବା ପାଇଁ ମିଳିଲା (FIG। 8E) |
ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଗତିଶୀଳ ଗଠନମୂଳକ ନେଟୱାର୍କ ଗଠନ କରେ ଯାହା କିଛି ଉତ୍ସାହର ପ୍ରତିକ୍ରିୟାରେ ଇଣ୍ଟ୍ରାସେଲୁଲାର୍ ଯୋଗାଯୋଗକୁ ମଧ୍ୟସ୍ଥ କରିଥାଏ |କାରଣ ଅନେକ ପ୍ରୋଟୋମିକ୍ସ ଆଭିମୁଖ୍ୟ ଏକ ପ୍ରୋଟିନର ସାମଗ୍ରିକ ସ୍ଥିର ସ୍ଥିତିର ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିଥାଏ, ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ ଗତିଶୀଳତା ବନ୍ଧନ ଇଣ୍ଟରଫେସ୍ କ୍ୟାପଚର ପାଇଁ ଅତିରିକ୍ତ ଉପକରଣ ଆବଶ୍ୟକ କରେ, ଏବଂ CLMS ହେଉଛି ଏହିପରି ଏକ ଉପକରଣ |ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍ ସିଗନାଲ୍ ସିଷ୍ଟମ୍ ହେଉଛି ଏକ ସାଇଟୋକାଇନ୍ ନେଟୱାର୍କ ଯାହା କୋଷଗୁଡ଼ିକୁ ବିଭିନ୍ନ ପରିବେଶ ପାଥୋଜେନିକ୍ ଏବଂ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ପାଥୋଲୋଜିକାଲ୍ ସିଗ୍ନାଲ୍ ଉପରେ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦେଇଥାଏ, ଯାହା ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଇନୁଜିବଲ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ଗୁଡ଼ିକର ସବ୍ସେଟ୍ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ |ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରବର୍ତ୍ତିତ ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ଏକ ପ୍ୟାନେଲ୍ ମଧ୍ୟରେ ଉପନ୍ୟାସ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଚିହ୍ନଟ ହୋଇପାରିବ କି ନାହିଁ ତାହା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବାକୁ ଆମେ CLMS ପ୍ରୟୋଗ କରିଥିଲୁ |ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡ଼ିକୁ ଧରିବା ପାଇଁ ଏକ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରତିକ୍ରିୟାଶୀଳ ଫ୍ଲୋ -1 ସେଲ୍ ମଡେଲରେ ଗ୍ଲୋବାଲ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ଅଣ-କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ଏବଂ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା କୋଷଗୁଡ଼ିକରୁ ଟ୍ରାଇପଟିକ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ସର ନିର୍ବାହ, ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ LFQ ତୀବ୍ରତା ସହିତ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଗଣନା, ପଥ ସମୃଦ୍ଧ ଏବଂ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ ପାଇଁ ଅନୁମତି ଦିଏ |କାନୋନିକାଲ୍ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଇନୁଜିବଲ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗୁଡିକ ଏକ ସକରାତ୍ମକ ଆଭ୍ୟନ୍ତରୀଣ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବାବେଳେ ନୂତନ ଇଣ୍ଟରମୋଲୋକୁଲାର ଏବଂ ଇଣ୍ଟ୍ରାମୋଲେକୁଲାର କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ଆଡୁକସ୍ ଯେପରିକି MX1, UP18, OAS3 ଏବଂ STAT1 ପରି ଦେଖାଗଲା |ବିଭିନ୍ନ ଗଠନମୂଳକ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ କ୍ଷେତ୍ରରେ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ଅନୁସନ୍ଧାନ କରାଯାଇଛି |
IFNα ସହିତ ଚିକିତ୍ସିତ ଏବଂ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ଫ୍ଲୋ -1 ଏବଂ A549 କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ଇମ୍ୟୁନୋବ୍ଲୋଟିଂ ଦ୍ୱାରା HLA-A, MDN1 ଏବଂ H2B ମଧ୍ୟରେ ଏକ ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |ଆମର ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ହାଇଲାଇଟ୍ କରେ ଯେ IFNα- ନିର୍ଭରଶୀଳ H ଙ୍ଗରେ H2B ସହିତ HLA-A କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ |ଆମର କାର୍ଯ୍ୟ ଏହି ଦୁଇଟି କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସର ସହ-ଲୋକାଲାଇଜେସନ୍ ର ଅଧିକ ଅନୁସନ୍ଧାନ ପାଇଁ ଏକ ଆକର୍ଷଣୀୟ ଉପାୟକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ |ସେଲ୍-ପ୍ରକାର-ସ୍ independent ାଧୀନ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ମଧ୍ୟସ୍ଥ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ଚିହ୍ନିବା ପାଇଁ ସେଲ୍ ଲାଇନ୍ସର ଏକ ପ୍ୟାନେଲରେ CLMS ଆଭିମୁଖ୍ୟ ବିସ୍ତାର କରିବା ମଧ୍ୟ ଆକର୍ଷଣୀୟ ହେବ |ଶେଷରେ, H2BFS-HLA-A-HMGA1 କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସରେ ଜଡିତ ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ଗଠନମୂଳକ ଗତିଶୀଳତାକୁ ବୁ to ିବା ପାଇଁ ଆମେ MD ମଡେଲିଂକୁ ଏକ ବିକଳ୍ପ ପନ୍ଥା ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କଲୁ, ଯାହା ଇଣ୍ଟ୍ରାମୋଲେକୁଲାର ଏବଂ ଇଣ୍ଟରମୋଲୋକୁଲାର କ୍ରସ୍ କଥାବାର୍ତ୍ତାକୁ ଟ୍ରାକ୍ କଲା |CLMS ତଥ୍ୟରୁ ସୂଚନା H2BFS, HLA-A, ଏବଂ HMGA1 ପ୍ରୋଟିନର ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ସମ୍ଭାବନାକୁ ସୂଚିତ କରେ |ଏହି ଡକିଂ ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନତା, CLMS ଡାଟାସେଟରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ପରି ଅନେକ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା ​​|ଆମର ପଦ୍ଧତିର ଏକ ମୁଖ୍ୟ ଶକ୍ତି ହେଉଛି ଏହା ହେଉଛି HLA ପରି ଅତ୍ୟଧିକ ପଲିମୋର୍ଫିକ୍ ଜିନ୍ ର ପାରସ୍ପରିକ ଚିହ୍ନଟକୁ ସହଜ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦିଏ, ତେଣୁ HLA ହାପ୍ଲୋଟାଇପ୍ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା କ interesting ତୁହଳପ୍ରଦ ହେବ ଯାହା ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା କଷ୍ଟକର |ଏକତ୍ର ନିଆଗଲା, ଆମର ତଥ୍ୟ ଦର୍ଶାଏ ଯେ ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ପ୍ରେରିତ ସିଗନାଲ୍ ନେଟୱାର୍କ ବିଷୟରେ ଆମର ବୁ understanding ାମଣାକୁ ବ expand ାଇବା ପାଇଁ ଏବଂ ଟ୍ୟୁମର ମାଇକ୍ରୋ ପରିବେଶରେ ଅଧିକ ଜଟିଳ ଆନ୍ତ cell ସେଲ୍ୟୁଲାର୍ ସିଷ୍ଟମ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ଏକ ଆଧାର ପ୍ରଦାନ କରିବାକୁ CLMS ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇପାରିବ |
ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡିକ ATCC ରୁ ପ୍ରାପ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ DMEM (ଗିବକୋ) ରେ 1% ପେନିସିଲିନ୍ / ଷ୍ଟ୍ରେପଟୋମାଇସିନ୍ (ଇନଭାଇଟ୍ରୋଜେନ୍), 10% ଭ୍ରୁଣ ବୋଭାଇନ୍ ସେରମ୍ (ଗିବକୋ) ସହିତ ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ 37 ° C ଏବଂ 5% CO2 ରେ ସଂରକ୍ଷିତ କରାଯାଇଥିଲା |ଇନକ୍ୟୁବେସନ |IFNα14 (ଏଡିନବର୍ଗ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଉତ୍ପାଦନ ସୁବିଧା ଦ୍ୱାରା ନିର୍ମିତ) ସହିତ ଚିକିତ୍ସା ହେବା ପୂର୍ବରୁ କୋଷଗୁଡିକ 70-80% ମିଳନକୁ ବୃଦ୍ଧି କରାଯାଇଥିଲା |ଅନ୍ୟ ସମସ୍ତ ରାସାୟନିକ ପଦାର୍ଥ ଏବଂ ରେଜେଣ୍ଟଗୁଡିକ ସିଗମା ଆଲଡ୍ରିଚ୍ ଠାରୁ କ୍ରୟ କରାଯାଇଥିଲା ଯଦି ଅନ୍ୟଥା ଉଲ୍ଲେଖ ନହୁଏ |
ଫ୍ଲୋ -1 କୋଷଗୁଡିକ 6-କୂଅ ପ୍ଲେଟରେ ସଂସ୍କୃତି ପ୍ରାପ୍ତ ହୋଇଥିଲା ଏବଂ ପରଦିନ କୋଷଗୁଡିକ 10 ng / ml IFNα14 ସହିତ 24 ଘଣ୍ଟା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ପ୍ରାୟ 80% ମିଳନ ସହିତ ଚିକିତ୍ସା କରାଯାଇଥିଲା |କକ୍ଷଗୁଡିକ PBS ସହିତ ତିନିଥର ଧୋଇ ଦିଆଗଲା ଏବଂ ନୂତନ ଭାବରେ ପ୍ରସ୍ତୁତ DSS (ଥର୍ମୋ ଫିସର ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) (DMSO ରେ ଦ୍ରବୀଭୂତ) ସହିତ PBS ରେ 5 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 37 ° C ରେ 5 ମିନିଟ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଚୂଡ଼ାନ୍ତ ଏକାଗ୍ରତା ସହିତ ସଂଯୁକ୍ତ ହେଲା |DSS କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ PBS ସହିତ ବଦଳାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଅବଶିଷ୍ଟ DSS କୁ PBS ରେ 20 ମିଟର ଟ୍ରାଇସ୍ (pH 8.0) ଯୋଗ କରି 37 ° C ରେ 15 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ବନ୍ଦ କରାଯାଇଥିଲା |କକ୍ଷଗୁଡିକ ସ୍କ୍ରାପିଂ ଦ୍ୱାରା ସଂଗ୍ରହ କରାଯାଇ କମ୍ ବାଇଣ୍ଡିଂ ଟ୍ୟୁବ୍ (ଅମ୍ଳଜାନ) ରେ ସଂଗ୍ରହ କରାଯାଇଥିଲା |
ସେଲ୍ ପେଲେଟ୍ 300 µl ୟୁରିଆ ଲାଇସିସ୍ ବଫର୍ (8 ମି ୟୁରିଆ, 0.1 ମି ଟ୍ରାଇସ୍, pH 8.5) ସହିତ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ 30 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ବେଳେବେଳେ କମ୍ପନ ସହିତ ଲାଇଜ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ସମସ୍ତ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗେସନ୍ ଷ୍ଟେପଗୁଡିକ 14,000 xg ରେ 8 ° C ରେ କରାଯାଇଥିଲା |ଲାଇସେଟ୍ କୁ 10 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ଅଲ ern କିକ ତତ୍ତ୍ୱକୁ ଏକ ନୂତନ ଟ୍ୟୁବ୍ ସ୍ଥାନାନ୍ତର କରନ୍ତୁ |ଅବଶିଷ୍ଟ ସ୍ୱଚ୍ଛ କଣିକା ଦ୍ l ିତୀୟ ଲାଇସିସ୍ ବଫର୍ (2 ମି ୟୁରିଆ, 2% (w / v) SDS (ସୋଡିୟମ୍ ଡୋଡେସିଲ୍ ସଲଫେଟ୍)) ର 150 μl ରେ ଦ୍ରବୀଭୂତ ହୋଇ ଏକ ସମତଳ ଜଳୀୟ ସମାଧାନ ମିଳିବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ |ଲାଇସେଟ୍ 20 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପୂର୍ବ ପଦକ୍ଷେପରେ ମିଳିଥିବା ଲାଇସେଟ୍ ସହିତ ଅଲ ern କିକ ମିଶ୍ରଣ କରାଯାଇଥିଲା |ମାଇକ୍ରୋପ୍ଲେଟ୍ ପ୍ରଣାଳୀ ପାଇଁ ନିର୍ମାତାଙ୍କ ନିର୍ଦ୍ଦେଶ ଅନୁଯାୟୀ ମାଇକ୍ରୋ ବିସିଏ ଆସେ (ଥର୍ମୋ ଫିସର ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରୋଟିନ୍ ଏକାଗ୍ରତାକୁ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରାଯାଇଥିଲା |ନମୁନାଗୁଡିକ ଶୀଘ୍ର ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ ଫ୍ରିଜ୍ ହୋଇ -80 ° C ରେ ଗଚ୍ଛିତ ହୋଇଥିଲା |
ୱିସ୍ନିୟୁସ୍କି ଇତ୍ୟାଦି ଦ୍ୱାରା ବର୍ଣ୍ଣିତ ଏକ ପରିବର୍ତ୍ତିତ ଫିଲ୍ଟରେସନ୍ ନମୁନା ପ୍ରସ୍ତୁତି ପ୍ରୋଟୋକଲ୍ (FASP) ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରାୟ 100 μg ଦ୍ରବଣୀୟ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |69 ସଂକ୍ଷେପରେ, ପ୍ରୋଟିନ୍ 200 µl ୟୁରିଆ ବଫର୍ (0.1 M Tris ରେ 8 M ୟୁରିଆ, pH 8.5) ସହିତ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଛି, ଭର୍ଟେକ୍ସଡ୍ ଏବଂ ଅଧା |ସମସ୍ତ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗେସନ୍ ଷ୍ଟେପଗୁଡିକ 25,000 C ରେ 14,000 xg ରେ କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ଲାଇସେଟ୍ ର ପ୍ରଥମାର୍ଦ୍ଧ ଏକ ଅଲ୍ଟ୍ରାସେଲ୍ -10 ମେମ୍ବ୍ରେନ୍ (ମର୍କ) ସହିତ ସଜ୍ଜିତ 10 kDa ମାଇକ୍ରୋନ୍ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗାଲ୍ ଫିଲ୍ଟର ଉପକରଣକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତରିତ ହୋଇଥିଲା, ଏବଂ ପରେ ଫିଲ୍ଟରରେ 25 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗେସନ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ତା’ପରେ ଫିଲ୍ଟରରେ ପ୍ରୋଟିନର ଦ୍ୱିତୀୟାର୍ଦ୍ଧକୁ ମିଶାନ୍ତୁ ଏବଂ ସମାନ ପଦକ୍ଷେପଗୁଡ଼ିକୁ ପୁନରାବୃତ୍ତି କରନ୍ତୁ |ୟୁରିଆ ବଫରରେ 100 μl 17 mM tris (2-carboxyethyl) ଫସଫାଇନ୍ ହାଇଡ୍ରୋକ୍ଲୋରିଡ୍ (TCEP) ଯୋଗ କରି ପ୍ରୋଟିନ୍ ପୁନରୁଦ୍ଧାର କରାଯାଇଥିଲା |ଥର୍ମୋମିକ୍ସର୍ ଉପରେ 600 rpm ରେ 30 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 37 ° C ରେ ପୁନରୁଦ୍ଧାର କରାଯାଇଥିଲା |ଏଥିସହ, ସ୍ତମ୍ଭକୁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ହ୍ରାସ ହୋଇଥିବା କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ ୟୁରିଆ ବଫରରେ 100 ମିଟର 50 iodoacetamide ବ୍ୟବହାର କରି ଆଲକାଇଲେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଅନ୍ଧାରରେ 20 ମିନିଟ୍ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ ଆଲକାଇଲେସନ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା କରାଯାଇଥିଲା |ସ୍ତମ୍ଭକୁ ଘୂର୍ଣ୍ଣନ କରନ୍ତୁ, 100 µl ୟୁରିଆ ବଫର୍ ସହିତ ସ୍ତମ୍ଭ କାନ୍ଥକୁ 3 ଥର ଧୋଇ ଦିଅନ୍ତୁ, ଏବଂ ପରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ |ସମାନ ଅପରେସନ୍ 100 ମିଟର ଆମୋନିୟମ୍ ବାଇକାର୍ବୋନାଟ୍ ର 100 μl ବ୍ୟବହାର କରି 3 ଥର କରାଯାଇଥିଲା |ଟ୍ରାଇପିସିନାଇଜେସନ୍ ପୂର୍ବରୁ, ସଂଗ୍ରହ ଟ୍ୟୁବ୍ କୁ ଏକ ନୂଆ ସହିତ ବଦଳାନ୍ତୁ |50 ମିମି ଆମୋନିୟମ୍ ବାଇକାର୍ବୋନାଟ୍ ଏବଂ ଟ୍ରାଇପସିନ୍ ବଫର୍ (ପ୍ରୋମେଗା) ରେ ମିଶ୍ରିତ 1 µl ଟ୍ରାଇପିସିନ୍ ଧାରଣ କରିଥିବା ହଜମ ବଫର୍ ଯୋଗ କରନ୍ତୁ |ପ୍ରୋଟିନ ସହିତ ଟ୍ରାଇପିସିନ୍ ର ଅନୁପାତ ପ୍ରାୟ 1:33 ରେ ରଖାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ ଏକ ଆର୍ଦ୍ର କୋଠରୀରେ ରାତାରାତି 37 ° C ରେ ହଜମ ପ୍ରକ୍ରିୟା ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ 25 ମିନିଟ ପାଇଁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗେସନ୍ ଦ୍ୱାରା ଫିଲ୍ଟରରୁ ବାହାର କରାଯାଇଥିଲା |ଫିଲ୍ଟରରେ 0.5 M NaCl ର 50 μl ଯୋଗ କରି ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ପୁନରୁଦ୍ଧାରରେ ଉନ୍ନତି କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ ପରେ 25 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗେସନ୍ |
C18 ମାଇକ୍ରୋ ସ୍ପିନ୍ ସ୍ତମ୍ଭଗୁଡିକ (ହାର୍ଭାର୍ଡ ଆପ୍ରାଟସ୍) କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ଟ୍ରାଇପଟିକ୍ ପେପ୍ଟାଇଡଗୁଡ଼ିକୁ ଛୋଟ ପରିବର୍ତ୍ତନ ସହିତ ବୁଚାଲ୍ ଏଟ୍ 70 ଦ୍ୱାରା ବର୍ଣ୍ଣିତ ପ୍ରୋଟୋକଲ୍ ଅନୁସରଣ କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ସଂକ୍ଷେପରେ, C18 ସ୍ପିନ୍ ସ୍ତମ୍ଭଗୁଡିକ ଏସିଟୋନିଟ୍ରିଲ୍ (AcN) (Merck) ରେ 0.1% ଫର୍ମିକ୍ ଏସିଡ୍ (FA) ର ତିନୋଟି ଧୋଇବା ଏବଂ 0.1% FA ର ଦୁଇଟି ଧୋଇବା ସହିତ ସକ୍ରିୟ ହେଲା |ସ୍ତମ୍ଭକୁ 15 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 0.1% FA ସହିତ ହାଇଡ୍ରେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ନମୁନାକୁ ସ୍ପିନ୍ ସ୍ତମ୍ଭରେ ଲୋଡ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ 0.1% FA ସହିତ 3 ଥର ଧୋଇ ଦିଅନ୍ତୁ |0.1% FA ରେ 50%, 80% ଏବଂ 100% AcN ବ୍ୟବହାର କରି ଡିସଲ୍ଟେଡ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ କ୍ରମାଗତ ଭାବରେ ଏକ ଷ୍ଟେପ୍ ଷ୍ଟାଇଲ୍ ଗ୍ରେଡିଏଣ୍ଟ୍ ସହିତ ବ uted ଼ାଯାଇଥିଲା |ଅବଶିଷ୍ଟ ତରଳ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ଅଦୃଶ୍ୟ ନହେବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ନମୁନାଗୁଡିକ ଏକ ସ୍ପିଡ୍ ଭ୍ୟାକ୍ ପ୍ଲସ୍ ଏକାଗ୍ରତା (ଏପେଣ୍ଡୋର୍ଫ) ରେ ଶୁଖାଯାଇଥିଲା |ଏଲିଟେଡ୍ ପେପ୍ଟାଇଡସ୍ 100 μl ରେ 0.08% ଟ୍ରାଇଫ୍ଲୋରୋଏସେଟିକ୍ ଏସିଡ୍ ରେ 2.5% AcN ରେ ଦ୍ରବୀଭୂତ ହୋଇଥିଲା ଏବଂ ଏକ ନାନୋ ଡ୍ରପ୍ 2000 (ଥର୍ମୋ ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ରେ ଏକାଗ୍ରତା ମାପ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରତି ନମୁନାରେ ପ୍ରାୟ 1 μg କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ LC-MS / MS ସିଷ୍ଟମରେ ଇଞ୍ଜେକ୍ସନ ଦିଆଯାଇଥିଲା |
ଏକ ଅର୍ବିଟ୍ରାପ୍ ଏକ୍ସପ୍ଲୋରିସ୍ 480 ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମିଟର (ଥର୍ମୋ ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ସହିତ ସଂଯୁକ୍ତ ଏକ ଅଲ୍ଟିମେଟ୍ 3000 RSLCnano LC ସିଷ୍ଟମ୍ (ଥର୍ମୋ ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ରେ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଅଲଗା କରାଯାଇଥିଲା |କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଗୁଡିକ 300 µm ID, 5 mm ଲମ୍ବ µ-ପ୍ରି-ସ୍ତମ୍ଭ C18 କ୍ୟାପଚର ସ୍ତମ୍ଭରେ C18 PepMap100 sorbent ଏବଂ 5 µm PepMap sorbent (ଥର୍ମୋ ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ରେ ସଂଗ୍ରହ କରାଯାଇଥିଲା |2.5% AcN ରେ ଦ୍ରବୀଭୂତ 5 µl / ମିନିଟ୍ 0.08% ଟ୍ରାଇଫ୍ଲୋରୋଏସେଟିକ୍ ଏସିଡ୍ ରେ ପମ୍ପ ପ୍ରବାହ ସେଟ୍ ଲୋଡ୍ କରନ୍ତୁ |ଏକ ଆନାଲିଟିକାଲ୍ ଫ୍ୟୁଜଡ୍ ସିଲିକା ସ୍ତମ୍ଭରେ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡଗୁଡିକ 75 μ ମିଟର ଭିତର ବ୍ୟାସ ଏବଂ ଲମ୍ବ 150 ମିଲିମିଟର ସହିତ ପୃଥକ କରାଯାଇଥିଲା, 2 μm PepMap sorbent (ଥର୍ମୋ ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ରେ ଭର୍ତି |ମୋବାଇଲ୍ ପର୍ଯ୍ୟାୟ A ଏବଂ B ଯଥାକ୍ରମେ ଜଳରେ 0.1% FA ଏବଂ ଏସିଟୋନିଟ୍ରିଲରେ 0.1% FA ଧାରଣ କରିଥିଲା ​​|ଗ୍ରେଡିଏଣ୍ଟ୍ 2.5% B ରୁ ଆରମ୍ଭ ହୁଏ ଏବଂ 90 ମିନିଟରେ 40% B କୁ ବୃଦ୍ଧି ହୁଏ, ଏବଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ 2 ମିନିଟରେ 90% B କୁ ବୃଦ୍ଧି ହୁଏ |ମୋବାଇଲ୍ ଫେଜ୍ ରଚନା 10 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 90% B ରେ ରକ୍ଷଣାବେକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତା’ପରେ 2 ମିନିଟ୍ ମଧ୍ୟରେ ଧାଡ଼ିରେ 2.5% B କୁ କମିଗଲା |ପରବର୍ତ୍ତୀ ଚକ୍ର ପୂର୍ବରୁ 8 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସ୍ତମ୍ଭ 2.5% B ରେ ସନ୍ତୁଳିତ ହୋଇଥିଲା |ଆନାଲିଟିକାଲ୍ ସ୍ତମ୍ଭରୁ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଏକ ନାନୋଲେକ୍ଟ୍ରୋସ୍ପ୍ରେ ଆୟନାଇଜେସନ୍ (NSI) ଉତ୍ସରେ ଆୟନାଇଜ୍ ହୋଇ ଏକ ଏକ୍ସପ୍ଲୋରିସ୍ 480 ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମିଟର (ଥର୍ମୋ ସାଇଣ୍ଟିଫିକ୍) ରେ ଇଞ୍ଜେକ୍ସନ ଦିଆଗଲା |
ସକାରାତ୍ମକ ତଥ୍ୟ ସମ୍ପର୍କ ମୋଡରେ ଅର୍ବିଟ୍ରାପ୍ ଏକ୍ସପ୍ଲୋରିସ୍ 480 ମାସ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରୋମିଟର କାର୍ଯ୍ୟ କରୁଥିଲା |M / z 350 Th ରୁ m / z 2000 Th ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ରେଞ୍ଜ୍ ସେଟିଙ୍ଗ୍ ସହିତ 120,000 ରେଜୋଲୁସନରେ ବିଭାଗ ମୋଡ୍ ରେ ଏକ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ସ୍କାନ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ସ୍ AG ାଭାବିକ AGC ଟାର୍ଗେଟ୍ ସର୍ବାଧିକ 50 ମିଟର ଇନପୁଟ୍ ସମୟ ସହିତ 300% ରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ପେପ୍ଟାଇଡସ୍ ପାଇଁ ମୋନୋସୋଟୋପିକ୍ ଶିଖର ଚିହ୍ନଟ ସ୍ଥାପିତ ହୋଇଛି |ସୀମିତ ଆରାମଦାୟକ ପାରାମିଟର ସତ୍ୟ ସେଟ୍ ହୋଇଛି ଯଦି ବହୁତ କମ୍ ପୂର୍ବପୁରୁଷ ମିଳନ୍ତି |ପୂର୍ବା or ୍ଚଳର ସର୍ବନିମ୍ନ ଆଇନିକ୍ ଶକ୍ତି 5.0e3 କୁ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପରୀକ୍ଷଣରେ +8 ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ପୂର୍ବା or ୍ଚଳ ଚାର୍ଜ ରାଜ୍ୟଗୁଡ଼ିକ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା |
ଡାଟା ସମ୍ପର୍କ ମୋଡରେ ପ୍ରମୁଖ ସ୍କାନଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରେ ଚକ୍ର ସମୟ 2.5। 2.5 ସେକେଣ୍ଡରେ ସେଟ୍ ହୋଇଥିଲା |ପୂର୍ବବର୍ତ୍ତୀ ଆୟନର ପ୍ରଥମ ଖଣ୍ଡବିଖଣ୍ଡନ ପରେ ଡାଇନାମିକ୍ ମାସ ବହିଷ୍କାର 20 s କୁ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ପୂର୍ବବର୍ତ୍ତୀ ବିଚ୍ଛିନ୍ନତା ୱିଣ୍ଡୋ 2 Th କୁ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଧକ୍କା ଶକ୍ତି ମୋଡ୍ ସହିତ ସ୍ normal ାଭାବିକ ଧକ୍କା ଶକ୍ତି ପ୍ରକାର ଏକ ତଥ୍ୟ ନିର୍ଭରଶୀଳ MS / MS ସ୍କାନରେ ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା |ଧକ୍କା ଶକ୍ତି 30% ସେଟ୍ ହୋଇଛି |ଅର୍ବିଟ୍ରାପ୍ ରେଜୋଲୁସନ 15,000 ଏବଂ AGC ଟାର୍ଗେଟକୁ 100% ରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |କଷ୍ଟମ୍ ସର୍ବାଧିକ ଇଞ୍ଜେକ୍ସନ୍ ସମୟ 60 ମିଲିସେକେଣ୍ଡରେ ସେଟ୍ ହୋଇଛି |
କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ନମୁନାରେ ପ୍ରୋଟିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ ନେଟୱାର୍କକୁ ଟ୍ରାକ୍ କରିବା ପୂର୍ବରୁ, ଆମେ ନମୁନାରେ ଟ୍ରାସେବୁଲ୍ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ / ପ୍ରୋଟିନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ ମ୍ୟାକ୍ସକ୍ୟୁଏଣ୍ଟ୍ ପ୍ୟାକେଜ୍ (ସଂସ୍କରଣ 1.6.12.0) 26,27 ବ୍ୟବହାର କରି କଞ୍ଚା ଫାଇଲଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରିଥିଲୁ |ଏଥିସହ, IFNα ସହିତ ଚିକିତ୍ସିତ ଏବଂ ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ଅଣ-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ଫ୍ଲୋ -1 ନମୁନାରେ ସମାନ ପ୍ରୋଟୋମିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |ବିଲ୍ଟ-ଇନ୍ ସର୍ଚ୍ଚ ଇଞ୍ଜିନ୍ ଆଣ୍ଡ୍ରୋମେଡା 27 ବ୍ୟବହାର କରି ୟୁନିପ୍ରୋଟ୍ ମାନବ ଡାଟାବେସ୍ (www.uniprot.org) ରେ MS / MS ତଥ୍ୟ ସର୍ଚ୍ଚ କରାଯାଇଥିଲା (ଅଗଷ୍ଟ 12, 2020 ଅପଲୋଡ୍ ହୋଇଛି, 75,093 ଏଣ୍ଟ୍ରି ଧାରଣ କରିଛି) |ଏନଜାଇମର ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟତା ଏବଂ ଡିମିଡେସନ୍ (N, Q) ଏବଂ ଅକ୍ସିଡେସନ୍ (M) ର ବିଭିନ୍ନ ପରିବର୍ତ୍ତନକୁ ସୂଚୀତ ନକରି ଏହି ସର୍ଚ୍ଚ କରାଯାଇଥିଲା |ପୂର୍ବର ଜନସାଧାରଣ ସହନଶୀଳତା 20 ppm ରେ ଏବଂ ଉତ୍ପାଦ ଆୟନ 0.02 Da ରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ଏବଂ ସର୍ବାଧିକ ଜନ ବିଚ୍ଛିନ୍ନତା 10 ppm ରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ପେପ୍ଟାଇଡ୍ର ସର୍ବାଧିକ ମାସ 4600 Da ରେ ସ୍ଥିର ହୋଇଥିଲା ଏବଂ କ୍ରମର ସମାନତା 7 ରୁ 25 ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ (aa) ମଧ୍ୟରେ ସ୍ଥିର କରାଯାଇଥିଲା |ପରବର୍ତ୍ତୀ ପରିସଂଖ୍ୟାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପର୍ସ ପ୍ରୋଗ୍ରାମ (ସଂସ୍କରଣ 1.6.10.45) ବ୍ୟବହାର କରି କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରୋଟିନର ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରାଲ୍ ତୀବ୍ରତାକୁ ସ୍ L ାଭାବିକ କରି ପ୍ରୋଟିନ୍ ବିଷୟବସ୍ତୁ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା (LFQ ତୀବ୍ରତା; ଅବ୍ୟବହୃତ ପରିମାଣ) 27 ଏବଂ ତୀବ୍ରତା ମୂଲ୍ୟ Log2 ରେ ରୂପାନ୍ତରିତ ହେଲା |R (v 4.1.2) ରେ pheatmap (v1.0.12) ପ୍ୟାକେଜ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ସେମାନଙ୍କର ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ତୀବ୍ରତା ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ ପ୍ରୋଟିନଗୁଡିକର ଏକ ଉଚ୍ଚସ୍ତରୀୟ କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ ନିର୍ମାଣ କରାଯାଇଥିଲା |IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାଇଁ Reactome ପାଥୱେ ଡାଟାବେସ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ପାଥୱେ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା ଯାହା ଚିକିତ୍ସା ହୋଇନଥିବା ନମୁନା ତୁଳନାରେ ଚାରି ଗୁଣରୁ ଅଧିକ ସକ୍ରିୟ ଥିଲା |
LC-MS / MS ଦ୍ୱାରା ତଦାରଖ କରାଯାଉଥିବା ପ୍ରୋଟିନ୍ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସର ଲାଇସେନ୍ (କେ) କିମ୍ବା ସେରାଇନ୍ (S) ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ରାସାୟନିକ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ଚିହ୍ନଟ କ୍ରସ୍-ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ପେପ୍ଟାଇଡସ୍ (SIM-XL) 29 ପାଇଁ ଏକ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରସ୍କୋପିକ୍ ଚିହ୍ନଟ ମେସିନ୍ (SIM-XL) ବ୍ୟବହାର କରି କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରଥମେ, ଇଣ୍ଟରଫେରନ୍-ଜଡିତ (IFN) DNA କ୍ଷତି ପ୍ରତିରୋଧ ସ୍ ature ାକ୍ଷର (IRDS) ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ପାରସ୍ପରିକ ସମ୍ପର୍କ ପାଦାରିଆ ଇତ୍ୟାଦିରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ IRDS ପ୍ରୋଟିନ୍ ଡାଟାସେଟ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ଅନୁସନ୍ଧାନ କରାଯାଇଥିଲା |ସମଗ୍ର ମାନବ ୟୁନିପ୍ରଟ୍ର ସମସ୍ତ ସର୍ତ୍ତ ଏବଂ ପୁନରାବୃତ୍ତି ସ୍କ୍ରିନିଂ ଗଣନାତ୍ମକ ଭାବରେ ଘୋର ଅଟେ, ତେଣୁ IFNα- ଚିକିତ୍ସିତ ପୁନରାବୃତ୍ତି ବିରୁଦ୍ଧରେ ସମଗ୍ର ମାନବ ୟୁନିପ୍ରୋଟ ଡାଟାବେସ୍ (www.uniprot.org) (12 ଅଗଷ୍ଟ 2020 ଡାଉନଲୋଡ୍ ହୋଇଛି, 75,093 ଏଣ୍ଟ୍ରି ଧାରଣ କରିଛି) |ଉଚ୍ଚ ବିଶ୍ୱାସର ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ପାଇଁ ଏକ ଫିଲ୍ଟର୍ |ପ୍ରାପ୍ତ ହୋଇଥିବା ଏହି ଉଚ୍ଚ-ମହତ୍ତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପଗୁଡିକ ସମସ୍ତ ପୁନରାବୃତ୍ତି ଏବଂ ଅବସ୍ଥାରେ ବିସ୍ତାର କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପରୀକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା |
ସିମ୍- XL ରେ, କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କର୍ (XL) ପାଇଁ DSS ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା ଏବଂ XL ଓଜନ ଶିଫ୍ଟ ଏବଂ ରୂପାନ୍ତର ଓଜନ ଶିଫ୍ଟ ଯଥାକ୍ରମେ 138.06 ଏବଂ 156.07 ରେ ସେଟ୍ ହୋଇଥିଲା |ନିମ୍ନଲିଖିତ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ସାଇଟଗୁଡିକ ବିବେଚନା କରାଯାଏ: KK, KS ଏବଂ KN-TERM, ସାମ୍ବାଦିକ ଆୟନ ବିନା |ଉଭୟ ପୂର୍ବବର୍ତ୍ତୀ ଏବଂ ଖଣ୍ଡ ଖଣ୍ଡ ppm କୁ 20 ଏବଂ Xrea ସୀମା 0.15 ରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଟ୍ରାଇପିସିନ୍ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଭାବରେ ବିବେଚନା କରାଯାଉଥିଲା ଏବଂ ଏକ ଉଚ୍ଚ ଶକ୍ତି ବିଶିଷ୍ଟ ସି-ଟ୍ରାପ୍ (HCD) ଖଣ୍ଡବିଖଣ୍ଡନ ପ୍ରଣାଳୀ କାର୍ଯ୍ୟକାରୀ କରାଯାଇଥିଲା |XCorr ଡାଇନାମିକ୍ DB ହ୍ରାସ ସୀମା ଏବଂ ଗତିଶୀଳ DB ହ୍ରାସ ପାଇଁ ସର୍ବନିମ୍ନ ସଂଖ୍ୟକ ପେପ୍ଟାଇଡ୍ ଯଥାକ୍ରମେ 2.5 ଏବଂ 2 କୁ ସେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ହେଉଛି: ମୋନୋସୋଟୋପ୍ ସମ୍ଭାବନା ଏବଂ ଶିଖର ସମକକ୍ଷ କଟଅଫ୍, ପ୍ରତି ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡରେ ସର୍ବନିମ୍ନ 4 AA ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶ ଏବଂ ସର୍ବାଧିକ ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡ୍ ଚାର୍ଜ, ଏବଂ ମିସ୍ ହୋଇଥିବା ବିଭାଜନର 3 ମ୍ୟାକ୍ସିମା |ଫଳାଫଳ ସିଲେଇ ହୋଇଥିବା 2D ମାନଚିତ୍ରଗୁଡିକ (SIM-XL) ରେ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ 2D ମାନଚିତ୍ର ନିର୍ମାଣ ପାଇଁ xQuest28 ଆଲେଖୀକ ଉପସ୍ଥାପନା ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ପ୍ରୋଟିନ୍ ସଂରଚନା ଉପରେ ପ୍ରୋଟିନ୍ କ୍ରସ୍ ଲିଙ୍କ୍ ପାଇମୋଲ୍ (ପାଇମୋଲ୍ ମଲିକୁଲାର ଗ୍ରାଫିକ୍ସ ସିଷ୍ଟମ, ସଂସ୍କରଣ 2.0 ସ୍କ୍ରୋଡିଙ୍ଗର୍, ଏଲଏଲ୍ସି) ରେ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଛି |
ହୋମୋଲୋଜି ମଡେଲିଂ ଏବଂ “ଲୁକ୍କାୟିତ ମାର୍କୋଭ୍ ପଦ୍ଧତି” ର ପ୍ରୟୋଗକୁ ବ୍ୟବହାର କରି Phyre2 ସର୍ଭର (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2)11 ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରୋଟିନ୍ ମଡେଲ୍ ଗଠନ କରାଯାଇଥିଲା |Phyre2 ଜଣାଶୁଣା ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗଠନ ସହିତ କ୍ରମ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ଉପରେ ଆଧାର କରି ମଡେଲ୍ ସଂରଚନା ସୃଷ୍ଟି କରେ |H2BFS, HLA-A, HMGA1, LRCH4, ଏବଂ MDN1 ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାଇଁ, ଟେମ୍ପଲେଟ୍ ସଂରଚନା 1kx552, 1kj349, 2eze55, 6hlu62, ଏବଂ 6i2665 ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା |ଏହା ସହିତ, ଆଲଫା ଫୋଲ୍ଡ 71 MX1, UBP18 ଏବଂ ROBO1 ର ସଂରଚନାକୁ ମଧ୍ୟ ବିଚାର କରାଯାଇଥିଲା |BIOVIA ଆବିଷ୍କାର ଷ୍ଟୁଡିଓ ଭିଜୁଆଲାଇଜର୍ ପ୍ୟାକେଜ୍ (ଡାସାଲ୍ଟ ସିଷ୍ଟମେସ୍, BIOVIA, ସାନ ଡିଏଗୋ, CA, ଯୁକ୍ତରାଷ୍ଟ୍ର) ଏବଂ ମଲିକୁଲାର ଅପରେଟିଂ ପରିବେଶ ପ୍ୟାକେଜ୍ (MOE; କେମିକାଲ୍ କମ୍ପ୍ୟୁଟିଂ ଗ୍ରୁପ୍ ଇନ୍, ମଣ୍ଟ୍ରିଆଲ୍, କ୍ୟୁବେକ୍, କାନାଡା) ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରୋଟିନ୍ ଗଠନ ଭିଜୁଆଲ୍ କରାଯାଇଥିଲା |